비영리법인의 고정자산 처분의 법인세 과세

수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익은 수익사업의 개별손익으로 하는 것임

[회신] 고정자산이 「법인세법 시행령」제2조 제2항에 의해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(같은 조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것은 법인세 과세대상이 되지 않는 것이며, 고유목적사업 및 수익사업에 공통으로 사용한 자산의 처분손익의 과세여부는 기존 회신사례(서이46012-10231, 2003.01.30 ; 법인46012-4281, 1999.12.13)를 참고하시기 바랍니다. 아울러, 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 같은 법 제62조 2의 규정을 적용할 수 없는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 비영리법인 소유건물의 일정부분은 수익사업(임대)에 사용되고 일정부문은 고유목적사업에 사용되고 있음. 아울러, 지상주차장, 엘리베이터, 주차타워, 보일러실은 고유목적 및 수익사업에 공통으로 사용하고 있음, 비영리법인이 상기의 부동산을 매각할 경우 매각차익에 대한 법인세 과세여부 및 과세될 경우 법인세법상 법인세율 또는 소득세법상의 양도소득세율이 적용되는지 여부 ○ 질의요지 비영리법인의 수익사업 및 고유목적사업에 사용하던 자산의 처분손익의 법인세 과세 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 (중 략) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)(중 략) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 (중 략) ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정) (중 략) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. (1999. 5. 24. 개정) (이하 생략) ○ 법인세법 기본통칙 113-156…6 【개별손익ㆍ공통손익 등의 계산】 규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다. (2001. 11. 1. 개정) 1. 개별익금(중 략) 다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금 으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.(중 략) (6) 고정자산처분익 (중 략) 3. 개별손금(중 략) 나. 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.(중 략) (2) 고정자산 처분손 (이하 생략) ○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인 (제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다 . 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설) 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) (이하생략) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서이46012-10231, 2003.01.30 【질의】 ○ 당사는 산업자원부장관의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서 수익사업을 영위하는 경우 구분경리를 함에 있어 법인세법시행규칙 제76조 제1항 에서 공통되는 자산 및 부채는 수익사업에 속하는 것으로 규정하고 있는 바, 질의 1) 공통손익인 감가상각비의 안분으로 발생하는 비수익사업부문의 감가상각누계액은 수익사업과 비수익사업 중 어느 부문의 대차대조표에 기재하여야 하는지. 질의 2) 수익사업과 비수익사업에 공통으로 사용한 자산을 처분하는 경우 처분손익의 구분손익 방법은. 【회신】 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하는 것으로 이 경우 대차대조표의 작성은 기업회계기준에 의하는 것이며, 수 익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익은 수익사업의 개별손익으로 하는 것 임. ○ 법인46012-4281, 1999.12.13 【질의】 □ 민법 제32조 의 규정에 의하여 실립된 비영리법인으로서 과학기술의 연구개발업무를 수행하고 그 성과를 보급함으로써 산업과학기술의 진흥에 기여할 목적으로 과학기술부장관의 허가를 받아 설립된 종합연구원이 ｏ 산업기반기술개발협약서에 의하여 정부 및 참여기업으로부터 기술개발비를 지급받아 수행하는 정부과세연구가 수익사업에 해당되는지. ｏ 수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 감가상각비와 당해 자산의 처분손익의 구분계산 방법 【회신】 질의1) 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업은 수익사업으로 분류하는 것이며 질의2) 수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산에 대한 감가상각비는 공통손금에 해당되나 당해 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익을 수익사업의 개별손익으로 하는 것 으로서, 공통손금은 같은법시행규칙 제76조 제6항의 규정에 따라 구분경리 하는 것임.