연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업에 대한 법인세 감면

「조세특례제한법」 제12조의2 감면은 연구개발특구에 입주한 기업으로서 해당 구역 안 사업장의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해 적용하는 것으로, 합병법인 기존 사업장의 소득이 감면대상사업에서 발생한 소득에 해당되지 않는 경우에는 상기의 감면규정을 적용할 수 없는 것임

[회신] 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」제35조 제1항 제4호의 교육․연구 및 사업화시설구역에 입주하고자 하는 자는 같은 법 제37조에 의해 입주승인신청서(관련 서류 첨부)를 지식경제부장관에게 제출하여 지식경제부장관의 입주승인을 얻어야 하는 것으로, 귀 질의 1)의 「조세특례제한법」 제12조의2 규정을 적용함에 있어 ‘입주’범위에 대해서는 상기 내용을 참고하시기 바라며, 추후 필요한 경우 관련 내용을 보완하여 재질의하여 주시기 바랍니다. 「조세특례제한법」 제12조의2 감면은 연구개발특구에 입주한 기업으로서 해당 구역 안 사업장의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해 적용하는 것으로, 질의 2)의 합병법인 기존 사업장의 소득이 감면대상사업에서 발생한 소득에 해당되지 않는 경우에는 상기의 감면규정을 적용할 수 없는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 질의법인은 산업용PDA를 생산 및 판매하는 중소기업으로 현재 질의법인의 본사 및 연구소는 서울시, 공장은 경기도(수도권과밀억제권역)에 소재하고 있음. 질의법인은 본사 및 공장의 지방이전을 검토하고 있음. ○ 질의요지 1) 조세특례제한법 제12조의2 를 적용하기 위해서는 연구개발특구에 ‘입주’할 것을 요건으로 하는 바, 아래의 사례 중 연구개발특구에 입주하는 기업에 해당하는 것은 | 사 례 | 연구개발특구에 입주하는 사업장 | | 사례1 | 본사만 연구개발특구에 입주하는 경우 | | 사례2 | 본사 및 공장만 연구개발특구에 입주하는 경우 | | 사례3 | 본사, 공장, 연구소 모두 연구개발특구에 입주하는 경우 | | 사례4 | 공장만 연구개발특구에 입주하는 경우 | | 사례5 | 연구소만 연구개발특구에 입주하는 경우 | 2) 질의법인은 연구개발특구에 입주하여 첨단기술기업으로 지정받은 다른 회사를 합병한다면 폐사의 합병전 기존 사업장에서 발생한 소득도 조세특례제한법 제12조의2 에 의한 감면 해당여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제12조 의 2 【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】 ① 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제2조 제1호의 규정에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역 안의 사업장에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령이 정하는 사업(이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)을 영위하는 경우에는 제2항 및 제3항의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다. (2006. 12. 30. 신설) 1. 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제2조 제3호의 규정에 따라 2009년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업 (2006. 12. 30. 신설) 2. 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제9조 제1항의 규정에 따라 2009년 12월 31일까지 승인을 얻어 설립한 연구소기업 (2006. 12. 30. 신설) ② 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 승인을 얻은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다 . (2006. 12. 30. 신설) ③ 제2항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2006. 12. 30. 신설) ○ 조세특례제한법 시행령 제11조 의 3 【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】 ① 법 제12조의 2 제1항에서 “생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령이 정하는 사업”이라 함은 다음 각 호의 산업을 영위하는 사업을 말한다. (2007. 2. 28. 신설) 1. 「생명공학육성법」 제2조 에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 종묘생산업을 포함한다) (2007. 2. 28. 신설) 2. 「정보화촉진 기본법」 제2조 제3호에 따른 정보통신과 관련된 산업 (2007. 2. 28. 신설) 3. 「산업발전법」 제5조 제1항 에 따라 지식경제부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ② 법 제12조의 2 제3항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ○ 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (2005. 1. 27. 제정) 1. "연구개발특구"(이하 "특구"라 한다)라 함은 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역으로서 제4조의 규정에 따른 지역을 말한다. (2005. 1. 27. 제정) (중략) 3. "첨단기술기업"이라 함은 특구에 입주한 기업 가운데 정보통신기술ㆍ생명공학기술ㆍ나노기술 등 기술집약도가 높고 기술혁신 속도가 빠른 기술분야에서 국내외 특허권( 특허법 제100조 의 규정에 따른 전용실시권을 포함한다)을 보유하고 이를 활용하여 제품을 생산ㆍ판매하는 기업으로서 대통령령이 정하는 기준에 적합하여 지식경제부장관의 지정을 받은 기업을 말한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙) 4. "정부출연연구기관"이라 함은 특정연구기관육성법의 적용을 받는 연구기관 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립ㆍ운영및육성에관한법률에 따라 설립된 연구기관을 말한다. (2005. 1. 27. 제정) 5. "연구소기업"이라 함은 특구 안의 국립연구기관 및 정부출연연구기관이 자신이 보유한 기술을 직접 사업화하기 위하여 자본금 가운데 대통령령이 정하는 비율 이상을 출자하여 특구 안에 설립하는 기업을 말한다. (2005. 1. 27. 제정) (이하생략) ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법 제4조 (특구의 지정 등) ①대전광역시 유성구·대덕구 및 그 인근지역으로서 대통령령이 정하는 지역은 대덕연구개발특구로 한다.(이하생략) ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법시행령 제3조 (첨단기술기업의 기준 등) ①「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」(이하 “법”이라 한다) 제2조제3호에서 “대통령령이 정하는 기준”이라 함은 다음 각 호를 말한다 . 이 경우 제2호 및 제3호에 적용하는 연간 총매출액은 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 4분기의 매출액을 합친 것으로 하되, 기업의 창업 후 2분기 이상을 경과하고 1년을 경과하지 아니한 기업에 대하여는 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 경과된 분기 전부의 매출액을 합친 것으로 한다. <개정 2007.3.9, 2008.2.29> 1. 「산업발전법」 제5조 의 규정에 따라 지식경제부장관이 고시한 첨단기술 및 제품을 보유·생산할 것 2. 제1호에 따라 첨단기술을 바탕으로 발생한 매출액이 연간 총매출액에서 차지하는 비율이 30퍼센트 이상일 것 3. 연간 총매출액에서 연구개발비( 「조세특례제한법 시행령」 별표 6에 따른 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용을 말한다)가 차지하는 비율이 5퍼센트 이상일 것 ②법 제2조제5호에서 “대통령령이 정하는 비율”이라 함은 자본금의 20퍼센트를 말한다 ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법 제35조 (토지용도의 구분 등) ①제34조제2항제3호의 규정에 따른 특구 안의 토지용도의 구분은 다음과 같다. 1. 주거구역 : 특구 안에 거주하는 자의 주거와 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 곳 2. 상업구역 : 특구 안의 상업 및 업무기능을 담당하게 하기 위하여 필요한 곳 3. 녹지구역 : 특구 안의 쾌적한 연구환경을 조성하기 위하여 녹지의 보전이 필요한 곳 4. 교육·연구 및 사업화시설구역 : 교육·연구 및 연구개발 성과의 사업화와 관련된 시설과 건축물을 집중 배치함으로써 입주기관 사이의 정보교류와 연구기기의 공동활용 등을 통하여 교육과 연구의 효율성을 높이고 연구개발 성과의 사업화를 촉진하기 위하여 필요한 곳 5. 산업시설구역 : 특구 안의 첨단기술기업 등의 생산활동을 위하여 필요한 곳(이하생략) ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법 제37조 (입주승인) 제35조제1항제4호의 규정에 따른 교육·연구 및 사업화시설구역에 입주하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지식경제부장관의 입주승인을 얻어야 한다. 입주승인사항 가운데 대통령령이 정하는 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다. <개정 2008.2.29> ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법시행령 제32조 (교육·연구 및 사업화시설구역의 입주승인 요건) 법 제37조의 규정에 의하여 교육·연구 및 사업화시설구역에 입주하고자 하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자이어야 한다. <개정 2006.10.27, 2007.3.9, 2008.2.29> 1. 과학기술에 관한 연구 또는 교육활동을 주된 업무로 영위하는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 (중략) 2. 연간매출액에 대한 연구개발비의 비율이 5퍼센트 이상인 중소기업, 연구개발 성과의 사업화를 위하여 기술집약적 중소기업을 창업하고자 하는 자 또는 그 창업지원을 주업무로 하는 자 3. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제34조제1호 의 규정에 따른 도시형공장을 설립하고자 하는 자로서 연구개발 성과의 사업화를 위하여 지식경제부장관이 필요하다고 인정하는 자 (이하생략) ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법시행령 제33조 (입주승인 신청 등) ①법 제37조의 규정에 따라 교육·연구 및 사업화시설구역에 입주하고자 하는 자는 다음 각 호의 사항을 기재한 입주승인신청서에 지식경제부령이 정하는 서류를 첨부하여 지식경제부장관에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29> 1. 입주목적에 관한 사항 2. 입주하고자 하는 부지의 위치·총면적 및 토지이용계획에 관한 사항 3. 교육·연구 및 사업화시설 등의 설치계획에 관한 사항 ②지식경제부장관은 제1항의 규정에 따라 입주승인신청을 받은 때에는 입주승인신청인의 연구개발 및 사업화계획의 타당성, 신청부지의 위치·면적의 적정성 및 설치하고자 하는 교육·연구 및 사업화시설 등의 적정성 등에 대하여 관계전문가의 심의를 거칠 수 있다. <개정 2008.2.29> (중략) ④지식경제부장관은 제3항제1호 내지 제3호의 변경을 승인하는 때에는 제2항의 규정에 따른 관계전문가의 심의를 거칠 수 있다. <개정 2008.2.29> ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법시행규칙 제9조 (입주승인신청서 등) ①법 제37조 및 영 제33조제1항·제3항에 따라 입주승인 또는 변경승인을 얻고자 하는 자는 별지 제12호서식의 입주승인신청서 또는 별지 제13호서식의 입주변경승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지원본부에 제출하여야 한다. 1. 사업계획서 1부 2. 사업계획에 소요되는 자금의 조달방법 1부(입주승인신청의 경우에 한한다) 3. 변경사유서 1부 및 입주승인서(입주변경승인신청의 경우에 한한다) ②지식경제부장관은 제1항에 따라 입주승인을 한 때에는 별지 제14호서식의 입주(변경)승인서를 지원본부를 거쳐 신청인에게 교부하여야 한다. 입주변경승인을 한 때에도 또한 같다. <개정 2008.3.3> ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법시행규칙 별지 제13호 서식 | [별지 제12호서식] ( 앞쪽 ) | | 입주승인신청서 | 처리기간 | | 50일 | | 신청인 | 성명(법인인 경우는 대표자 성명) | | | 사업자(법인명) | | 사업자등록번호 | | | 법인등록번호 | | | 주소 또는 법인소재지 | | 전화 : | | 팩스 : | | 신청 내역 | 입주목적 | | | 연구(사업)분야 | | | 입주예정부지 | 위치 | | 토지이용 계획 | 총면적 | 조성지 | 원형지 | 기타 | | ㎡ | ㎡ | ㎡ | ㎡ | | 교육· 연 구 사업화 시설 설치 계획 | 구 분 | 합계 | 연구동 | 행정동 | 기숙사 | 부대시설 | | 건축면적 | ㎡ | ㎡ | ㎡ | ㎡ | ㎡ | | 연면적 | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | | 동수 | 동 | 동 | 동 | 동 | 동 | | 층수 | | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | | 건폐율 : ( /100 ), 용적률 : ( /100 ) | | 「 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제37조, 동법 시행령 제33조 제1항 및 동법 시행규칙 제9조제1항에 따라 위와 같이 신청합니다 . 년 월 일 신청인 (서명 또는 날인) 과학기술부장관 귀하 | | 첨부서류 | 수수료 | | 1. 사업계획서 1부 | 없음 | | 2. 사업계획에 소요되는 자금의 조달방법 1부 | | | 210㎜×297㎜(일반용지 60g/㎡(재활용품) | ○ 대덕연구개발특구등의육성에관한특별법시행규칙 별지 제14호 서식 | [별지 제14호서식] | | 제 호 입주(변경)승인서 | | 입주기관 | 성명(법인인 경우는 대표자 성명) | | | 사업자(법인)명 | | 사업자등록번호 | | | 법인등록번호 | | | 주소 또는 법인소재지 | (전화 : ) | | 승 인 내 용 | | 승인구분 | □입주승인 □입주변경승인 | | 입주목적 | | | 연구(사업) 분야 | | | 입주부지 | 합계 | 조성지 | 원형지 | 기 타 | | ㎡ | ㎡ | ㎡ | ㎡ | | 교육·연 구 사업화 시설 | 구분 | 합계 | 연구동 | 행정동 | 기숙사 | 부대시설 | | 건축면적 | ㎡ | ㎡ | ㎡ | ㎡ | ㎡ | | 연 면 적 | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | ㎡ (지하 ㎡) | | 동수 | 동 | 동 | 동 | 동 | 동 | | 층수 | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | 지상 층 지하 층 | | 건폐율 | /100 | | 용적률 | /100 | | 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법」 제37조 및 동법 시행규칙 제9조제2항에 따라 위와 같이 연구개발특구 입주를 승인합니다. 년 월 일 과 학 기 술 부 장 관 (인) | | 210㎜×297㎜(보존용지(1종) 120g/㎡) |