주주인 임원 인건비의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상여부

연구 및 인력개발비 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하여야 하는 것이고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 조세특례제한법 시행령 제13조 제8항 각호에 열거된 자를 제외하는 것임

[회신] 「조세특례제한법 시행령」 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①과 같은 법 시행규칙 제6조 제2항을 적용함에 있어 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하여야 하는 것이고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 같은법 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당되지 않아야 되는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 당사는 제조업을 영위하는 중소기업으로 기술개발촉진법에 의해 인가받은 기업부설연구소를 운영하고 있으며, 연구소에 근무하는 인원 중 임원이 2명이 연구개발만 전담하고 타 업무는 하지 않고 있음. 당사의 대표이사는 2인으로 대표A는 17%, 대표B는 15% 지분을 소유하고 있으며, 임원 “갑”은 등기임원(연구소장)으로 5%, 임원 “을”은 비등기임원으로 5% 지분을 소유하고 있음. 이 경우 임원 “갑”과 “을”이 주주인 임원으로서 조세특례제한법 시행령 제13조 제8항 제3호 에서 규정하는 특수관계자에 해당하는지 여부와 임원 “갑”과 “을”에 대한 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부에 대하여 질의함. ○ 질의요지 - 연구전담부서에 소속된 주주인 임원의 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 있는 요건 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제6조 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】 (2001. 3. 28. 제목개정) ① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조 의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (2005. 3. 11. 개정) ② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 “전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자( 주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다 )를 말한다. (1999. 4. 26. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제13조 【주식매수선택권에 대한 과세특례】 (2000. 12. 29. 제목개정) ⑧ 법 제15조 제1항ㆍ제2항 및 제4항에 따른 종업원 등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다. (2007. 2. 28. 개정) 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자 (2000. 12. 29. 개정) 2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제87조 제3항 의 규정에 의한 지배주주 및 당해 법인의 총 발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 (2005. 2. 19. 개정) 3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계에 있는 자 . 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제6호 의 규정을 적용함에 있어서 동호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호 에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 재조예46070-202, 2000.05.31 조세특례제한법시행령 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①과 동법시행규칙 제6조 제2항을 적용함에 있어 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 동법시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당되지 않아야 되는 것임.