공인인증업무수수료를 공인증서 유효기간에 따라 안분하여 손익인식여부

비영리내국법인은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대한 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있는 것임

[회신] 비영리내국법인은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대한 법인세와 「법인세법」 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 및 질의요지 대종회 문중 자금으로 후손을 위한 장학재단이나 노인복지재단을 설립 운영할시 어떤 세금이 부과되는지 등. 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정) 2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) 2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 (2006. 12. 30. 개정) 3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (2006. 12. 30. 개정) 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 제55조 의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설) 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조 의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙) 2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정) 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) 1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호 의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설) 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설) 가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 5. 「지방세법」 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설) 7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정) 1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설) 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설) 3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙) ⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정) ⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정) ⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제55조 【세 율】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “산출세액”이라 하며, 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정) 과세표준 세 율 1억원 이하 과세표준의 100분의 13 1억원 초과 1천300만원＋1억원을 초과하는 금액의 100분의 25 ② 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 그 사업연도의 제13조의 규정을 적용하여 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 그 사업연도의 과세표준으로 하여 제1항의 규정에 의하여 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 기본통칙 3-0…1 【비영리내국법인의 납세의무】 비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. (2003. 5. 10. 개정) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인22601-1095,1990.05.17 【질의】 1. 비영리단체(법인)인 농협이 고정된 주유설비에 의해 차량 등 실소비자에게 판매하는 일반 주유소를 경영할 수 있는지. 없다면 왜 할 수 없는지. 2.농협이 일반 주유소를 소유 경영할 수 있다면 법인인 농협이 법인세, 소득세, 부가가치세는 어떻게 처리 하여야 하는지의 여부 【회신】 비영리법인도 법인세법 제 1 조에 열거하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있는 것이고, 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 부가가치세법 제 1 조에 규정하는 재화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것임. ○ 법인22601-3119,1989.08.25 【질의】 당법인은 사회복지사업법 제7조 (법인의 설립인가)에 의하여 설립된 비영리 사회복지법인임. 금번 정부의 사회복지정책의 일환으로 노년기 증상으로 인한 장기치료 및 간병을 요하는 노인들을 실비로 입소시켜 요양케 하는 노인복지법 제13조 제3호 의 “노인요양시설”을 설치하였음. 본 시설을 개원하기에 앞서 이사업이 법인세법상 비영리법인의 수익사업에 해당하는지에 대하여 양설이 있어 질의함. (갑설)수익사업에 해당한다. (이유) 법인세법 제1조 제1항 단서에 의하면 법인의 정관 또는 사업목적에 불구하고 본 법에 열거된 사업은 “수익사업”으로 본다고 하였으므로 당의료사업이 당법인의 정관상 또는 노인복지법상의 목적사업이라 하더라도 의료업 내지는 대가를 받는 계속적 행위에 해당하므로 “수익사업”으로 보아 법인세의 과세대상이 된다. (을설)수익사업에 해당되지 않는다. (이유) 사회복지사업법 제17조 (수익사업) 및 수익법인의 설립·운영에 관한 법률 제4조 제3항(설립허가기준)의 규정에 의하여 비영리 수익법인이 그 목적사업을 수행하기 위하여 별도의 수익을 얻기 위한 사업을 행할 때에만 “수익사업”인 것이지, 그 고유목적사업자체는 비록 그 사업에서 수익이 발생된다 하더라도 법인세법상의 “수익사업”으로 볼 수 없기 때문임. 【회신】 귀 질의의 경우 사회복지법인이 행하는 사업이 법인세법 제1조 제1항 제2호 및 동법 시행령 제2조 제3항 제2호 규정의 사업에 해당하는 경우에는 그 수익사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세 납세의무가 있는 것임. ○서면2팀-1734, 2007.09.21 【질의】 (사실관계 및 질의요지) - 장학재단을 운영하는 비영리공익재단이 출연 받은 자산을 운용 또는 매각하 는 경우임. (질의1) 출연받은 부동산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 양도할 경우(1년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않았으며 출연당시 증여세가 과세되지 않은 자산임. 즉 법인세법 제62조 의 2 제4항 단서의 대통령령이 정하는 자산임) 법인세법 제52조의2 의 규정을 적용하면 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 처리하도록 되어있음. 그렇다면 이때 법인세법 제60조 규정에 의할 경우 당해 법인의 취득가액 은. (질의2) 출연받은 주택(아파트) 1호를 목적사업 영위를 위한 재원마련을 위해, 정관에 기재된 수익사업으로, 특수관계자에게 시가로 임대하였을 경우 법인세법 제27조 의 규정이 적용되는지 여부 (질의3) 출연받은 부동산을 임대수익을 위해 임대하여 주고 임차인이 일정기간 운용한 후 출연받은 부동산을 양도할 경우 법인세법 제55조 의 2가 적용되는지 여부 【회신】 귀 질의 1)의 경우, 수익사업을 영위한 사실관계가 불분명하여 명확한 회신에 어려움이 있으나, 비영리법인이 고정자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업( 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 의 수익사업을 제외)에 직접 사용한 것을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 같은 법 제3조 제2항에 의한 수익사업에 해당되고, 동 출연(증여)받은 자산의 취득가액은 같은 법 시행령 제72조 제1항 제5호에 의한 취득당시의 시가로 하는 것임. 질의 2)의 경우, 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호 의 규정에 의해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산의 판정시 당해 법인의 업무란 같은 법 시행규칙 제26조에서 규정하고 있는 업무를 말하는 것으로 귀 질의가 이에 해당하는지에 대하여는 실질내용에 따라 사실판단하기 바람. 질의 3)의 경우 내국법인이 「법인세법」 제55조 의 2 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)을 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하는 것으로, 출연 받은 부동산이 동조의 비사업용 토지 해당 여부에 대하여는 기질의 회신문(서면2팀-1135, 2007.6.12.)을 참고하기 바람. ○서면2팀-1135, 2007.06.12 【회신】 법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 「법인세법」 제55조 의 2 제1항 제3호의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 같은법 시행령 제92조의 3 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간 동안 같은 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 비사업용토지로 보는 것임.