비영리법인의 부동산 양도시 법인세 과세 여부

비영리내국법인이 임대중인부동산을 양도하는 경우 1990.12.31. 이전에 취득한 토지등 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」제60조 및 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임.

[회신] 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 임대중인부동산을 양도하는 경우로서「법인세법」부칙(1998.12.28 법률 제5581호)제8조 제2항의 규정에 의하여 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것이며, 이 경우 자산의 양도금액 및 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 각각 익금 및 손금으로하고 「법인세법」제55조의 세율을 적용하여 같은법 제60조의 규정에 의하여 법인세 과세표준의 신고를 하는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 당 종중은 서울특별시 중구 ××지구에서 1967년에 건물을 취득하여 개인사업자로 부동산을 임대하던 중 1998.1.1부터 법인으로 전환하였으며 동 지구는 도시 및 주거환경정비지역내에 소재하고 있음. ○ 질의내용 당 종중의 해당 부동산이 재개발에 의하여 장부가액이 △△백만원, 양도금액이 ◯◯억원으로 수용되는 경우에 법인세 과세여부 및 세율 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제1조 【정 의】 2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28 개정) 가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인 (1998. 12. 28 개정) 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다) (1998. 12. 28 개정) 다. 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정) 2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. ○ 법인세법 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호) 제8조 【수익사업소득계산에 관한 특례】 ② 제3조 제2항 제5호 의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 부 칙 (2005. 12. 31. 법률 제7838호) 제1조 【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행 하고, 제98조의 5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의 2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. ○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정) 2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액 (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정) 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바 에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법 제55조 【세 율】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “산출세액”이라 하며, 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정) - 과세표준 1억원 이하인 경우 세율은 과세표준의 100분의 13 - 과세표준 1억원 초과인 경우 세율은 1천300만원＋1억원을 초과하는 금액 의 100분의 25 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-2252, 2006.11.06 수익사업을 영위하는 비영리법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 구 「법인세법」 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물을 양도하는 경우 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임. ○ 서면2팀-1664, 2006.08.30 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 2005.12.31. 이후에 부동산을 양도하는 경우로서 1990.12.31. 이전에 취득한 토지의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있으며, 토지의 공시지가는 평가기준일 현재 고시된 가액으로 하는 것이며, 이 경우 법인세 과세표준 등의 신고는 법인세법 제60조 의 규정에 의하는 것임. ○ 서면2팀-1221, 2006.06.27 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 등을 양도한 경우에는 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조［수익사업소득계산에 관한 특례］ 제2항 규정에 의거 제3조 제2항 제5호의 개정규정(2005.12.31. 법률 제7838호)을 적용함에 있어 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임. ○ 서면2팀-720, 2006.05.02 수익사업을 영위하는 비영리법인이 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 구 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물을 2005사업연도에 양도한 경우 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것이나, 취득가액이 불분명하여 확인할 수 없는 경우에 해당하는지 여부는 소관세무서장이 사실조사한 후 판단할 사항임. ○ 서이46012-10236, 2003.01.30 비영리내국법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 고정자산으로서 법인세법시행령 제2조 제2항 의 규정에 의한 경우 제외)의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세법 제3조 제2항 의 규정에 의하여 수익사업에서 생기는 소득으로 보는 것이며, 당해 양도한 자산의 양도금액은 같은법 시행령 제11조 제2호의 규정에 의한 수익에 해당하고, 동 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 같은법시행령 제19조 제2호의 규정에 의한 손비에 해당하는 것임.