비영리내국법인의 건물양도소득의 법인세법 적용

수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이 과세대상 부동산을 양도시 자산양도소득에 대하여 과세표준 신고 또는 과세특례 규정을 선택 적용 할 수 있음

[회신] 비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것이며, 이 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 법인으로 보는 단체가 고정자산을 처분하였을 경우 당해 처분손익을 양도소득으로 신고하여야 하는지 법인세로 신고여부에 대한 질의임 ○ 질의요지 법인으로 보는 단체의 고정자산 처분의 신고방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제1조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28. 개정) 2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28. 개정) 가. 「민법」 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인 (2006. 12. 30. 개정) 나. 「사립학교법」 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 「민법」 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다) 다. 「국세기본법」 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2006. 12. 30. 개정) ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정) 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. 1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22. 개정) 2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정) 3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 ③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) 2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설) 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. ④ 「소득세법」 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) ⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정) ⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서이46012-10327, 2002.02.26 【질의】 조세특례제한법 제82조 (사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제)와 법인세법 제52조 의 2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)와 관련하여 종교법인 등이 특정지역의 토지 등을 양도하는 경우 양도소득세를 법인세로 추가하여 납부하는지. 【회신】 비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 제60조의 규정에 의하여 신고·납부하여야 하는 것이며, 동 법인이 같은법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것임. ○ 서면2팀-227, 2007.1.31 비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것이며, 이 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임