본사의 수도권외 지역 이전시 감면세액 계산

임시특별세액감면을 적용받는 사업(도매업)과 기타사업(제조업)을 구분경리하여 감면세액을 계산하며, 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 도매업에 종사하는 인원으로 하는 것임.

[회신] 「조세특례제한법」 제63조의 2 규정을 적용함에 있어서 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 계속하여 본점을 두고 도매업을 영위한 법인이 수도권 외의 지역에 소재하는 자회사(제조업)를 흡수합병한 후 3년 이내에 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 종전의 사업을 영위하는 경우에는 같은 법 제143조의 규정에 의하여 각 사업연도마다 감면을 적용받는 사업(도매업)과 기타사업(제조업)을 구분경리하여 감면세액을 계산하는 것이며, 이 경우 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 도매업에 종사하는 인원으로 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1999년 설립된 당사(A)는 서울시에 소재하고 도매업을 영위하고 있으며, 2006년 1월에 수도권외의 지역에 소재하는 자회사(제조업, 이하 ‘a')를 흡수합병한 후 즉시, 수도권외의 지역으로 본사를 이전하여 종전의 사업을 영위하고 있음. | 구분 | A(합병법인 부문) | a(피합병법인 부문) | 계 | | 수도권지역 근무인원 | 60 | 20 | 80 | | 수도권외의 지역 근무인원 | - | 26 | 26 | | 계 | 60 | 46 | 106 | 표1) 합병직전 상시근무인원 현황 | 구분 | A(합병법인 부문) | a(피합병법인 부문) | 계 | | 신규채용인원 | 2 | 1 | 3 | 표2) 본사 지방이전 이후 신규입사자 채용현황 | 구분 | A(합병법인 부문) | a(피합병법인 부문) | 계 | | 수도권지역 근무인원 | 25 | 20 | 45 | | 수도권외의 지역 근무인원 | 37 | 27 | 64 | | 계 | 62 | 47 | 109 | 표3) 신규입사자 채용 후 2006년 10월말 현재 상시근무인원 현황 ( 질문 ) 본사 지방이전에 대한 임시특별세액감면의 감면대상 소득금액 계산과 관련하여 조세특례제한법 제63조 의 2 제2항 제2호 다목에 규정된 인원비율 산정방법 < 갑설 > 감면대상인 합병법인 부분(A사)의 근무인원으로 인원비율을 계산하여야 함. 계산 사례) 37명 / 62명 = 60% < 을설 > 합병 후 합병법인 부분(A사)과 피합병법인 부문(a사) 근무인원을 구분하는 것이 현실적으로 불가능하므로 피합병법인 부분(a사) 인원을 포함한 전체인원으로 인원비율을 계산하여야 함. 계산 사례) 64명 / 109명 = 58.5% ○ 질의요지 - 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율 산정방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제63조 의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】 (2002. 12. 11. 제목개정) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업ㆍ소비성서비스업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2003. 12. 30. 단서개정) 1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 (2003. 12. 30. 개정) 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) (2005. 12. 31. 개정) ② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2003. 12. 30. 개정) 1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 (1999. 12. 28. 신설) 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 (2004. 12. 31. 개정) 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 (2005. 12. 31. 개정) 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 (2002. 12. 11. 개정) 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율( 동비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) (2002. 12. 11. 개정) 3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. (1999. 12. 28. 신설) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1127, 2006.06.16 조세특례제한법 제63조 의 2 규정을 적용함에 있어서 수도권과밀억제권역 안에서 3년 이상 계속하여 본점을 두고 도소매업을 영위한 법인이 수도권 외의 지역에 소재하는 자회사(제조업)를 흡수합병한후 3년 이내에 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 종전의 사업을 영위하는 경우에는 조세특례제한법 제143조 의 규정에 의해 각 사업연도마다 감면을 적용받는 사업(도소매업)과 기타사업(제조업)을 구분경리하여 감면세액을 계산하는 것임. ○ 재조예-859, 2004.12.28 1. 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 제조업을 영위하는 법인이 본사를 지방으로 이전한 후 도매업 등을 새로이 추가하는 경우 당해 도매업 등에서 발생한 소득은 조세특례제한법 제63조 의 2 제1항 제1호 및 동법 시행령 제54조 제2항 및 제60조의 2의 규정에 의하여 감면대상소득에 해당하지 아니하며, 2. 제조업을 영위하는 법인이 수도권과밀억제권내 본사를 지방으로 이전한 후 제조업 외의 업종을 추가한 경우의 감면세액계산을 함에 있어서 과세표준은 당해 제조업에서 발생한 소득에 한하고, 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 조세특례제한법 제143조 제1항 의 규정에 의해 제조업에 종사하는 인원으로 하는 것임.