국립대학이 설립한 산학협력단은 비영리법인이므로, 당해 법인이 영위하는 수익사업의 소득에 대하여는 법인세가 과세되는 것임

법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때 에는 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우에는 기질의 회신문(서면2팀-2152, 2006.10.25)의 회신내용을 참고 하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - ○○ 신도시 개발지역내 교회로 2006.05.25일에 한국토지공사(소유권이전됨)에 수용되었으나 2008.12.31까지 고유목적사업에 계속사용 예정임. - 동 소재지에 1).2001.9.20 순복음교회 장로 김○○(여자목사 남편임) 명의로 토지취득후 교회건물을 신축, 2). 2002.2.1 순복음 ○○교회 창립예배시작, 3).2003.9.1.000-00-00000로 고유번호 교부, 4). 2004.5.31.김○○ 지분을 순복음○○교회명의로 증여(순복음○○교회○○-00000), 5). 2005.10.17 법인으로 보는 종교단체(000-00-00000)로 고유번호발급, 6). 2006.05.28 한국토지공사에 수용 되었으나, 7).2008.12.31까지 고유목적사업인 종교활동 계속예정이며 그후 신도시내 새로운 교회 대체부지를 불하받을 예정임. ○ 질의요지 - 고유목적사업개시의 기간 판단시 기산일은 1) 내지 5)중 언제이며, 종료일은 6)과 7)중 어느 것인지 여부. 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정 ○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. ○ 국세기본법 제13조 [ 법인으로 보는 단체 ] ① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. 1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것 3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면4팀-1814, 2006.06.16 【회신】 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 제13조 제1항 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것이며, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 국세인 양도소득세가 과세되는 것임. ○ 법인세법시행령 제2조 제2항 을 적용함에 있어 국세기본법 제13조 제2항 에 의하여 법인으로 승인 받은 법인격 없는 단체가 󰡐 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용󰡑하였는지 여부를 판단함에 있어 법인격 없는 단체가 법인으로 승인 받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하는 것임(서면2팀-2152, 2006.10.25)