법인으로 승인받은 교회가 토지를 양도한 경우 법인세 과세표준 신고를 하지 않을 수 있으며 3년 이상 고유목적 사업에 사용한 토지라면 법인세가 과세되지 않는 것임
전 문
[회신]
「국세기본법」 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 교회가「법인세법」제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유 중인 교회 토지 일부를 양도하는 경우에는 같은 법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것입니다.
귀 질의의 경우 당해 부동산이 이에 해당되는 지는 고유목적 사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| ○ 事實關係 ―본 교회는 2004. 5. 8.일자로 세무서장으로부터 “법인으로 보는 단체”로 승인을 받았으며 금번에 본 교회를 신축함에 있어서 교회가 보유 중인 토지 일부를 양도하고 그 대가로 교회를 신축하고 있는데 양도소득 금액을 계산하여 신고․납부하고자 함. ○ 質疑內容 質疑 1)의 경우 양도소득세를 신고․납부함에 있어서 법인세법 제62조 의 2의 규정인 “비영리내국법인의 자산 양도소득에 대한 과세특례”를 적용받아 법인세 신고를 하지 아니하고 양도소득세를 납부하여야 하는지 여부 質疑 2)의 경우 양도소득 금액을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 소득세법 제96조 제1항 의 규정대로 양도 당시 및 취득 당시 기준시가대로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득 금액을 계산하여야 하는지 여부 |
| 2. 질의내용에 대한 참고자료 |
| 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998.12.28. 개정) 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28. 개정) 2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 |
| 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998.12.28. 개정) 6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28. 개정) ○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. 1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001.12.31. 신설) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001.12.31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. |
| 나. 관련 예규(예규, 심사, 심판, 대법원 판례) |
| ○ 서면2팀-1841, 2005.11.18. 【질의】 (사실관계) 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 따라 관할 세무서로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 공익법인에 해당하는 비영리내국법인인 교회가 2002. 1. 1. 이후 교회 부동산을 양도하는 경우로서 3년 이상 고유(종교)목적에 직접 사용하면 100％ 비과세되는지의 여부 (질의내용) (1) 법인세법 제3조 제2항 각호의 수익사업이 있는 경우에 해당 양도차익에 대하여 법인세로 신고 납부하는지 여부 (2) 법인세법 제3조 제2항 각호의 수익사업이 없는 경우에 해당 양도차익에 대하여 법인세로 신고하는 방법과 자산 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세 신고하는 방법 중 선택하여 신고하는지. (3) 위 (2)의 경우 3년 이상 고유(종교)목적에 직접 사용하여야 하는 기간을 충족시키면 100％ 비과세되는지 여부 【회신】 「국세기본법」 제13조 제2항 의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 교회가 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유 중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은 법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것임. 귀 질의의 경우 해당 부동산이 고유목적 사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임. |