중복공제 배제 적용여부

「사립학교법」에 의해 설립된 고정자산처분이익만 있는 비영리내국법인은 「조세특례제한법」 제74조 규정에 의하여 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것이며 「법인세법」 제60조 규정을 적용하여 신고하되 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에도 무신고로 보지 아니하는 것임

[회신] 「사립학교법」에 의해 설립된 고정자산처분이익만 있는 비영리내국법인은 「조세특례제한법」 제74조 규정에 의하여 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것이며 「법인세법」 제60조 규정을 적용하여 신고하되 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에도 무신고로 보지 아니하는 것임 1. 질의내용 요약 ○ 질의요지 법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하자 아니하는 사립학교법에 의해 설립된 비영리내국법인이 수익사업에서 발생한 양도차익(고정자산처분수입)만 있는 경우 양도차익 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는지 여부세무조정으로 손금산입할 수 있는지 여부 및 조정계산서 작성 방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. ② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. 1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) (1998. 12. 28. 개정) 2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) 3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (1998. 12. 28. 개정) ③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정) ④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. ② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득 은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001. 12. 31. 개정) 1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금 (2005. 12. 31. 개정) 2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호 ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정) 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정) 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2004. 1. 29. 개정)