전 문
[회신]
연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 「조세특례제한법」 제132조 제1항 제3호의 개정규정에 의한 최저한세 적용의 배제는 2004. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에서 발생하는 분부터 적용하는 것이고, 중소기업에 대한 특별세액 감면과 고용증대 특별세액 공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용하는 것이며, 법인세법에 의한 가산세는 같은 법 제76조 규정에 따르는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| 2003년 이전 발생한 연구 및 인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 없이 전액 공제 가능한지 여부와 경정청구를 할 수 있는지 여부, 조세특례제한법상 중소기업 특별세액 감면과 고용증대 특별세액 공제가 동시적용 받는 것이 가능한지 여부와 중복지원의 배제규정에 따라 수정신고 시 부담할 가산세에 대하여 질의함. |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 부 칙 (2003.12.30. 법률 제7003호) 제1조 【시행일】 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제44조, 제73조 제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제121조의 2 제2항 본문, 동조 제4항 제1호 본문ㆍ제2호 본문 및 동조 제5항 제2호 본문ㆍ제3호 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며, 제126조의 2 제1항(현금영수증에 관한 부분에 한한다) 및 제126조의 3(제1항 중 현금영수증 결제건수의 세액공제에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 대통령령이 정하는 날부터 시행한다. 제2조 【일반적 적용례】 ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. ② 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. ③ 이 법중 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 증여받는 분부터 적용한다. ④ 이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. ⑤ 이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다. |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ⑥ 이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다. ⑦ 이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 수입신고하는 분부터 적용한다. ⑧ 이 법중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 취득ㆍ등기 또는 등록하는 분부터 적용한다. 제42조 【세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치】 이 법 시행당시 종전의 제144조 제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. ○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제10조의 2, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제30조의 4, 제94조, 제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (2004.12.31. 개정) |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| 【분류/일자】법인46012-630, 1993.03.16. 【제목】 과소신고 가산세는 과세표준 금액과 관련 있으므로 감면세액 과다계산의 경우는 적용 안 됨 【요약】 법인세 과세표준을 신고함에 있어서 과세표준에는 포함하였으나 감면세액을 과다 계상한 경우는 과소신고 가산세가 적용되지 아니함. 【질의】 ◦ 종교 법인이 보유하던 토지를 양도하고 법인세 신고를 하면서 - 조세감면규제법 제58조에 의한 50의 세액면제를 받아야 하나, 조세감면규제법 제67조의 14에 의하여 100 세액면제를 받은 경우 - 수정신고 또는 경정에 의하여 감면세액을 추징하면서 과소신고 가산세 법인세법 제41조 제1항 제2호 를 적용하는지. 〈갑설〉 과세표준 전체에 대하여 적용 〈을설〉 과세표준 신고는 되어있었으므로 과소신고 가산세 없음. 〈병설〉 과세표준의 50을 과소신고 가산세 적용 【회신】 법인세 과세표준을 신고함에 있어서 과세표준에는 포함하였으나 감면세액을 과다 계상한 경우는 법인세법 제41조 제1항 제2호 의 과소신고 가산세가 적용되지 아니하는 것임. 【분류/일자】서면2팀-2546, 2004.12.06. 【회신】 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 의 개정규정에 의한 최저한세 적용의 배제는 2004. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에서 발생하는 분부터 적용하는 것임. |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| 【분류/일자】국심2005서2895, 2005.10.17. 【제목】 중소기업의 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 최저한세 적용배제는 2004. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도 발생 분부터 적용하는 것임 【결정요지】 중소기업의 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대한 최저한세 적용배제와 관련 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법 제132조 제1항 의 규정의 적용은 2004. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용하는 것으로, 2003.12.31. 현재 이월공제액은 적용대상이 아님. 【결정이유】 3. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구법인은 중소기업으로서 2003.12.31. 현재 최저한세가 적용되어 공제받지 못하고 이월되어 있는 연구 및 인력개발비 세액공제액이 161,783천원(쟁점 이월공제액)이며, 2004. 1. 1. 이후에 발생한 연구 및 인력개발비 세액공제액은 13,463천원인 것으로 확인되고, 청구법인은 당초 2004. 1. 1.∼2004.12.31. 사업연도 법인세 신고 시 쟁점 이월공제액은 최저한세를 적용하여 동 범위 내에서 25,790천원을 공제하고, 당해 연도 발생분 13,463천원은 최저한세 적용을 배제하여 전액을 세액공제 하였다가 쟁점 이월공제액 전액을 최저한세 적용배제 대상으로 법인세 신고서를 경정하고 기납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구서를 처분청에 제출한 사실이 확인되며, 처분청은 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대하여 최저한세 적용을 배제하는 것은 2004. 1. 1. 이후 발생분에 한하는 것이고 그 이전에 발생되어 최저한세가 적용된 결과 이월되어 있는 세액공제액은 종전의 규정과 같이 최저한세가 적용되는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. (2) 이에 대하여 청구법인은 개정 법률의 규정상 2004. 1. 1. 이후 발생된 연구 및 인력개발비 세액공제액에 대하여만 최저한세 적용을 배제한다는 내용이 없으므로 쟁점 이월공제액에 대하여도 전액 최저한세 적용을 배제하여야 한다는 주장이다. |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| (3) 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제132조 의 규정에 의하면 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액에 대하여 최저한세를 적용하였다가, 2003.12.30. 연구 및 인력개발 분야의 지속적인 투자를 지원하기 위하여 중소기업의 연구 및 인력개발비에 대하여는 전액 최저한세의 적용을 배제하는 것으로 동 규정을 개정한 바 있으나, 개정 법률의 부칙 제1조에 의하면 개정 법률의 규정은 2004. 1. 1.부터 시행하도록 하면서, 부칙 제42조에서 개정 법률의 시행 당시 종전의 제144조(세액공제액의 이월공제) 제1항의 규정에 의한 공제대상 세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 종전의 제144조에서 연구 및 인력개발비의 세액공제의 경우 7년간의 이월공제기간을 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 최저한세의 적용배제는 2004. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용하는 것이며, 전기에 이월된 최저한세 대상 공제액을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제하고 당기에 발생된 세액을 공제하여 납부할 법인세액 및 이월될 세액공제액을 계산하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. |