재단법인이 받는 토지사용료는 부동산 임대소득으로 수익사업에서 발생한 소득에 해당되어 법인세로 납부하는 것임
전 문
수익사업을 영위하는 재단법인이 수익사업에 사용하는 부동산을 양도하는 경우 비영리법인 자산양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않음
[회신]
귀 질의의 부동산거래가 장기할부조건에 해당하는지 여부는 법인세법시행령 제68조 제3항 및 소득세법시행규칙 제78조 제3항에 따라 판단하는 것이며,
재단법인이 받는 토지사용료는 법인세법 제3조 제2항 제1호에 규정한 부동산 임대소득으로 수익사업에서 발생한 소득에 해당되어 법인세로 납부하는 것이며,
수익사업을 영위하는 재단법인이 수익사업에 사용하는 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제62조의 2에 규정한 비영리법인 자산양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않으며, 따라서 2001.12.31. 이전 양도분에 대하여는 법인세법을 적용하여 각사업연도 소득에 대한 법인세와 2001.12.31. 삭제된 특별부가세가 적용되는 경우 특별부가세로 납부하는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| ○ 사실관계 o 재단법인이 19655년 설립 시 기본재산으로 등록한 토지를 2001년 다음과 같이 매매계약을 체결함 - 계약일: 2001. 7.28. - 1차 중도금: 2001.12.31 - 2차 중도금: 2002.7.28. - 잔 금: 2003. 7.26. (소유권 이전은 잔금수령과 동시에 하며 2차 중도금기일까지 지급하지 않는 경우 계약은 무효가 되며 계약금을 받은 후 토지사용승락서를 발급) o 토지상에 무단 점유하여 살고 있는 무허가 가옥주가 미납한 토지사용료 40억원을 매수자가 대납함 ○ 질의요지 1. 쟁점부동산 거래가 장기할부조건에 해당되는지 여부 2. 매수자가 대납한 토지사용료 연체액이 자산의 양도대가인지 아니면 사업수입금액에 해당되는지 여부 3. 토지매매에 따른 재단이 납부하여야 할 세금의 산출 방법 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.(1998.12.28. 개정) ② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(1998.12.28. 개정) |
| 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 법인세법시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.(1998.12.31. 전면개정) 1.～2.(생략) 3. 상품 등 외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다). 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.(1998.12.31. 전면개정) 4.(생략) ○ 구 법인세법시행령 제124조의2 【특별부가세의 과세표준계산】 ①～⑫(생략) ⑬ 법 제59조의2 제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법 시행령 제162조 의 규정을 준용한다(1995.12.30. 개정) ○ 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담한기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다(1998.12.31. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일(2001.12.31.) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(1994.12.31. 전면개정) |
| 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날(1999. 12.31. 개정) 4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.(1994.12.31. 전면개정) 5.～6.(생략) ○ 소득세법시행규칙 제78조 【장기할부조건의 범위】 ③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 장기할부조건”이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 의하여 수입하는 걱 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.(2001. 4.30. 개정) 1. 당해 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것(1997. 5. 7. 개정) 2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것(2000. 4. 3. 개정) |
| 나. 유사사례 |
| ○ 서면2팀-1221, 2006.06.27. 1. 귀 질의1)의 경우 양도시기가 불분명하지만 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 등을 양도한 경우에는 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조［수익사업소득계산에 관한 특례］ 제2항 규정에 의거 제3조 제2항 제5호의 개정규정(2005.12.31. 법률 제7838호)을 적용함에 있어 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991. 1. 1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임. |
| 나. 유사사례 |
| ○ 서면2팀-2027, 2004.10.05. 법인이 보유 중인 토지의 양도로 인한 손익의 귀속사업연도는 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 『대금청산일, 소유권이전등기일 또는 사용수익일 중 빠른 날』이 속하는 사업연도로 하는 것이며, 이 경우 “사용수익일”은 당사자간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날로 하되, 별도의 약정이 없는 경우에는 양도법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날로 하는 것으로, 귀 질의의 경우 매수자가 당해 자산을 실질적으로 사용수익하는지 여부는 잔금청산 또는 소유권이전등기일까지 양도자의 관리ㆍ통제권 행사 정도(홍수 등 양 당사자의 귀책사유없는 자산 훼손사유의 발생빈도 등), 제세공과금의 부담상황 등을 참작하여 사실판단할 사항임. o 법인이 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 의 규정에 의한 손익귀속사업연도 이후 사업연도에 부동산 양도손익을 인식하면서 현재가치할인차금을 계상한 경우 동 현재가치할인차금은 익금산입(유보)하고, 그 상각액을 익금불산입(△유보)하는 것임. ○ 재재산-341, 2004.03.15. 1. 질의 1에 대하여, 장기할부조건에 의한 양도의 경우 법인의 각 사업연도 소득의 귀속시기는 구 법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제5호의 규정에 의거 당해 사업연도 및 그 후의 사업연도에 있어서 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 양도금액을 당해 사업연도의 익금으로 산입하는 것이며, 특별부가세의 과세표준 계산시 그 취득시기 및 양도시기는 위 시행령 제124조의 2 제13항 및 소득세법시행령(1998. 12.31. 대통령령 제15967호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제3호에 의하여 첫회 부불금의 지급일임. |