외투기업세액감면 대상기간 중 감면받지 않은 경우 임시투자세액공제 적용

세액감면과 세액공제간 중복배제여부는 과세연도 단위로 결정하는 것으로서 외국인투자기업 세액감면 적용대상기간중 동 세액감면을 받지 아니한 경우에는 임시투자세액공제를 적용받을 수 있음

[회신] 귀 질의의 경우, 법인이 「조세특례제한법」제127조 제3항을 적용함에 있어 세액감면과 투자세액공제간 중복배제여부 판정은 과세연도 단위로 결정하는 것으로서 같은 법 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 외국인투자기업에 대한 세액감면 적용대상기간중 동 세액감면을 적용받지 아니하는 경우에는 임시투자세액공제를 전액 적용 받을 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 당사는 외국인 투자기업으로서 현재 2개의 제조 사업부(A, B)를 운영하고 있던중 2002년에 B사업부문이 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 “고도의 기술을 수반하는 사업”으로 인정받아 외국인투자세액감면을 적용 받게 됨. - 동 고도사업은 2003년부터 시작되었으나 회사 전체로는 ’02-’05사업년도까지 법인세 과세표준이 ‘0’인 관계(B사업부의 각 사업년도소득: ’02년도“0”,’03년도“0”, ’04년도:10억, ’05년도 “0”; 전체사업년도 산출세액: 02년도“0”,’03년도“0”, ’04년도: 이월결손금공제로 “0”, ’05년도 “0”)로 실제 납부한 법인세는 없음. - 따라서 ’05년도까지 외국인투자세액감면의 적용 시기는 미 도래한 것으로 보아, 법인세 신고시 별지 48호 서식인 ‘구분소득계산서’를 제출하지 않았고, 임시투자세액공제와 중복문제가 발생하지 않아 ’02-’05년도까지 계속 하여 임시투자세액공제를 신청하였으며 산출세액이 발생하지 않아 전액 이월되고 있음. - 당사는 ’06년도부터 납부세액 및 고도사업 관련인 B사업부문에서 소득금액이 발생할 것으로 예상되어 조세특례제한법 제121조의2 제2항 의 규정에 따라 외국인투자세액감면을 적용받고자하였으나, ’04년도에 B사업부문에서 회계상 당기순이익은 발생하지 않았으나 법인세상 세무조정사항을 반영한 후인 각 사업년도 소득금액은 발생(’03년도의 결손근공제로 인하여 ’04사업년도 산출세액은 없음)한 사실을 후에 알게 됨. ○ 질의요지 이와 같이 아래 사실관계일 경우 (갑설): 2004년과 2005년에 대하여 법인세 수정신고를 하여야 한다. (을설): 2004년과 2005년에 대하여 법인세 수정신고를 하지 않아도 되며, 2006년도부터 외국인투자세액감면을 적용하되, 다만 2006년도에는 임시투자세액공제를 신청하지 않으면 된다. 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 ③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정을 적용함에 있어서 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 당해 규정에 의하여 공제할 세액에 당해 기업의 총 주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】 ① 내국인은 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제104조의 9, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제122조, 제122조의 2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2005. 12. 31. 개정) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1668. 2004.08.12. 【회신】 질의1의 경우, 조세특례제한법 제127조 제3항 을 적용함에 있어 세액감면과 투자세액공제 간 중복배제여부 판정은 과세연도 단위로 결정하는 것으로서 같은법 제121조의2 또는 제121조의4의 규정에 의한 외국인투자기업에 대한 세액감면적용대상기간 중 동 세액감면을 적용 받지 아니하는 경우에는 같은법 제26조의 임시투자세액공제를 전액 적용받을 수 있는 것으로 아래의 기 질의회신을 참고하시기 바랍니다(서이 46017-11535. 2003.08.25). ○ 서이 46017-11535. 2003.08.25. 【회신】 조세특례제한법 제127조 제3항 을 적용함에 있어 세액감면과 투자세액공제간 중복배제여부 판정은 과세연도 단위로 결정하는 것으로서 같은 법 제121조의2 또는 제121조의4 의 규정에 의한 외국인투자기업에 대한 세액감면적용 대상기간 중 동 세액감면을 적용받지 아니하는 경우에는 같은 법 제26조의 임시투자세액공제를 전액 적용받을 수 있는 것이며, 동 세액감면을 적용받지 아니한 사유가 결손금 발생이라 하여 달라지는 것은 아니며, 따라서 결손금발생으로 임시투자세액공제액이 이월된 경우 이월된 임시투자세액공제액 전액에 대해 조세특례제한법 제132조 의 규정에 의한 최저한세의 범위내에서 세액공제를 받음과 동시에 당해 사업연도 외국인투자기업에 대한 세액감면도 적용이 가능한 것임