법인으로 보는 종중이 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것은 법인세 과세 제외되는 것임
전 문
[회신]
귀 질의의 경우 종중이 국세기본법 제13조 제2항의 신청에 의하여 종교단체로서의 민법 제32조의 규정에 의한 법인으로 보는 단체이면서 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 확인되는 때에 수익사업소득에서 과세 제외되는 것이며, 이에 대하여는 우리 센터의 유사사례에 대한 기존 질의회신 서이46012-11076(2003.05.29.)호 및 서이46012-11076(2003.05.29.)호를 참조하시기 바라며,
귀 종중 법인이 같은 법 시행령 제36조 제1항 1호의 규정에 의하여 수익사업소득을 고유목적사업비로 지출하였더라도 종교의 보급과 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체(지정기부금단체)가 아닌 경우에는 지정기부금으로 손금 산입할 수 없는 것이며, 이 경우에 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금 포함)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 처리하는 것입니다. 이에 대하여는 우리센터의 유사사례의 질의회신 서이46012-11865(2003.10.25.)호를 참고하시기 바랍니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| ○ 질의 1. 조상대대로 물려 받은 위토(전답, 임야, 대지)를 매각하는 경우 종중법인의 재산으로 보아야 하는지와 ○ 질의 2. 종중이 영리사업을 영위하는 경우 장학사업, 노인복지사업에 대하여 세금 혜택은 무엇인지에 대하여 궁금함 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련조세법령( 법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 제36조 【지정기부금의 범위】 ① 법 제24조 제1항에서 대통령령이 정하는 기부금이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 지정기부금단체 등이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 (2001. 12. 31 개정) 가. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인 (1998. 12. 31 개정) 나. 초중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 기능대학법에 의한 기능대학 또는 평생교육법에 의한 원격대학 (2001. 12. 31 개정) 다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체장학단체기술진흥단체 (2001. 12. 31 개정) 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체(문화예술진흥법에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체 (2001. 12. 31 개정) 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (1998. 12. 31 개정) 바. 의료법에 의한 의료법인 (2001. 12. 31 개정) 사. 가목 내지 바목의 지정기부금단체 등과 유사한 것으로서 재정경제부령이 정하는 지정기부금단체 등 (2001. 12. 31 개정) ③ 제1항 제1호 본문 및 제2항에서 고유목적사업비라 함은 당해 비영리법인 또는 단체에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업(보건 및 사회복지사업중의료업을 제외한다)외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다. (’01. 12. 31 개정) |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련조세법령( 법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ① 법인세법(이하 법이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하한국표준산업분류라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. (98. 12. 31 개정) 1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)조경 및 관련 서비스업외의 농업 (98. 12. 31 개정) 2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (1999. 12. 31 개정) 2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인이 국내에서 영위하는 선급검사용역 (2001. 12. 31 신설) 3. 교육서비스업 중 초중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업 (2001. 12. 31 개정) 4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법에 의한 사회복지사업 (98.12.31개정) 5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업 (1998. 12. 31 개정) 가. 국민연금법에 의한 국민연금사업 (1998. 12. 31 개정) 나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다) (1998. 12. 31 개정) 6. 비생명보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업 (2001. 12. 31 개정) 7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업(98.12.31 개정) 8. 금융 및 보험 관련 서비스업 중 다음 각목의 사업 (2002. 12. 30 신설) ② 법 제3조 제2항 제5호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지관리 등을 위한 관람료입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31 개정) |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서이46012-10292(2003.02.10)호 - [질의] 종중이 보유하는 농지로서 제수용품을 생산조달할 목적의 묘답이 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산에 해당하는지 [회신] 비영리내국법인이 보유중인 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 한하여 법인세법시행령 제2조 제2항 의 규정에 의거 법인세가 과세되지 아니하는 것으로 귀 질의의 경우에도 종중이 법인격을 가진 경우로서 보유중인 부동산이 당해 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 같은 규정이 적용되는 것임 ○ 서이46012-11865(2003.10.25)호 - [질의] 민법 제32조 및 문화관광부및문화재청소관비영리법인의설립및감독에관한규칙 제4조의 규정에 의하여 서울특별시장이 설립을 허가한 (사단)한국기독교사회문제연구원은 에큐메니칼(교회일치운동) 정신을 바탕으로 하나님의 정의와 평화, 창조질서의 보전을 현실화하기 위하여 한국의 정치, 경제, 사회, 문화를 분석하여 대안적인 사회형성에 기여하는 것을 목적으로 하여 교회의 사회적 책임을 실천하기 위해 당면한 과제를 분석하고 대안을 모색하는 사업 등을 하고 있는 바, 동 사단법인이 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목에 규정된 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 해당하여 지정기부금단체로 볼 수 있는지 여부 [회신] 귀 법인의 경우 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 해당되지 아니하는 것이나, 같은법시행규칙 제18조 제1항 제39호의 규정에 해당되는지 여부는 별도 판단할 사항임 |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서이46012-11076(2003.05.29)호 [회신] 비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항 의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고, 종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제규정을 적용 받을 수 없는 것임 [질의] 종교법인이 1961. 9월 취득한 임야를 1976. 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기 필. 소유권이 종교법인과 이중등기 국방부 등기는 1994. 3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유사용 중(종교법인에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구) 당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001. 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 (’01.12.29 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 갑설〉고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지 사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음 을설〉고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄 |