비영리법인이 1사업연도 중 수 차례 양도한 토지를 합산 신고하지 않은 경우 특별부가세의 과세표준에 대한 결정을 하는 것임
전 문
[회신]
구「법인세법」제103조 및 제104조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인은 부동산 등 양도소득의 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 보는 것이나,
1사업연도 중 수 차례 양도한 토지를 합산하여 신고하지 아니한 경우에는 구「법인세법」제103조 제3항에 의하여 특별부가세의 과세표준에 대한 결정을 하는 것이며, 이 때, 양도소득과세표준 예정신고 납부세액은 기납부세액으로 공제하는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| <사실관계> 수익사업이 없는 비영리내국법인이 2001년 3차례 토지를 양도하고 구 「법인세법」제103조 및 구「법인세법」제104조에 의한 [비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례] 규정에 의한 신고를 하지 못하여, 법인세 신고기한내에도 무신고 하게 됨 (1) 첫 번째 양도 : 신고 및 납부 (2) 두 번째 양도 : 신고 및 납부( 첫 번째 양도분 합산신고) (3) 세 번째 양도 : 법인세 무신고, 양도소득세 신고방법으로 신고 ( (1), (2) 양도분 합산신고 않음) <질의내용> 이 경우에 처분청은 수익사업이 없는 비영리법인에 대한 부동산 양도에 대한 징수세액의 결정에 있어서 어떠한 근거법령에 의해 어떠한 세액을 결정하여 징수하여야 되는지 여부 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 구 법인세법 제99조 【과세표준】(2001.12.31 삭제) ① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것) 2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ○ 구 법인세법 제101조 【세율】(2001.12.31 삭제) ① 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 제99조의 규정에 의한 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 1. 미등기양도토지등의 경우 과세표준의 100분의 30 2. 제1호외의 경우 과세표준의 100분의 15 ○ 구 법인세법 제102조 【신고․납부․결정․경정 및 징수】(2001.12.31 삭제) ① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고․납부․결정․경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고․납부․결정․경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고․납부․결정․경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항의 규정을 준용한다. |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 구 법인세법 제103조 【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】 (2001.12.31, 삭제) ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 부동산등 양도소득이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) ③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고납부결정경정 및 징수에 관하여는 제102조의 규정을 준용한다. (1998. 12. 28 개정) ④ 제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 구 법인세법 제104조 【비영리내국법인의 양도소득과세표준의 예정신고 등】 (2001.12.31, 삭제) ① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2000. 12. 29 개정) ② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2000. 12. 29 개정) |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29 단서신설) ○ 소득세법 시행령 제173조 【양도소득과세표준 확정신고】 ④ 법 제110조 제4항 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (2000. 12. 29 신설) 1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우 (2000. 12. 29 신설) |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서이 46012-10827 , 2001.12.28 수익사업을 영위하지 아니하던 비영리법인이 사업연도 중에 부동산을 양도하고 법인세법 제103조 및 제104조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 후 같은사업연도 중에 법인세법시행령 제2조 에 규정된 수익사업을 개시한 경우 당해 비영리법인은 그 부동산의 양도차익 등에 대하여 법인세법 제60조 의 규정에 의한 각사업연도소득에 대한 법인세와 같은법 제102조의 규정에 의한 특별부가세를 신고하여야 하는 것이며, 이 경우 제102조의 규정에 의한 특별부가세 신고시 예정신고 납부세액을 기납부세액으로 공제하는 것이나 소득세법 제108조 규정의 예정신고 납부세액 공제에 상당하는 금액은 이를 공제하지 아니하는 것임 ○ 서이 46012-10292, 2001.10.04 학교법인이 교육용 기본자산 또는 수익용 자산인 토지 등을 양도하는 경우 법인세법 제2조 와 제99조 및 제103조의 규정에 의하여 특별부가세 납세의무가 있는 것이며, 조세특례제한법 제81조 에 규정된 요건을 충족하여 양도하는 경우에는 특별부가세가 면제되는 것이나 귀 질의의 경우가 이러한 요건을 충족하는지 여부는 사실관계에 따라 판단할 사항임 |