농업회사법인의 농지 외 소득의 감면여부

농업회사 법인이 양수받은 사업에서 감면대상이 되는 부대사업소득이 발생한 경우에는 같은 법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 농업회사법인에 대한 법인세의 감면이 적용되는 것임

[회신] 귀 질의1)의 경우 질의의 농지외소득이 조세특례제한법 제68조 제1항의 감면대상에 해당되는 소득인지 여부가 불분명하나, 「농업․농촌기본법」에 의한 농업회사법인이 다른 사업자로부터 양수받은 사업에서 같은 법 시행령 제21조에 의한 농업회사법인의 부대사업소득이 발생한 경우에는 「조세특례제한법」제68조 제1항의 규정에 의해 같은 법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 농업회사법인에 대한 법인세의 감면이 적용되는 것으로, 우리청 기 회신 사례인 서면2팀-799(2007.05.01호)를 참고하시기 바라며, 귀 질의2)의 경우 내국법인이 법인세법 제55조의2 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임 [ 첨부서류] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 농업인이 소유하던 농지 등을 현물출자 방식에 의하여 농업회사법인으로, 현물출자 등에 의하여 종전사업을 승계하였음 ○ 질의요지 질의1) 농업회사법인이 운영도중 농지 외 소득에 대한 법인세는 창업중소기업에 대한 세액감면을 준용하여 세액감면을 적용하도록 되어 있는데, 조세특례제한법 제6조 제4항 의 현물출자 등에 의하여 종전의 사업을 승계하는 경우 등은 창업으로 보지 않는데 세액감면이 가능한 지 여부? 질의2) 농업회사 법인이 현물출자받은 농지를 3년이 지난 이후에 양도시 토지 등 양도소득세 과세특례에 따른 법인세를 부과받는 지 여부? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 통칙) ○ 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. (2006. 12. 30. 개정) ② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항 내지 제8항을 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) ④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조 제2항 의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. (2006. 12. 30. 신설) ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다 ○ 조세특례제한법 시행령 제65조 【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】 ① 법 제68조 제1항에서 “대통령령이 정하는 소득”이란 다음 각 호의 소득을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득 (2008. 2. 22. 개정) 2. 「농업ㆍ농촌기본법 시행령」 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득 (2008. 2. 22. 개정) 3. 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득 (2008. 2. 22. 개정) ○ 법인세법 제55조 의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설) 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조 의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙) 2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정) 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) 1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호 의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설) 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설) 가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 5. 「지방세법」 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설) 7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정) 1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설) 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설) 3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙) ⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정) ⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정) ⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-799, 2007.05.01. 【제목】 농업회사법인이 다른 사업자로부터 양수 받은 사업에서 농업회사법인의 부대사업소득이 발생하는 경우 농업회사법인에 대한 법인세 감면이 적용되는 것임 【질의】 가. 사실관계 - 농업회사법인으로 농민 또는 영농조합법인 등으로부터 농산물(과일, 채소류)을 구입하여 대형마트에 판매 - 당해 농업회사법인의 소득은 농산물 도매업을 영위하던 일반영리법인의 사업부분을 포괄양수하여 발생된 것임. 나. 질의요지 농업회사법인의 발생 소득 중 포괄양수 사업부분에서 발생한 소득이 농업외 소득에 해당된다면 조세특례제한법 제6조 제1항 을 준용하여 조세특례제한법 제68조 의 법인세의 감면을 적용받을 수 있는지 여부 【회신】 「농업ㆍ농촌기본법」에 의한 농업회사법인이 다른 사업자로부터 양수받은 사업에서 같은법 시행령 제21조에 의한 농업회사법인의 부대사업 소득이 발생한 경우에는 「조세특례제한법」 제68조 제1항 의 규정에 의해 「조세특례제한법」 제6조 제1항 의 규정을 준용하여 농업회사법인에 대한 법인세의 감면이 적용되는 것임.