주식의 포괄적 교환에 대한 과세특례에서 자기지분에 대해 주식 미교부시 주식발행비율 산정방법

A법인이 B법인과 주식의 포괄적 교환을 통해 완전모자회사 관계가 되면서 A법인(완전모회사)이 교환일로부터 2년 이전에 보유하고 있던 B법인(완전자회사)의 지분에 대해서는 주식을 교부하지 않는 경우에도 그 지분비율에 따라 주식을 교부한 것으로 보아 ‘교환대가 중 주식가액이 80% 이상인지 여부’를 판단함

[회신] A법인이 B법인과 주식의 포괄적 교환을 통해 완전모자회사 관계가 되면서 교환대가로 주식만을 발행하여 지급하면서, A법인(완전모회사)이 교환일로부터 2년 이전에 보유하고 있던 B법인(완전자회사)의 지분에 대해서는 주식을 교부하지 않는 경우에도 그 지분비율에 따라 주식을 교부한 것으로 보아 조세특례제한법 제38조‘주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례’의 ‘교환대가 중 주식가액이 80% 이상인지 여부’를 판단하는 것임 1. 질의내용 ○ 조특법§38 ‘주식의 포괄적 교환에 따른 과세특례’를 적용할 때 완전모회사가 보유한 완전자회사의 주식에 대해 주식을 발행하지 않을 경우, 교환대가 중 주식가액 비율 산정방법 (80% 이상 발행 충족여부) 2. 사실 관계 ○ A회사는 B회사의 주주로서 지분 55%를 보유하고 있음 ○ A회사는 주식의 포괄적 교환을 통해 B회사의 완전모회사가 되고 B회사는 완전자회사가 될 예정으로, - A회사는 자신이 보유하고 있던 B회사의 지분 55%에 대해서는 신주를 교부하지 아니하고, B회사의 기타주주 지분 45%에 대해서만 교환대가로 A회사의 신주를 교부하고자 함 * A회사가 주식의 포괄적 교환일 전 2년 내에 취득한 B회사의 주식은 없음 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환 등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환 등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환 등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.(개정 2010.12.27) 1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환 등일 것 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전 모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우 2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】 ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환 등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. (개정 2010.12.30) 1. 주식의 포괄적 교환 등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환·이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환 등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액 2. 제1호의 금액과 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액 ⑤ 법 제38조제1항제2호에 따라 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환·이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환·이전대가의 총합계액에 더한다. 1. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제7항 에 따른 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 주식의 포괄적 교환·이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액 2. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제7항 에 따른 지배주주인 경우: 주식의 포괄적 교환·이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액 ○ 법인세법 제44조 【합병시 피합병법인에 대한 과세】 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. (개정 2011.12.31) 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다. 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 ○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】 ③ 법 제44조제2항제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조제1항제2호가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 법 제44조제2항제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다. (개정 2012.2.2) 1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우: 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 합병포합주식 등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조제1항제2호가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액 2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등인 경우: 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조제1항제2호가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액 ○ 법인세법 시행령 제80조 【합병에 따른 양도손익의 계산】 ① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. (개정 2012.2.2) 1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액 2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액 가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 "합병교부주식등"이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병교부주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병교부주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다. 나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와 ｢지방세법｣ 제85조제4호 에 따른 법인세분의 합계액