조특법 상 과세특례 적용으로 결손금 발생 시 중소기업 결손금 소급공제 적용 가능 여부

「조세특례제한법」 제85조의8의 ‘중소기업의 공장이전에 대한 과세특례’에 따라 기존공장 이전에 따른 양도차익을 익금불산입한 내국법인이 해당 사업연도에 결손금이 발생한 경우,「법인세법」제72조 및「법인세법 시행령」제110조에 따라 ‘결손금 소급공제’를 적용하여 직전사업연도의 법인세를 환급받을 수 있는 것임

[회신] 귀 서면질의의 경우,「조세특례제한법」 제85조의8의 ‘중소기업의 공장이전에 대한 과세특례’에 따라 기존공장 이전에 따른 양도차익을 익금불산입한 내국법인이 해당 사업연도에 결손금이 발생한 경우,「법인세법」제72조 및「법인세법 시행령」제110조에 따라 ‘결손금 소급공제’를 적용하여 직전사업연도의 법인세를 환급받을 수 있는 것임 1. 질의내용 ○ 조특법§85의8의 ‘중소기업의 공장이전에 대한 과세특례’에 따라 기존 공장의 토지 및 건물 매각으로 발생한 양도차익을 익금 불산입 하여 결손금이 발생하는 경우 - 법법§72의 ‘중소기업 결손금 소급공제’ 적용이 가능한지 여부 2. 사실관계 ○ □□□□ (주)(“질의법인”)는 △△△부품 제조업을 영위하는 내국법인으로 - 2013.**.**. ○○ ○○시 ○○구 ○○로 ***-** 번지 소재 공장 토지 및 건물을 매각하고 - 동 매각으로 발생한 양도차익(*,***백만원)에 대하여 조특법§85의8의 ‘중소기업의 공장이전에 대한 과세특례’ 규정을 적용하여 익금불산 입 유보처분 하였음 ○ 질의법인은 2013 사업연도 법인세 과세표준신고 시 공장이전에 따른 토지 및 건물 양도차익을 익금불산입함으로 인해 △***백만원의 결손금이 발생하였으며 - 2012 사업연도 법인세 산출세액은 ***백만원임 3. 관련 법령 ○ 법인세 법 제14조【각 사업연도의 소득 】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金) 의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 본다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. ○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외 하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발 생하는 수익의 금액으로 한다. ② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다. 1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액 공제된 경우만 해당한다) 에 상당하는 금액 3. ｢조세특례제한법｣ 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 소득금액 ③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대 통령령으로 정한다. ○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정 하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인 하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ ｢조세특례제한법｣ 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 제72조 【결손금 소급 공제에 따른 환급】 ① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다. ② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다. ③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 ｢국세기본법｣ 제51조 및 제52조에 따라 환 급하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다. ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우 에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징 수한다. 1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우 2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세의 과 세표준과 세액을 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우 3. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법 인세를 환급받은 경우 ⑥ 결손금의 소급 공제에 따른 환급세액의 계산에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】 ① 법 제72조 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 법인세액”이란 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 “감면세액”이라 한다)을 차감한 금액(이하 이 조에서 “직전 사업연도의 법인세액”이라 한다)을 말한다. ② 법 제72조 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다. 1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액 2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직 전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 “소급공제 결손금액”이라 한다)을 차감한 금액에 직전 사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액 ③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 기획재정부령이 정하는 소급공제 법인세액 환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. ④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수 하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제 2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제 받은 경우에는 소 급공제 받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. | | [법 제72조제3항의 규정에 의한 환급세액(이하 이 조에서 “당초 환급세액”이라 한다)] | × | 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 결손금을 초과하는 금액 | | | | | 소급공제 결손금액 | ⑤ 법 제72조 제5항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 1. 법 제72조 제5항에 따른 환급세액 2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 법 제72조 제5항에 따라 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 ｢국세기본법 시행령｣ 제43조의3 제2항 에 따른 이자율을 적용한다. ⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세 액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 이자상당액을 징수하여야 한다. ⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급 공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금 액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다. ○ 법인세법 시행령 제39조 【중소기업의 범위 등】 ① 법 제25조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 의 규정에 의한 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. ○ 조세특례제한법 제85조의8 【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】 ① 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하 여 해당 공장의 대지와 건물을 2014년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분납할 수 있다. 1. 내국법인 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이 후 2년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 2개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제79조의9 【중소기업의 공장이전에 대한 과세특례】 ① 법 제85조의8 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 수도권과밀억제권역(｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따라 지정된 산업단지는 제외한다)을 말한다. ② 법 제85조의8 제1항 제1호 전단에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계 산한 금액을 말한다. 1. 이전하기 직전 지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 “기존공장” 이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조 제1호 에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액 2. 기존공장의 양도가액 중 새로운 공장(이하 이 조에서 “신규공장”이라 한다)의 취득(공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)