감가상각액의 잉여금 차감 방식 회계처리가 손금으로 계상한 경우에 해당하는지 여부

정부출연연구기관이「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 회계기준」제22조에 따라, 수익사업에 사용하는 고정자산에 대한 감가상각액을 잉여금에서 차감하는 방식으로 회계처리한 경우에도「법인세법」제23조 제1항의 “손금으로 계상한 경우”에 해당

[회신] 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 연구기관이「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 회계기준」제22조에 따라,「법인세법」제3조 제3항의 수익사업에 사용하는 고정자산에 대한 감가상각액을 잉여금에서 차감하는 방식으로 회계처리한 경우에는「법인세법」제23조 제1항의 “손금으로 계상한 경우”에 해당하는 것임 1. 질의내용 ○ ｢과학기술분야 정부출연연구기관 등의 회계기준｣ 제22조에 따라 수익사업에 사용하는 고정자산에 대한 감가상각액을 잉여금에서 차감하는 방식으로 회계처리하여, 손익계산서상 당기비용으로 계상되지 않는 경우 - 해당 감가상각액이 ｢법인세법｣ 제23조 제1항 의 “손금으로 계상한 경우”에 해당하는지 여부 2. 사실관계 ○ 연구원은 ｢과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립․운영 및 육성에 관한 법률｣에 따라 정부가 100% 출연하여 설립된 - 비영리공익법인으로 고유목적사업 외에 일부 수익사업을 영위하고 있음 ○ 연구원은 기업회계기준에 우선하여 ｢과학기술분야 정부출연연구기관 등의 회계기준｣ 제22조에 따라 - 수익사업에 사용하는 고정자산에 대한 감가상각액을 출연잉여금 차감으로 회계처리하므로 - 해당 감가상각액이 재무제표상 손익계산서에 표시되지 않고 재무상태표의 자본조정으로 표시됨 3. 관련 법령 ○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ○ 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】 ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다. ② 제1항 본문에도 불구하고 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조제1항제1호에 따른 회계처리기준(이하 "국제회계기준"이라 한다)을 적용하는 내국법인이 보유한 고정자산 중 유형고정자산과 대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산의 감가상각비는 개별 자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 금액이 제1항에 따라 손금에 산입한 금액보다 큰 경우 그 차액의 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다. 1. 2013년 12월 31일 이전 취득분: 국제회계기준을 적용하지 아니하고 종전의 방식에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 경우 제1항 본문에 따라 손금에 산입할 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "종전감가상각비"라 한다) 2. 2014년 1월 1일 이후 취득분: 기획재정부령으로 정하는 기준내용연수를 적용하여 계산한 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "기준감가상각비"라 한다)