법인인 여러 개의 축산업협동조합이 공동으로 출자하여 개인사업자로 등록한 경우 의제매입세액 공제율

법인인 여러 개의 축산업협동조합이 공동으로 출자하여 개인사업자로 등록하고 사료제조업을 영위하는 사업체가 중소기업의 범위에 해당하지 아니하는 경우에는 102분에 2에 해당하는 의제매입세액공제율을 적용받는 것임

[회신] 법인인 여러 개의 축산업협동조합이 공동으로 출자하여 개인사업자로 등록하고 사료제조업을 영위하는 사업체가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조의 중소기업의 범위에 해당하지 아니하는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제17조제3항과 같은 법 시행령 제62조제1항제2호에 따라 102분에 2에 해당하는 의제매입세액공제율을 적용받는 것 1. 사실관계 ○ □□ 연합사료공장(이하 “신청인”)은 법인축협 13곳이 공동으로 출자하여 설립된 개인사업자로 - 부가가치세가 면제되는 농산물, 축산물, 수산물 등을 원재료로 하여 과세재화인 배합사료를 제조하여 판매하고 있음 - 2012년 매출액이 1,766억원으로써 조세특례제한법 시행령 제2조 의 중소기업 범위에 해당하지 않음 2. 질의내용 ○ ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 의 중소기업의 범위에 해당하지 아니 하는 제조업을 영위하는 개인사업자의 경우 - 의제매입세액공제의 공제율을 102분의 2를 적용하여야 하는지 아니면 104분의 4를 적용하여야 하는지 3. 관련 법령 ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ③ 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(제12조제4항에 따라 부가가치세를 면제받지 아니하기로 하고, 제 11조에 따라 영세율이 적용되는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다. ④ 제3항은 사업자가 제18조 및 제19조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에만 적용한다. ○ 부가가치세법 시행령 제62조 【의제매입세액계산 】 ① 법 제17조제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(제28조제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 "면세농산물등"이라 한다)의 가액에 다음 각 호의 율을 곱한 금액으로 한다. 1. 음식점업: 다음 각 목의 구분에 따른 율 가.「 개별소비세법」 제1조제4항 에 따른 과세유흥장소의 경영자(이하 "과세유흥장소의 경영자"라 한다): 104분의 4 나. 과세유흥장소의 경영자 외의 음식점을 영위하는 사업자: 106분의 6(개인사업자인 경우에는 108분의 8) 2. 제조업( 「조세특례제한법 시행령」제2조에 따른 중소기업 및 개인사업자에 한정한다): 104분의 4 3. 제1호 및 제2호 외의 사업: 102분의 2 ○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 「도시가스사업법」 제2조제4호 에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업 기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 <2000.12.29> 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용 하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. ④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행 주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령 으로 정한다. ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제 2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.