중소기업이 과세연도 중 대기업 편입 시 중소기업 취업청년에 대한 소득세 감면 여부

사업연도 중 중소기업이 대기업에 편입된 경우 해당연도에 중소기업에 받은 근로소득에 대하여 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면이 가능한 것임

[회신] 「조세특례제한법」 제30조제1항에 따른 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면을 적용받던 중소기업이 2013년 과세연도 중 대기업에 주식이 100% 인수됨에 따라 「조세특례제한법시행령」제2조제1항제3호의 실질적인 독립성 기준에 해당하지 아니하여 중소기업 외의 기업이 된 경우 2013.1.1.부터 주식인수로 대기업에 편입된 전일까지 해당 중소기업에서 지급한 근로소득에 대하여는 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면을 적용할 수 있는 것 1. 질의내용 ○ 중소기업 취업청년 소득세 감면 대상이었던 중소기업체가 2013.9.27. 대기업에 주식이 100%인수(실질적 독립성 위배)되어 중소기업에 해당하지 않는 경 우 - 대기업의 자회사로 편입되기 전까지 중소기업체 에서 받은 급여에 대해 중소 기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면 적용 여부 2. 사실관계 ○ 당사는 소프트웨어 개발을 주업으로하는 중소기업으로서 중소기업 취업청년 소득세 감면을 적용받는 사업자임 ○ 2013년 중 2013.9.27. 당사의 주식이 대기업에 전량 인 수됨에 따라 - 당사 는 「조세특례제한법 시행령」제2조제1항제3호의 실질적인 독 립성 중 관계기업 기준( 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목) 초과에 따라 유예기간 없이 2013년부터 중소기업에 해당하지 아 니하게 되었음 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제30조 【중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면】 ① 대통령령으로 정하는 청년이 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중 소기업 (비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기 업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취업하는 경우 그 중소기업체로부터 받는 근로소득으로서 취업일 부터 3년이 되는 날이 속하는 달까지 발생 한 소득에 대해서는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한 다. 이 경우 소득세 감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 다른 중소 기업체에 취업하거나 해당 중소기 업체에 재취업하는 경우에 관 계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산한다. ② 제1항을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자에게 감면 신청을 하여야 한다. ③ 원천징수의무자는 제2항에 따라 감면 신청을 받은 경우 그 신청을 한 근로자의 명단을 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원 천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 원천징수 관할 세무서장은 제3항에 따라 감면 신청을 한 근로자의 명 단을 받은 경우 해당 근로자가 제1항의 요건에 해당하지 아니 하는 사 실이 확인되는 때에는 원천징수의무자에게 그 사실을 통 지하여야 한 다. ⑤ 제4항에 따라 감면 신청을 한 근로자가 제1항의 요건을 갖추지 못한 사실을 통지받은 원천징수의무자는 그 통지를 받은 날 이후 근로소득을 지급하는 때에 당초 원천징수하였어야 할 세액에 미 달하는 금액의 합 계액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월의 근로소득에 대한 원 천징수세액에 더하여 원천징수하여야 한다. 다만, 해당 근로자가 퇴 직한 경우 원천징수의무자는 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서장에게 통 지하여야 한다. ⑥ 제5항 단서에 따라 통지된 근로자에 대하여는 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장이 제1항을 적용받음에 따라 과소징수된 금액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 근로자에게 소득세로 즉시 부과·징수하여야 한다. ⑦ 제1항을 적용할 때 2011년 12월 31일 이전에 중소기업체에 취업한 자가 2012년 1월 1일 이후 계약기간 연장 등을 통해 해당 중소기 업체에 재 취업하는 경우에는 제1항에 따른 소득세 감면을 적용하지 아니한다. ⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 소득세 감면의 신청절차, 제출서류, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제27조 【중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면】 ① 법 제30조제1항에서 "대통령령으로 정하는 청년"이란 근로계약 체결일 현재 연령이 15세 이상 29세 이하인 사람을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다. 1. 「병역법」 제16조 또는 제20조에 따른 현역병(같은 법 제21조·제24조 ·제25조에 따라 복무한 상근예비역 및 경비교도·전투경찰순경·의무소방원을 포함한다) 2. 「병역법」 제26조제1항제1호 및 제2호에 따른 공익근무요원 3. 「군인사법」 제2조제1호 에 따른 현역에 복무하는 장교, 준사관 및 부사관 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외 한다. 1. 「법인세법 시행령」 제20조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원 2. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자 3. 제2호에 해당하는 자의 직계존속·비속(그 배우자를 포함한다) 및 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 에 따른 친족관계인 사람 4. 「소득세법」 제14조제3항제2호 에 따른 일용근로자 5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 보험료 등의 납부사실이 확인 되지 아니하는 사람 가. 「국민연금법」 제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금 나. 「국민건강보험법」 제62조 에 따른 직장가입자의 보험료 ③ 법 제30조제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 농업, 임업 및 어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료 재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업, 숙박 및 음식점업 (주점 및 비알콜 음료점업은 제외한다), 출판·영상·방송통신 및 정보서 비스업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 부동산업 및 임대업, 연구개발업, 광고업, 시장조사 및 여론조사업, 건축기술·엔지니어링 및 기타 과학기술서비스업, 기타 전문·과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리 및 사업지원 서비스업, 기술 및 직업훈련 학원, 사회복지 서비스업, 수 리업을 주된 사업으로 영위하는 기업을 말한다. 다만, 국가, 지방자 치단체(지방자치단체조합을 포함한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업은 제외 한다. ④ 법 제30조제2항에 따라 감면 신청을 하려는 근로자는 기획재정부 령으로 정하는 감면신청서에 병역복무기간을 증명하는 서류 등을 첨부하여 취 업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 이 경우 원천징수의무자는 감면신청서를 제출받은 달의 다음 달부터 「소득세법」 제134조제1항 에도 불구 하고 매월분의 근로소득에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한 다. ⑤ 원천징수의무자는 법 제30조제3항에 따라 감면 신청을 한 근로자의 명 단을 원천징수 관할 세무서장에게 제출할 때에는 기획재정부령으로 정하는 감면 대상 명세서를 제출하여야 한다. ⑥ 원천징수의무자는 법 제30조제5항 단서에 따라 해당 근로자가 퇴 직한 사실을 원천징수 관할 세무서장에게 통지할 때에는 기획 재정부령으로 정하는 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서를 제출하 여야 한다. ⑦ 법 제30조제1항에 따른 중소기업체로부터 받는 근로소득(이하 이 조 에서 "감면소득"이라 한다)과 그 외의 종합소득이 있는 경우에 해당 과세기 간의 감면세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으 로 한다. 감면세액 = 「소득세법」 제137조제1항제2호 에 따른 종합소득산출세액 × 같은 법 제20조제2항에 따른 근로소득금액이 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득금액에서 차지하는 비율 × 법 제30조제1항에 따른 중소기업체로부터 받는 총급여액이 해당 근로자의 총급여액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "감면급여비율"이라 한다) ⑧ 「소득세법」 제59조제1항 에 따른 근로소득세액공제를 할 때 감면 소득과 다른 근로소득이 있는 경우(감면소득 외에 다른 근로소득 이 없는 경우를 포함한다)에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 근 로소득세액 공제액으로 한다. 세액공제액 = 「소득세법」 제59조제1항 에 따라 계산한 근로소득세액공 제액 × (1 - 감면급여비율) ○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산 업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으 로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용 을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운 수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전 기 통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스 업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직 업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따 른 선박관리업, 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관 광 진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전 용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설 을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 「도시가 스사업법」 제2조 제4호에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또 는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소 기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 (2005. 2. 19. 개정) 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접 소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2 호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1 호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “ 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으 로 본다. (2012. 2. 2. 개정) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초 과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도 까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기 간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호 의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아 니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있 는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료 일 현 재 중소기업기준을 초과하는 경우 ○ 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호 에 따른 사회적기업 중에서 대 통령령 으로 정하는 사회적기업 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업과 중기업 으로 구분한다. ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해 당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도 부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합 병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해 당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 「중소기업 협동조합법」이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기 업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다. ○ 중소기업기본법 시행령 제3조 【중소기업의 범위】 ① 「 중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소 기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당 하지 아니하는 기업 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항 에 따른 상호 출자 제한 기업집단에 속하는 회사 나. 제1항제1호나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다 출자자인기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등 을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하 나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항 을 준용한다. 1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원 2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수,자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “ 상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업