부과제척기간이 도과한 이후 불복절차 진행 중에 부과권자가 직권결정취소 가능여부

당초 과세처분이 부과제척기간 내에 이루어졌고, 납세자가 불복절차를 통해 이를 다투고 있는 중에 과세관청이 납세자의 불복 내용을 받아들여 당초의 과세처분을 취소하는 처분은 부과제척기간의 경과 여부에 관계없이 그 불복절차의 진행 중 가능함

[회신] 귀 서면질의의 경우, 당초 과세처분이 부과제척기간 내에 이루어졌고, 납세자가 불복절차를 통해 이를 다투고 있는 중에 과세관청이 납세자의 불복 내용을 받아들여 당초의 과세처분을 취소하는 처분은 부과제척기간의 경과 여부에 관계없이 그 불복절차의 진행 중 가능한 것입니다. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 ○ 甲법인은 乙법인과 M&A에 따라 2006년 중 발생된 배당가능이익을 주주들에게 90%이상 배당하고 관련 법인세법에 따라 지급한 배당금을 소득공제함 - 감사원 감사시 甲법인이 주주인 부실채권정리기금에 지급한 배당금에 대해서는 법인세법 제51조의2 에 따른 소득공제 제외대상으로 감사지적 하고 - 과세관청은 2012.6.27. 법인세 ○○백만원을 고지 결정함(부과제척기간 : 2012.6.30.) ○ 甲법인은 2012.9.19. 조세심판원에 심판청구를 제기하여 현재 소송계속중에 있음 ○ 기획재정부는 2012.9.20. 본건과 관련하여 “ 법인세법 제51조의2제1항 을 적용하여 소득공제하는 것”이라는 유권해석을 하였고(기재부 법인세제과-0994, 2012.9.20.) - 감사원은 2012.11.8. 본건 관련하여 기획재정부 유권해석을 감안하여 당초 감사지적사항에 대하여 불문처리하는 것으로 2012.11.9. 과세관청에 통보한 상태임 <진행사항> | 고지일(’12.6.27) | 제척기간(’12.6.30.) | 심판청구(‘12.9.19.) | 감사원불문처리(’12.11.9.) | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 나. 질의요지 ○ 당초 부과처분이 부과제척기간 내에 이루어지고 부과제척기간이 경과된 이후 불복청구를 제기하여 현재 진행 중에 있는 경우 과세관청이 당초 과세처분을 직권취소 가능한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령 ○ 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다 . 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조 에서 정하는 바에 따른다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31> 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2.납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가. 「소득세법」 제81조제3항제4호 나. 「법인세법」 제76조제9항제1호 다. 「부가가치세법」 제22조제3항 및 제6항 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 4. 상속세ㆍ증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다. 가. 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우 나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우 다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다) 5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조제3항 , 「법인세법」 제13조제1호 , 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간 ② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. <개정 2011.12.31> 1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우 3. 제45조의2제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2제1항 및 제19조제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3제1항에 따른 조정권고가 있는 경우 ③ 제2항제1호의 결정 또는 판결에서 명의대여 사실이 확인된 경우에는 제1항에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 명의대여자에 대한 부과처분을 취소하고 실제로 사업을 경영한 자에게 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. ④ 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항제4호에도 불구하고 해당 재산의 상속 또는 증여가 있음을 안 날부터 1년 이내에 상속세 및 증여세를 부과할 수 있다. 다만, 상속인이나 증여자 및 수증자(受贈者)가 사망한 경우와 포탈세액 산출의 기준이 되는 재산가액(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 가액을 합친 것을 말한다)이 50억원 이하인 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제3자의 명의로 되어 있는 피상속인 또는 증여자의 재산을 상속인이나 수증자가 보유하고 있거나 그 자의 명의로 실명전환을 한 경우 2. 계약에 따라 피상속인이 취득할 재산이 계약이행기간에 상속이 개시됨으로써 등기ㆍ등록 또는 명의개서가 이루어지지 아니하고 상속인이 취득한 경우 3. 국외에 있는 상속재산이나 증여재산을 상속인이나 수증자가 취득한 경우 4. 등기ㆍ등록 또는 명의개서가 필요하지 아니한 유가증권, 서화(書畵), 골동품 등 상속재산 또는 증여재산을 상속인이나 수증자가 취득한 경우 ⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. ○ 국세기본법 기본통칙 26의2-0…1 【 국세부과 제척기간의 의의 】 국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 법 제26조의2 제1항 내지 제3항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)·(법 제26조의 2 제2항의 당해 판결·결정 또는 상호합의를 이행하기 위한 경정결정 기타 필요한 처분은 제외한다)도 할 수 없다 . ○ 국세기본법 제68조 【청구기간】 ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. ② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조제2항을 준용한다. ○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출·매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우 가. 제117조제1항에 따른 신용카드가맹점 가입 요건에 해당하는 법인이 정당한 사유 없이 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점(법인만 해당한다. 이하 "신용카드가맹점"이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우 나. 신용카드가맹점이 정당한 사유 없이 제117조제2항을 위반하여 신용카드에 의한 거래를 거부하거나 신용카드 매출전표를 사실 과 다르게 발급한 경우 다. 제117조의2제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 법인 및 「부가가치세법」 제32조의2 에 따라 현금영수증가맹점 가입 대상자로 지정받은 법인이 정당한 사유 없이 「조세특례제한법」 제126조의3 에 따른 현금영수증가맹점(이하 "현금영수증가맹점"이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우 라. 현금영수증가맹점이 정당한 사유 없이 현금영수증 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우 4. 내국법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제159조 에 따른 사업보고서 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제8조에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 그 내국법인, 그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 「국세기본법」 제45조의2 에 따라 경정을 청구한 경우 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. ④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 나. 유사사례 ○ 재조세-277, 2003.12.01 국세기본법 제26조 의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당초 과세처분이 부과제척기간 내에 이루어졌고, 납세자가 불복절차를 통해 이를 다투고 있는 중에 과세관청이 납세자의 불복 내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 처분은 부과제척기간의 경과 여부에 관계없이 그 불복절차의 진행 중 언제든지 가능한 것임. [질의내용 요약] 당초 부과시에는 국세부과제척기간이 경과하지 아니하였으나 불복절차 진행중에 국세부과제척기간이 경과한 경우 불복절차의 결정이나 확정판결을 기다리지 않고 과세관청이 납세자의 청구주장을 수용하여 직권으로 당해 불복의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 처분이 가능한지 여부 ○ 서면인터넷방문상담1팀-1247, 2006.09.12 이의신청 등의 불복청구는 과세관청의 고지 등 그 처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하며, 국세기본법 제26조 의 2 제1항 규정의 국세부과제척기간이 만료된 경우에는 이의신청·심사청구·심판청구,감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있습니다 ○ 서면인터넷방문상담1팀-224, 2007.02.09 1. 「국세기본법」 제26조 의 2 제1항의 국세부과제척기간은 관할세무서장이 증액경정이나 직권 감액경정시 모두 적용하는 것으로 동 제척기간이 만료된 후에는 어떠한 처분(새로운 결정ㆍ증액경정ㆍ감액경정)도 할 수 없는 것이며, 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하고 10년의 기간내에 같은법 제26조의 2 제1항 제1호의 사유로 부과처분 한 경우에는 이에 대한 직권 감액경정도 10년의 기간내에 할 수 있는 것입니다. 귀 질의의 경우, 「국세기본법」제26조의 2 제1항 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 때에는 같은항 제3호에서 규정하는 국세부과의 제척기간을 적용하는 것이며(귀 질의에 대한 재경부 조세정책과-340, 2005.3.23.회신내용 참조), 이 경우 국세부과제척기간의 기산일은 같은법 시행령 제12조의3 에서 정한 날로 하는 것입니다. 2. 납세의무자가 법정신고기한내에 신고한 세액을 세법의 규정에 의하여 증가시키는 경정은 당초 신고한 세액에 관한 국세기본법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니하고, 당초 신고한 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 국세기본법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니하는 것입니다. ○ 대법원2000두6657, 2002.09.24 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항 소정의 제척기간이 만료된 경우에도 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 위 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 참조), 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니다 . 이 사건의 경우 피고의 당초처분이 법인세 부과제척기간 내에 이루어졌고, 원고가 불복절차를 통하여 이를 다투고 있었던 이상 피고로서는 비록 이 사건 소송 도중에 부과제척기간이 만료되었다 하더라도 원고의 불복 주장을 받아들이는 취지에서의 감액경정처분을 할 수 있다 할 것이고, 따라서 감액경정처분에 의하여 감액된 부분에 대한 취소청구는 소의 이익이 없게 되고 이 사건 취소소송의 대상이 되는 것은 당초처분 중 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이라고 할 것이다. 그럼에도 불구하고, 원심이, 피고의 감액경정처분이 법인세의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어졌음을 들어 이를 무효라고 하면서 무시하고, 이 사건 취소소송의 대상이 피고의 당초처분뿐이라고 보아 애써 그 당초처분의 적법 여부에 대하여 판단해 버린 것은 부과제척기간의 적용에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이므로, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.