조특법 제99조의2 적용 주택이 소유주택에서 제외되는 기간

법에 따라 국가소유의 부동산을 제3자에게 매각하기 위하여 한국자산관리공사가 해당부동산의 소유권을 국가로부터 이전받아 제3자에게 매각하면서 실질적으로 국가의 계산과 책임으로 매각하는 경우 부가가치세가 면제됨

[회신] 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제43조제3항에 따라 행정기관으로 사용하던 국가소유의 부동산을 제3자에게 매각하기 위하여 한국자산관리공사가 해당부동산의 소유권을 국가로부터 이전받아 제3자에게 매각하는 경우로서 같은 법 제44조제4항 및 같은 법 시행령 제41조에 따라 해당부동산의 매각에 따른 손익뿐만 아니라 해당부동산을 매각하기 전까지 발생하는 운영수익과 매각비용을 국가에게 귀속시키는 등 실질적으로 국가의 계산과 책임으로 해당부동산을 제3자에게 매각하는 경우 부가가치세법 제26조제1항제19호에 따라 부가가치세가 면제되는 것임 1. 사실관계 ○「 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 (이 하 “혁신도시법”이라 함)제43조제1항에 따라 이전공공기관 * 의 장은 이전비용의 조달 및 국가균형발전 등을 고려하여 종전부동산 * 을 매각하여야 하는 바 * 이전공공기관 : 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 * 종전부동산 : 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지 - 같 은 법 제43조제3항에 따라 매각대상 부동산이 매각되지 아니하거나 이 전공공기관이 원하는 경우 지방자치단체 등(이하 “매입공공기관”이라 함 )에게 해당 부동산을 매입하게 할 수 있고 - 매 입공공기관 중에 한국자산관리공사(이하 “신청인”이라 함)가 있으며 신청인은 행정기관으로 사용되던 국가소유의 부동산을 매입하고 있음 ○ 같은 법 제33조에 따라 공공기관의 지방이전 및 혁신도시의 건설에 관한 사업을 재정적으로 지원하기 위하여 혁신도시건설특별회계(이하 “혁신도시특별회계”라 함)를 설치하여야 하고 해당 회계는 국토교통부장관이 관리·운용하고 있으며 - 같 은 법 시행령 제41조제1항에 따라 신청인이 종전부동산을 매각함으로서 발생하는 손익과 매각하기 전까지 운영하면서 발생하는 수익과 비용이 국가에게 귀속되게 되어있음 2. 질의내용 ○「 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따라 매각하려는 국가소유 부동산(행정기관으로 사용되던 것)이 매각되지 않는 등의 이유로 같은 법에 따라 한국자산관리공사가 해당 부동산을 매입하여 제3자 에게 매각하는 경우 - 해당 부동산의 매각에 따른 손익과 매각하기 전 까지 발생하는 수 익과 비용이 국가에게 귀속되는 경우「부가가치세법」제26조제1항 제19호에 따라 면세할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 부가가치세법 시행령 제46조 【국가, 지방자치단체 또는 지방자치 단 체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위 】 법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체 조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다. 1.「 우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이「우편법」 제 15조제1항에 따른 선택적 우편역무 중 소포우편물을 방문접수 하여 배달하는 용역 2.「철도건설법」에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역 3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운 영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 국 방부 또는「국군조직법」에 따른 국군이「군인사법」제2조에 따 른 군인, 「군무원인사법 제2조 에 따른 군무원, 그 밖에 이들의 직계존속ㆍ비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 재화 또는 용역 나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복 리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급 하는 용역 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역 가. 제35조제1호 단서에 따른 진료용역 나. 제35조제5호에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역 ○ 공 공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. "공공기관"이라 함은 「국가균형발전 특별법」 제2조제9호 의 기관을 말한다. 2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이 전하는 공공기관(제29조제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다. 6. " 종전부동산"이라 함은 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지를 말한다. ○ 공 공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령 제2조【이전공공기관】 「 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 (이 하 “법”이라 한다) 제2조제2호에서 “대통령령이 정하는 기관”이란 법 제2조제1호의 공공기관 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공공기관을 말한다. 1.「 국가균형발전 특별법」제18조에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 2. 국무회의의 심의를 거쳐 혁신도시로 이전하는 중앙행정기관 3. 법 제29조 단서에 따라 개별이전이 인정된 중앙행정기관 ○ 공 공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제33조【혁신도시건설특별회계의 설치 및 관리ㆍ운용】 ① 공 공기관의 지방이전 및 혁신도시의 건설에 관한 사업을 재정적으로 지원하기 위하여 혁신도시건설특별회계(이하 "회계"라 한다)를 설치한다. ② 회계는 국토교통부장관이 관리·운용한다. ○ 공 공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제34조【회계의 세입과 세출】 ① 회계의 세입은 다음 각 호와 같다. 5. 제44조제4항의 규정에 따른 이익의 전입금 ② 회계의 세출은 다음 각 호와 같다. 5. 제44조제4항의 규정에 따른 손실금의 보전 ○ 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제43조【종전부동산의 처리계획 수립 등】 ① 이전공공기관의 장은 제4조제1항제3호의 규정에 따른 이전비용의 조달 및 국가균형발전 등을 고려하여 다음 각 호의 사항을 포함하는 종전부동산 처리계획을 수립하여야 한다. 1. 종전부동산의 매각시기 및 방법 2. 종전부동산 중 일부 또는 전부를 매각하지 못하는 경우 구체적인 사유 및 활용방안 ③ 국토교통부장관은 제1항에 따른 종전부동산 처리계획에 제시된 기한 내에 종전부동산이 매각되지 아니하거나 이전공공기관이 원하는 경우 지방자치단체, 대통령령으로 정하는 공공기관(이하 "매입공공기관"이라 한다) 또는 「지방공기업법」에 따른 지방공기업(이하 "지방공기업"이라 한다)으로 하여금 종전부동산을 매입하게 할 수 있다. 이 경우 매입가격은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균한 금액으로 한다. ○ 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제44조【종전부동산 매입지원 등】 ④ 매입공공기관 또는 지방공기업의 종전부동산 매입에 따른 이익이나 손실은 대통령령으로 정하는 바에 따라 회계에 전입하거나 회계에서 보전할 수 있다. ○ 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령 제36조【종전부동산 매입공공기관】 법 제43조제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 공공기관"이란 다음 각 호의 기관(이하 "매입공공기관"이라 한다)을 말한다. 1.「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사 2.「 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 한국자산관리공사 3.「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 ○ 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령 제38조【매입 종전부동산의 관리 및 처분 등】 ③ 매입공공기관 또는 지방공기업이 제2항에 따라 종전부동산의 처분계획을 수립하는 경우에는 미리 국토교통부장관과 협의하여야 한다. ○ 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령 제41조【종전부동산 매입에 따른 이익 또는 손실 등】 ① 법 제44조제4항에 따라 특별회계에 전입하거나 특별회계에서 보전 하여야 하는 매입공공기관 또는 지방공기업의 이익이나 손실은 종 전부동산의 매각대금 및 매각할 때까지 발생하는 수익금의 합산 금 액과 종전부동산의 매입대금 및 매각할 때까지 발생되는 그 밖의 비용과 제4항에 따른 성과수수료의 합산금액의 차액으로 한다. ② 제1항에 따라 종전부동산을 매각할 때까지 발생하는 수익금은 다음 각 호와 같다. 1. 종전부동산을 임대하는 경우 임대수익금 2. 종전부동산의 할부매각에 따른 이자 3. 그 밖의 부대수익금 ③ 제1항에 따라 종전부동산을 매각할 때까지 발생하는 그 밖의 비용은 다음 각 호와 같다. 1. 매입공공기관 또는 지방공기업이 부담하는 감정평가 및 측량 수수료 2. 종전부동산의 매입과 관리 및 매각에 따른 제세공과금 3. 법 제44조제1항에 따른 종전부동산 매입대금 융자금에 대한 이자 및 법 제44조제3항에 따른 채권의 지급이자 등 자본비용 4. 그 밖에 종전부동산의 매각시까지 소요되는 인건비, 판매비와 관리비 유사한 비용을 포함한다) 및 그 밖의 부대비용 ④ 매입공공기관 또는 지방공기업은 제1호의 금액이 제2호의 금액보 다 큰 경우 그 차액의 100분의 10 이하의 범위에서 국토교통부 장관이 기획재정부장관과 협의하여 정하는 금액을 성과수수료로 할 수 있다. 1. 종전부동산의 매각대금 및 매각할 때까지 발생하는 수익금의 합산금액 2. 종전부동산의 매입대금 및 매각할 때까지 발생하는 제3항에 따른 그 밖의 비용의 합산금액