건물 중 일부만 감면대상기존주택으로 볼 수 있는지 여부 등

단일 필지 내의 건물 2동 중 1동은 겸용주택이고 다른 1동은 근린생활시설인 토지와 건물을 양도하는 경우 주택에 해당하는 부분만 조특법99의2를 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 시장군수구청장이 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 할 때 주택부문에 한해 조특법99의2에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있음을 부기함

[회신] 단일 필지 내의 건물 2동 중 1동은 겸용주택이고 다른 1동은 근린생활시설인 토지와 건물을 양도하는 경우 주택에 해당하는 부분만 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2를 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 시장·군수·구청장이 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 할 때 주택부문에 한해 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있음을 부기하여야 합니다. 1. 사실관계 ○ 甲은 ’11.02.25. 취득한 전북 군산시 xxx 및 건물(134.47m 2 )을 ’13.09.06. 일괄하여 양도계약을 체결 - 건물은 2동으로 분리되어 건축물대장에 등재되어 있으나 개별주 택 가격은 2동의 건물 및 그 부수토지 전체가 하나의 물건으로 공 시됨 - 용도 · A동 : 단독주택(82.65m 2 ) · 제2종근린생활시설(사무소 19.55m 2 , 물 치장 0.99m 2 ) · B동: 제1종근린생활시설(31.28m 2 ) 2. 신청내용 ○ ｢ 조세특례제한법｣ 제99조의2 를 적용함에 있어서 감면대상기존주택 여부를 판정할 때 - (질의1) 겸용주택의 경우 시장 · 군수 · 구청장의 감면대상기존주택 확인대상인지 여부 - (질의2) 겸용주택이 감면대상기존주택 확인 대상이라면, 주택면적이 주택이외의 면적보다 큰 경우 전체를 주택으로 보아 시장 · 군수 · 구청장의 확인 대상인지 아니면 주택부분만 확인대상인지 여부 - (질의3) 주택부분만 확인대상인 경우, 일괄양도로 자산별 양도가액의 구분이 불분명한 경우 금액의 안분 계산 방법 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제38조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일 까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도 소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다 . ② 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다. ④ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ①~②(생략) ③ 법 제99조의2제1항 전단에서 "1세대 1주택자의 주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 "감면대상기존주택"이라 한다)을 말한다 . 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 2013년 4월 1일 현재 「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 "1세대"라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은 「주택법」에 따른 주택을 말하며, 「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재 「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 "1주택"이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택 2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적 으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다) 로서 , 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다. ④ 제3항 각 호 외의 부분에서 "지역별로 정하는 배율"이란 다음의 각 호의 구분에 따른 배율을 말한다. 1. 도시지역 안의 토지: 5배 2. 도시지역 밖의 토지: 10배 ⑤ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 감면대상기존주택은 제외한다. 1. 감면대상기존주택 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용 면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 감면대상기존주택. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그 밖의 부대비용은 포함하지 아니한다. 2. 2013년 3월 31일 이전에 체결한 매매계약을 과세특례 취득기간 중에 해제한 매매계약자 또는 그 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 원래 매매계약을 체결하였던 감면대상기존주택 3. 감면대상기존주택 중 오피스텔을 취득하는 자가 취득 후 제2항제4호 각 목의 모두에 해당하지 아니하게 된 경우의 해당 오피스텔 ⑥ 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 구분에 따른 자를 말한다. 1. 제1항에 해당하는 주택: 제1항제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업주체, 같은 항 제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 대한주택보증주식회사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 신탁 업자, 같은 항 제8호에 따른 주택을 건설한 자 및 같은 항 제9호에 따른 분양사업자 또는 건축주 2. 제3항에 해당하는 주택: 감면대상기존주택 양도자 ⑦ 법 제99조의2제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다. ⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑨ 사업주체등은 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 현황(2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니한 것으로 한정한다)을 2013년 6월 30일까지 시장(특별자치시장과 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제17조제2항 에 따른 행정시장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항 제2호·제3호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)·제4호 · 제5호(2013년 4월 1일 이후 대물변제 받은 것으로 한정한다)·제6호 · 제7호 및 제9호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)에 해당하는 신축주택등 현황의 경우에는 사업주체등과 최초로 매매 계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 체결한 날이 속하는 달의 말일부터 1개월 이내에 제출 하여야 한다. ⑩ 시장·군수·구청장은 제9항에 따라 제출받은 신축주택등 현황을 관리하여야 하며, 그 현황을 제출일이 속하는 분기의 말일부터 1개월 이내에 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑪ 사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매 계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자 에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. ⑫ 감면대상기존주택 양도자는 감면대상기존주택의 매매계약을 체결한 날부터 30일 이내에 2부의 매매계약서에 시장·군수·구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다. ⑬ 국토교통부장관은 감면대상기존주택임을 확인할 수 있는 자료를 전산망 등을 통하여 시장·군수·구청장에게 제공하여야 한다. ⑭ 제11항에 따라 매매계약서에 신축주택등임을 확인하는 날인을 요청 받은 시장·군수·구청장은 제10항에 따른 신축주택등 현황 및 「주택법」 제16조에 따른 사업계획승인신청서류 등에 따라 신축주택등임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 신축주택 등임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. ⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장·군수·구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및 「주민등록법」에 따른 주민등록표 (주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상 기존주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부 령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다 . <16 > 시장·군수·구청장과 사업주체등은 각각 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장 및 감면대상기존주택 확인대장을 2014년 3월 31일까지 정보처리장치·전산테이프 또는 디스켓·디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <17 > 제16항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할 세무서장은 해당 자료를 기록·보관하여야 한다. <18 > 신축주택등 및 감면대상기존주택의 확인 절차 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. ○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ○ 소득세법 시행령 제166조 ⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법」 제64조 에 따라 안분계산 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 ○ 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다.