공공기관 혁신도시 이전에 따른 양도차익 과세이연시 고유목적준비금 설정 가능여부

이전공공기관에 해당하는 비영리내국법인이 본사를 혁신도시로 이전하는 과정에서 종전부동산을 양도하여 발생한 양도차익을 과세이연한 경우에는 이후 해당 양도차익을 분할하여 익금에 산입하는 각 사업연도에 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있음

[회신] 조세특례제한법 제62조에 따른 이전공공기관에 해당하는 비영리내국법인이 본사를 혁신도시로 이전하는 과정에서 종전부동산을 양도하여 발생한 양도차익을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 경우에는 이후 해당 양도차익을 분할하여 익금에 산입하는 각 사업연도에 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있는 것임 1. 질의내용 ○ 공공기관 혁신도시 이전에 따른 양도차익에 대해 조특법§62에 따라 과세이연 하는 경우에도 고유목적사업준비금 설정이 가능한지? 2. 사실 관계 ○ 해당 비영리법인은 혁신도시로 이전하기 위해 종전 부동산을 매각할 예정임 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제62조 【공공기관이 혁신도시로 이전하는 경우 법인세 등 감면】(2013.1.1.) ① ｢공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 같은 법 제2조제3호에 따른 혁신도시(이하 이 조에서 "혁신도시"라 한다)로 이전하기 위하여 같은 법 제2조제6호의 종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산(이하 이 조에서 "종전부동산"이라 한다)을 2015년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 ｢법인세법｣ 제13조제1호 에 따른 이월 결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. ② 제1항을 적용받는 내국법인에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제61조제5항을 준용한다. 이 경우 "수도권과밀억제권역 밖"은 "혁신도시"로 보고, "수도권과밀억제권역"은 "수도권"으로 보며, "수도권과밀억제권역의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물"은 "종전부동산"으로 본다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지등 양도차익 명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제58조 【공공기관의 혁신도시 이전에 대한 법인세 등 감면】(2013.2.15. 개정) ① 법 제62조제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 부동산"이란 ｢공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법｣ 제43조에 따른 종전부동산 처리계획에 매각시기 및 방법이 규정된 건축물과 그 부지를 말한다. ② 법 제62조제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제57조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 "수도권 과밀억제권역내"는 "수도권내"로, "수도권 과밀억제권역외의 지역"은 "혁신도시"로 본다. ③ 법 제62조제2항에 따라 법 제61조제5항을 준용하는 경우 그 범위는 제57조제7항부터 제10항까지로 한다. ④ 법 제62조제3항에 따른 토지등 양도차익 명세서 및 해당 서류 등의 제출에 관하여는 제57조제11항을 준용한다. 이 경우 "수도권 과밀억제권역내"는 "수도권내"로 보고, "수도권 과밀억제권역외의 지역"은 "혁신도시"로 본다. ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. ⑥ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다. ○ 법인세법 시행령 제56조 【부당행위계산의 유형 등】 ⑧ 법 제29조제6항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 ｢조세특례제한법｣에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다. (2006.2.9. 신설) ⑨ 법 제29조제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.