대기업과 합병한 사업연도에 지급한 근로소득에 대한 중소기업 취업청년 소득세 감면 여부

과세연도 중 대기업과의 합병으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 합병일 전에 지급한 근로소득에 대하여는 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면 적용이 가능함

[회신] 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업이 중소기업 외의 기업과 합병하여 합병일이 속하는 과세연도부터 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 합병일이 속한 과세연도 개시일 이후 합병일 전에 지급한 근로소득에 대하여는「조세특례제한법」 제30조 제1항에 따른 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면을 적용할 수 있는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 당사는 소프트웨어 개발을 주업으로 하는 중소기업으로서 2013.6.30. 대기업 “갑”법인에 인수합병이 되면서 직원들이 고용 승계되었음 ○ 당사의 직원 A는 2012년 3월에 입사하여 2012년 귀속 연말정산 시 중 소기업 취업청년 소득세 감면을 적용받았음 ○ 중소기업 취업청년 소득세 감면을 적용받은 직원 A가 2013년 8월 “갑” 법인을 퇴사함에 따라 퇴직금 중간정산을 하면서 - 인수합병일이 속하는 과세연도 개시일부터 중소기업에 해당하지 아 니하므로 2013.년 1월부터 2013년 8월까지의 소득에 대하여 중소 기업 취업청년에 대한 소득세감면을 적용하지 않고 연말정산을 수 행함 2. 질의요지 ○ 사업연도 중 중소기업체가 대기업에 인수합병되어 유예기간 없이 대 기업이 된 경우 중소기업 취업청년 소득세 감면대상이던 직 원 이 합병 전까지 중소기업체 에서 받은 급여에 대해 중소 기업에 취 업하는 청년에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는 지 여부 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제30조 【중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면】 ① 대통령령으로 정하는 청년이 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중 소기업 (비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기 업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 취업하는 경우 그 중소기업체로부터 받는 근로소득 으로서 취업일 부터 3년이 되는 날이 속하는 달까지 발생 한 소득에 대해서는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한 다. 이 경우 소득세 감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 다른 중소 기업체에 취업하거나 해당 중소기 업체에 재취업하는 경우에 관 계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산한다. ② 제1항을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자에게 감면 신청을 하여야 한다. ③ 원천징수의무자는 제2항에 따라 감면 신청을 받은 경우 그 신청을 한 근로자의 명단을 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원 천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 원천징수 관할 세무서장은 제3항에 따라 감면 신청을 한 근로자의 명 단을 받은 경우 해당 근로자가 제1항의 요건에 해당하지 아니 하는 사 실이 확인되는 때에는 원천징수의무자에게 그 사실을 통 지하여야 한 다. ⑤ 제4항에 따라 감면 신청을 한 근로자가 제1항의 요건을 갖추지 못한 사실을 통지받은 원천징수의무자는 그 통지를 받은 날 이후 근로소득을 지급하는 때에 당초 원천징수하였어야 할 세액에 미 달하는 금액의 합 계액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월의 근로소득에 대한 원 천징수세액에 더하여 원천징수하여야 한다. 다만, 해당 근로자가 퇴 직한 경우 원천징수의무자는 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서장에게 통 지하여야 한다. ⑥ 제5항 단서에 따라 통지된 근로자에 대하여는 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장이 제1항을 적용받음에 따라 과소징수된 금액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 근로자에게 소득세로 즉시 부과·징수하여야 한다. ⑦ 제1항을 적용할 때 2011년 12월 31일 이전에 중소기업체에 취업한 자가 2012년 1월 1일 이후 계약기간 연장 등을 통해 해당 중소기 업체에 재 취업하는 경우에는 제1항에 따른 소득세 감면을 적용하지 아니한다. ⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 소득세 감면의 신청절차, 제출서류, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제27조 【중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면】 ① 법 제30조제1항에서 "대통령령으로 정하는 청년"이란 근로계약 체결일 현재 연령이 15세 이상 29세 이하인 사람을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다. 1. 「병역법」 제16조 또는 제20조에 따른 현역병(같은 법 제21조·제24조 ·제25조에 따라 복무한 상근예비역 및 경비교도·전투경찰순경·의무소방원을 포함한다) 2. 「병역법」 제26조제1항제1호 및 제2호에 따른 공익근무요원 3. 「군인사법」 제2조제1호 에 따른 현역에 복무하는 장교, 준사관 및 부사관 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외 한다. 1. 「법인세법 시행령」 제20조제1항제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 임원 2. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자 3. 제2호에 해당하는 자의 직계존속·비속(그 배우자를 포함한다) 및 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 에 따른 친족관계인 사람 4. 「소득세법」 제14조제3항제2호 에 따른 일용근로자 5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 보험료 등의 납부사실이 확인 되지 아니하는 사람 가. 「국민연금법」 제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금 나. 「국민건강보험법」 제62조 에 따른 직장가입자의 보험료 ③ 법 제30조제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 농업, 임업 및 어업, 광업, 제조업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료 재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업, 숙박 및 음식점업 (주점 및 비알콜 음료점업은 제외한다), 출판·영상·방송통신 및 정보서 비스업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 부동산업 및 임대업, 연구개발업, 광고업, 시장조사 및 여론조사업, 건축기술·엔지니어링 및 기타 과학기술서비스업, 기타 전문·과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리 및 사업지원 서비스업, 기술 및 직업훈련 학원, 사회복지 서비스업, 수 리업을 주된 사업으로 영위하는 기업을 말한다. 다만, 국가, 지방자 치단체(지방자치단체조합을 포함한다), 「공공기관의 운영에 관 한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업은 제외 한 다. ④ 법 제30조제2항에 따라 감면 신청을 하려는 근로자는 기획재정부 령으로 정하는 감면신청서에 병역복무기간을 증명하는 서류 등을 첨부하여 취 업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 이 경우 원천징수의무자는 감면신청서를 제출받은 달의 다음 달부터 「소득세법」 제134조제1항 에도 불구 하고 매월분의 근로소득에 대한 소득세를 원천징수하지 아니한 다. ⑤ 원천징수의무자는 법 제30조제3항에 따라 감면 신청을 한 근로자의 명 단을 원천징수 관할 세무서장에게 제출할 때에는 기획재정부령으로 정하는 감면 대상 명세서를 제출하여야 한다. ⑥ 원천징수의무자는 법 제30조제5항 단서에 따라 해당 근로자가 퇴 직한 사실을 원천징수 관할 세무서장에게 통지할 때에는 기획 재정부령으로 정하는 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서를 제출하 여야 한다. ⑦ 법 제30조제1항에 따른 중소기업체로부터 받는 근로소득(이하 이 조 에서 "감면소득"이라 한다)과 그 외의 종합소득이 있는 경우에 해당 과세기 간의 감면세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으 로 한다. 감면세액 = 「소득세법」 제137조제1항제2호 에 따른 종합소득산출세액 × 같은 법 제20조제2항에 따른 근로소득금액이 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득금액에서 차지하는 비율 × 법 제30조제1항에 따른 중소기업체로부터 받는 총급여액이 해당 근로자의 총급여액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "감면급여비율"이라 한다) ⑧ 「소득세법」 제59조제1항 에 따른 근로소득세액공제를 할 때 감면 소득과 다른 근로소득이 있는 경우(감면소득 외에 다른 근로소득 이 없는 경우를 포함한다)에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 근 로소득세액 공제액으로 한다. 세액공제액 = 「소득세법」 제59조제1항 에 따라 계산한 근로소득세액공 제액 × (1 - 감면급여비율) ○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초 과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도 까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기 간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호 의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아 니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있 는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료 일 현 재 중소기업기준을 초과하는 경우 ○ 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호 에 따른 사회적기업 중에서 대 통령령 으로 정하는 사회적기업 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업과 중기업 으로 구분한 다. ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해 당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도 부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합 병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해 당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 「중소기업 협동조합법」이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기 업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다. ○ 소득세법 기본통칙 1 37-0…2【피합병법인의 임직원에 대한 연말정산 】 법인이 합병함에 있어서 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업 하고 규칙 제17조에 규정한 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에는 당 해 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 하여야 한다.