주식의 포괄적 교환・이전에 대한 과세특례 적용시 특례신고서를 예정신고시까지 제출하여야 하는지 여부

「조세특례제한법」 제38조 제1항을 적용받으려는 주주는 양도소득세 과세표준확정신고를 할 때 완전모회사와 함께 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 제출할 수 있음

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제38조 제1항을 적용받으려는 주주가 ｢소득세법｣ 제105조 제1항에 따른 양도소득세 과세표준 예정신고를 할 때 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하지 못한 경우 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 과세연도에 대한 ｢소득세법｣ 제110조에 따른 과세표준확정신고를 할 때 완전모회사와 함께 주식의 포괄적 교환 등 과세특례신청서를 제출하여야 하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ ’12.05.04. 甲은 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환을 통하여 보유하던 완전자회사 주식을 완전모회사(A사)에게 양도하고 - A사로부터 신주를 교부받음 ○ 甲은 ｢조세특례제한법｣ 제38조 에 따른 주식의 포괄적 교환이전에 대한 과세특례요건을 모두 충족하여 납부할 세액이 없다고 판단하여 - 양도소득세 예정신고 및 과세특례신청서를 제출하지 않고 - 양도소득세 확정신고시에 과세특례신청서를 제출함 2. 신청내용 ○ 주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인세 과세특례(조특법 §38)를 적용함에 있어서, - 반드시 양도소득세 예정신고시에 과세특례신청서를 제출하여야 하는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1.(생략) 2. "과세연도"란 「소득세법」에 따른 과세기간 또는 「법인세법」에 따른 사업연도 를 말한다. 3. "과세표준신고"란 「소득세법」 제70조 , 제71조, 제74조 및 제110조에 따른 과세표준확정신고 및 「법인세법」 제60조 에 따른 과세표준의 신고를 말한다. (중간생략) ② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다. ○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례】 ⑭ 법 제38조제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ○ 소득세법 제5조 【과세기간】 ① 소득세의 과세기간 은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다. ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】 ① 제94조제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다. 2. 제94조제1항제3호 각 목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월 ② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다. ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. ② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다. ③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다