사업자가 별도의 협약에 의하여 수령한 관리용역 대가의 부가가치세 과세여부

사업자가 별도의 협약에 의하여 총괄주관기관으로서 당해 기술개발사업의 세부주관기관 및 세부과제를 총괄 관리하여 주고 지급받는 금액은 과세되는 용역공급대가에 해당하여 과세표준에 포함되는 것임.

[회신] 사업자가 주관기관으로서 정부의 위임을 받은 기관(전담기관)과 기술개발협약서를 체결하여 기술개발 과제업무를 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 동 사업자에게 귀속시키는 경우와 관련하여 지원받는 국가연구개발사업출연금(국고보조금)과는 달리 귀 질의 사업자가 별도의 협약에 의하여 총괄주관기관으로서 당해 기술개발사업의 세부주관기관 및 세부과제를 총괄 관리하여 주고 지급받는 금액은 과세되는 용역공급대가에 해당하여「부가가치세법」제13조 제1항 규정의 과세표준에 포함되는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 당사가 총괄주관기관으로서 수령하는 정부(산업자원부)지원금을 재화나 용역의 대가관계에 해당하지 아니하는 정부출연금으로 보아야 하는지 아니면 기술개발사업의 총괄 관리를 담당하는 정부업무를 대행하는 용역을 공급하고 대가로 수령하는 것에 해당하여 세금계산서를 발행하여야 하는지 혹은 면세되는 학술ㆍ기술연구용역에 부수적으로 제공되는 용역에 해당하여 계산서를 발행하여야 하는지 여부 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제12조 【면세】 ○ 부가가치세법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】 ○ 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 【인적용역의 범위】