전환사채 투자한 벤처기업이 타 벤처기업에 인수,합병되는 경우 연말정산 소득공제 적용에 대한 질의

거주자(근로자)가 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣에 따른 벤처기업에 투자한 후, 3년 이내에 해당 벤처기업이 벤처기업이 아닌 기업에 인수·합병되는 경우, 같은 법 같은 조 제2항에 따라 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하는 것임

[회신] 거주자(근로자)가 조세특례제한법 제16조 제1항 제4호 규정에 따라 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣에 따른 벤처기업에 투자한 후, 3년 이내에 해당 벤처기업이 벤처기업이 아닌 기업에 인수·합병되는 경우, 같은 법 같은 조 제2항에 따라 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하는 것입니다. 1.사실관계 ○ 본인은 근로자이며 벤처기업에 3년만기 전환사채를 통해 투자 를 하여 연말정산시 소득공제를 받은 바 있음, 당시 소득공제 구 간은 3천만원 이하 100%, 3천만원~5천만원 50%, 5천만원 초과 30%였음 2.질의내용 ○ 3년간 거치를 할 경우 위 소득공제를 받는다고 인지하고 있음, 하 지만 3년 이내에 벤처회사가 타 非벤처회사에 인수 혹은 합병 되 는 경우 근로자의 소득공제 조건은 어떻게 되는 것인지? 3.관련법령 ○ 조세특례제한법 제16조 【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】 ① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자 를 하는 경우 에는 2025년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100 분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액 (해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출 자일 또는 투자일이 속하는 과세연도 (제3항의 경우에는 제 1항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다) 의 종합소득금액에서 공제 ( 거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액 에서 공제 ) 한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다. 4. ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣에 따라 벤처기업 등에 투자하는 경우 ② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망 이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 제1항 제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우 2. 제1항 제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도 하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우 3. 제1항 제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자 지분을 이전하거나 회수하는 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제14조 【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대 한 소득공제】 ⑩ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 " 대통령령으로 정하는 사유 "란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. ｢해외이주법｣에 의한 해외이주로 세대전원이 출국 하는 경우 2. 천재ㆍ지변 으로 재산상 중대한 손실 이 발생하는 경우 3. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 전문투자조합 또는 ｢자본 시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 의한 집합투자업자가 해 산 하는 경우