주택외 건물을 주택으로 용도변경하는 경우 조특법상 농어촌주택 특례 적용 여부

농어촌주택에 해당하지 않는 주택외 건물을 취득하여 주택으로 용도변경 하는 경우, 주택외 건물 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하더라도 조특법§99의4①에 따른 농어촌주택 특례를 적용하지 않는 것임

[회신] 농어촌주택 취득기간에 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항에 따른 특례가 적용되지 않는 주택외 건물을 취득하여 주택으로 용도변경 한 후 해당 주택외 건물 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우, 양도하는 주택에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의4 제1항에 따른 특례를 적용하지 않는 것입니다. 1. 사실관계 ○ ’23. 05. A주택 취득 ○ 예 정 농어촌지역 소재 B건물 취득(공부상 근린생활시설) ○ 예 정 B건물 용도변경(근린생활시설 → 주택) ○ 예 정 A주택 양도 * 쟁점외 조특법§99의4의 다른 요건은 충족하는 것으로 전제함 2. 질의내용 ○ 일반주택 보유자가 「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌 지역에 소재한 근린생활시설을 취득하여 주택으로 용도변경하는 경우 일반주택 양도시 농어촌주택 특례 적용 여부 3. 관련법령 및 관련사례 | 〔1〕 「조세특례제한법」 | □ 조세특례제한법 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등 취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반 주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조제1항 제3호를 적용한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택”이라 한다) 가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」제2조제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀 억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의 11에서 "기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것 1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 3) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역 4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조에 따른 허가구역 5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택”이라 한다) 가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것 나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것 1) 수도권지역 2) 「주택법」제63조의2에 따른 조정대상지역 3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것 ② 삭제 <2007.12.31> ③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역 상 같은 읍ㆍ면ㆍ동 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ동에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다. ⑤ 삭제 <2025.12.23> ⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택 등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. ⑦ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다. ⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 집행기준 99의4-99의4-2 【농어촌주택 취득기간에 취득한 경우의 의미】 잔금청산일(또는 등기접수일 중 빠른 날)이 2003.8.1.~2025.12.31. 기간 내인 경우로서 농어촌주택 취득기간 중에 유상 또는 무상 취득한 경우 , 자기가 건설하여 취득한 경우, 기존에 취득한 토지에 신축하여 취득하는 경우 및 농어촌주택 취득기간 내에 취득하여 해당 기간 경과 후 멸실하고 재건축한 경우를 포함한다. | 〔2〕 「소득세법」 | □ 소득세법 제88조 【정의】 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7. "주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령 으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. □ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도 소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合 )으로 발생하는 소득 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 □ 소득세법 제99조 【기준시가】 ① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. 1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물 라. 주택 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택 가격 . 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가 격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. □ 소득세법 시행령 제152조의4 【주택의 범위】 법 제88조제7호 전단에서 "대통령령으로 정하는 구조”란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 말한다. □ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다 . 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주 기간의 제한을 받지 않는다. (각 호 생략) □ 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】 ⑪ 법 제99조제1항제1호라목 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액”이란 다음 각 호에 따른 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제4조제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가법인등에게 의뢰하여 해당 주택에 대한 감정평가법인등의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다. 1. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격이 없는 단독 주택의 경우에는 당해 주택과 구조ㆍ용도ㆍ이용상황 등 이용가치가 유사한 인근주택을 표준주택으로 보고 같은 법 제16조제6항에 따른 비준표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액 2. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 공동주택가격이 없는 공동주택의 경우에는 인근 유사공동주택의 거래가격ㆍ임대료 및 당해 공동주택과 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 공동주택의 건설에 필요한 비용추정액 등을 종합적으로 참작하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관 할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액 □ 소득세법 집행기준 89-155-7 【1주택자가 보유 중인 상가를 용도변경하여 주택으로 사용한 경우】 1세대 1주택자가 소유하던 상가를 용도 변경하여 주택으로 사용하는 때 에는 주택으로 용도 변경한 때에 다른 주택을 취득한 것으로 보아 일시적 인 1세대 2주택 비과세 특례 규정을 적용한다.