판결에 따라 근로소득 지급명세서 수정신고한 경우 원천징수 방법, 가산세 관련 질의

과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있으며, 1심 판결에 따라 과세표준 및 세액의 증액분에 대하여 수정신고·납부하였으나, 2심 판결에서 해당 과세표준 및 세액이 감소함에 따라 환급세액이 발생하는 경우에는 본세 뿐만 아니라 가산세도 감액되는 것임

[회신] 국세기본법 제45조의2 제2항의 규정에 따라 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 납세자는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있으며, 1심 판결에 따라 과세표준 및 세액의 증액분에 대하여 수정신고·납부하였으나, 2심 판결에서 해당 과세표준 및 세액이 감소함에 따라 환급세액이 발생하는 경우에는 본세 뿐만 아니라 가산세도 감액되는 것입니다. 1.사실관계 ○ 본 사 소속 근로자 411명이 회사를 상대로 통상임금(’14~’17) 소 송을 제기하여 회사는 1심 확정 판결(’18.8.)에 따라 미지급 임금(2,391백만원) 및 이자(122백만원)를 전액 선 집행(’18.9.)함 ○ 1심 판결에 따라 증가된 개인 근로소득에 대한 지급명세서 수정신고(’14~’17) 후 원천징수 이행상황 수정신고를 통해 소득세·주민세 및 이자에 대한 기타소득세(총액 525백만원) 납부 및 신고일 지연으로 인한 원천징수납부불성실 가산세(37백만원)를 소속 사업장별 관할 세무서에 전액 납부(’19.2.28.) 완료함 ○ 항소심인 2심 판결이 선고(’22.1.25.)되고 판결액 인용부가 줄어 선집행(’18.9.21.)한 임금 중 일부(2,391백만원→ 904백 만원) 및 이자액 중 일부(122백만원→37백만원)을 근로 자에 환수하여 선 납부한 세액의 수정신고 등 후속조치 추진 2.질의내용 ○ 상기 사실관계에 따라 통상임금 2심 판결 이후 항소를 하지 않고 상소제기 기한이 종료한 날의 다음날은 ’22.2.8.으로 이 날 대상 근로소득액이 확정됨으로 보아 선 납부(’19.2.28.)한 원천 징수납부불성실 가산세(37백만원)을 전액 또는 일부 환급받을 수 있는지 질의함. * 원천징수납부불성실 가산세( 국세기본법 제47조의4 에 따라 원천징수의무자인 회사가 부담함) ○ 또한, 2심 판결로 근로소득액이 감소함(2,391백만원→ 904백만원)으로 인해 1심 판결 후 수정신고 당시 납부세액을 조정신고(근로소득에 대한 소득세·주민세 합산액 206백만원 감소) 함에 따라, 1심 증가세액에 따라 확정되어 기납부한 가산세를 2심 감소한 세액만큼 차감하여 일부 환급가능 여부도 질의함 * 전체 소속 사업장 근로소득 감소에 따라 2022.3.10. 원천세 수정신고 완료 3.관련법령 ○ 국세기본법 제26조의2 【국세의 부과제척기간】 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세 무 서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정 이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. 1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간 으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다) 의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불 구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구 할 수 있다. 1. 최초의 신고‧결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, ｢감사원법｣에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결 (판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다) 에 의하여 다른 것으로 확정 되었을 때 4.관련예규 ○ 질의회신-서면-2021-징세-5943(2022.1.18.) 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후에도 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3월이내에「국세기본법」제45조의2제2항제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있는 것입니다(대법원2006.1.26.선고,2005두7006판결 참조). 신청인의 진행중인 소송이 위 법률에서 규정한 “과세표준의 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”에 해당하는지 여부는 개별적 사안에 따라 달리 판단하는 것입니다.