종전규정에 따라 연결자법인에서 제외되었으나 동일 사업연도에 개정규정에 따라 연결지배(90% 이상)가 성립하는 경우 연결납세방식 적용 방법

종전규정에 따라 연결자법인에서 제외된 경우 동일 사업연도에 개정규정에 따라 연결지배가 성립하더라도 종전규정에 따라 5년간 연결납세방식 적용 배제됨

[회신] 연결납세방식을 적용받던 내국법인이 2023사업연도에 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 됨으로써 ｢법인세법｣(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)(이하 ‘종전규정’) 제76조의12제1항에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 경우, 동일 사업연도에 ｢법인세법｣(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정된 것)제2조제10의2호에 따라 연결지배가 성립하더라도 종전규정 제76조의12제3항 및 제76조의9제3항에 따라 해당 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없는 것임 1. 사실관계 ○ 질의법인은 연결납세방식을 적용하는 연결집단의 모법인으로 2022사업연도까지 100% 연결자법인인 B법인을 포함하여 연결납세방식으로 신고함 ○ 질의법인은 2023.6월 B법인에 대한 지분율이 52.7%로 감소하였다가, 2023.7월 유상증자를 통해 97.0%로 증가*함 * 이후 연결자법인 요건(90% 이상)을 계속 총족함을 전제로 질의 - B법인이 완전지배를 받지 않게 됨에 따라 ’23.8월 B법인을 연결집단에서 제외하는 연결납세방식 변경신고를 함 ○ 2022.12.31. 법인세법 개정*(이하 ‘개정규정’)으로 연결납세방식 적용기준이 지분율 100%에서 90% 이상으로 확대됨 * (부칙 제19193호, 2022.12.31.) 2024.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다 → 시행시기만 규정할 뿐 개별적용례를 별도로 두지 않음 2. 질의내용 ○ 2023사업연도에 지분율 감소로 연결자법인에서 제외하였으나 동일 사업연도에 다시 지분율 90% 이상으로 연결지배하게 된 경우 연결납세방식 적용 방법 - (1안) 종전규정에 따라 5년간 연결자법인 배제 - (2안) 개정규정에 따라 2024사업연도부터 연결자법인 추가 3. 관련법령 □ 연결납세방식 관련 개정* 전 조문 ← 2023년 적용 * 법률 제19193호 2022.12.31. 일부개정 ○ 법인세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. "연결납세방식"이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다. 7. "연결법인"이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다. 8. "연결집단"이란 연결법인 전체를 말한다. 9. "연결모법인"(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 완전 지배하는 연결법인을 말한다. 10. "연결자법인"(連結子法人)이란 연결모법인의 완전 지배를 받는 연결법인을 말한다. ○ 법인세법 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】 ① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다. <개정 2013.1.1> ○ 법인세법 제76조의9 【연결납세방식의 취소】 ① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.12.15> 1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우 2. 연결모법인이 완전 지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우 3. 연결모법인의 완전자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 4. 제66조제3항 단서에 따른 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 연결법인의 소득금액을 계산할 수 없는 경우 5. 연결법인에 제69조제1항에 따른 수시부과사유가 있는 경우 6. 연결모법인이 다른 내국법인(비영리내국법인은 제외한다)의 완전 지배를 받는 경우 ② 연결납세방식을 적용받은 각 연결법인은 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액이나 결손금을 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2015.12.15> 1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 익금에 산입 2. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 손금에 산입 ③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다. <개정 2015.12.15> ○ 법인세법 제76조의10 【연결납세방식의 포기】 ① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다. <개정 2013.1.1> ② 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우에는 제76조의9제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 제76조의9제3항 중 "취소된 날이 속하는 사업연도"는 "연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도"로 본다. <개정 2015.12.15> ③ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우 제1항에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고한 날이 속하는 연결사업연도의 종료일 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다. <개정 2013.1.1> ○ 법인세법 제76조의11 【연결자법인의 추가】 ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 완전 지배하게 된 경우에는 완전 지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다. ② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 완전 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다. ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1> ○ 법인세법 제76조의12 【연결자법인의 배제】 ① 연결모법인의 완전 지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다. <개정 2011.12.31> ② 연결납세방식을 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도 중에 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 소득금액 또는 결손금을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 각각 산입하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.15> 1. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 결손금과 합한 연결배제법인(제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하게 된 개별법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 소득금액: 연결배제법인의 익금에 산입 2. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 다른 연결법인의 소득금액과 합한 연결배제법인의 결손금: 연결배제법인의 손금에 산입 3. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 결손금과 합한 해당 법인의 소득금액: 해당 법인의 익금에 산입 4. 연결사업연도 동안 제76조의14제1항에 따라 연결배제법인의 소득금액과 합한 해당 법인의 결손금: 해당 법인의 손금에 산입 ③ 제1항 본문에 따라 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우에는 제76조의9제3항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.<신설 2015.12.15> ④ 제1항에 따라 연결자법인이 변경된 경우 그 변경신고에 관하여는 제76조의11제3항을 준용한다. <신설 2011.12.31., 2015.12.15> □ 연결납세방식 관련 개정* 조문 ← 2024년 이후 적용 * 법률 제19193호 2022.12.31. 일부개정 ○ 법인세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. “연결납세방식”이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 제2장의3에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다. 7. “연결법인”이란 연결납세방식을 적용받는 내국법인을 말한다. 8. “연결집단”이란 연결법인 전체를 말한다. 9. “연결모법인”(連結母法人)이란 연결집단 중 다른 연결법인을 연결지배하는 연결법인을 말한다. 10. “연결자법인”(連結子法人)이란 연결모법인의 연결지배를 받는 연결법인을 말한다. 10의2. “연결지배”란 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우를 말한다. 이 경우 그 보유비율은 다음 각 목에서 정하는 바에 따라 계산한다. 가. ∼ 라. (생략) ○ 법인세법 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】 ① 다른 내국법인을 연결지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외하며, 이하 이 항에서 “연결가능모법인”이라 한다]과 그 다른 내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 “연결가능자법인”이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결가능모법인의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 연결가능자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다. ○ 법인세법 제76조의9 【연결납세방식의 취소】 ① 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식의 적용 승인을 취소할 수 있다. 1. 연결법인의 사업연도가 연결사업연도와 일치하지 아니하는 경우 2. 연결모법인이 연결지배하지 아니하는 내국법인에 대하여 연결납세방식을 적용하는 경우 3. 연결모법인의 연결가능자법인에 대하여 연결납세방식을 적용하지 아니하는 경우 ③ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 연결법인은 취소된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다. ⑤ 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 제76조의18에 따라 납부한 연결중간예납세액 중 같은 조 제4항의 연결법인별 중간예납세액은 제64조제1항을 적용할 때에 같은 항 제2호의 중간예납세액으로 본다. <개정 2015.12.15> ⑥ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용 승인이 취소된 경우 취소된 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 그 연결사업연도의 종료일까지의 기간과 취소된 날이 속하는 연결사업연도 종료일의 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 각각 1사업연도로 본다. ○ 법인세법 제76조의10 【연결납세방식의 포기】 ① 연결납세방식의 적용을 포기하려는 연결법인은 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. 다만, 연결납세방식을 최초로 적용받은 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 연결납세방식의 적용을 포기할 수 없다. <개정 2013.1.1> ② 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우에는 제76조의9 제3항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 제76조의9제3항 중 "취소된 날이 속하는 사업연도"는 "연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도"로 본다. <개정 2015.12.15> ③ 제76조의8제3항에 따라 연결납세방식을 적용받은 연결법인이 제1항에 따라 연결납세방식의 적용을 포기하는 경우 제1항에 따라 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고한 날이 속하는 연결사업연도의 종료일 다음 날부터 본래사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다. <개정 2013.1.1> ○ 법인세법 제76조의11 【연결자법인의 추가】 ① 연결모법인이 새로 다른 내국법인을 연결지배하게 된 경우에는 연결지배가 성립한 날이 속하는 연결사업연도의 다음 연결사업연도부터 해당 내국법인은 연결납세방식을 적용하여야 한다. ② 법인의 설립등기일부터 연결모법인이 연결 지배하는 내국법인은 제1항에도 불구하고 설립등기일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다. ③ 연결모법인은 제1항 및 제2항에 따라 연결자법인이 변경된 경우에는 변경일 이후 중간예납기간 종료일과 사업연도 종료일 중 먼저 도래하는 날부터 1개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할지방국세청장에게 신고하여야 한다. ○ 법인세법 제76조의12 【연결자법인의 배제】 ① 연결모법인의 연결지배를 받지 아니하게 되거나 해산한 연결자법인은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 아니한다. 다만, 연결자법인이 다른 연결법인에 흡수합병되어 해산하는 경우에는 해산등기일이 속하는 연결사업연도에 연결납세방식을 적용할 수 있다. ② ∼ ④ (종전과 동일) (검토서 p.5∼6) □ 부칙 <제19193호, 2022.12.31.> ○ 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다. 1. 제2조제9호ㆍ제10호ㆍ제10호의2, 제18조제7호, 제21조제6호, 제25조(같은 조 제2항제3호 중 "매입자발행계산서"의 개정부분은 제외한다), 제75조의5제2항제1호, 제75조의7제1항ㆍ제3항ㆍ제4항의 개정규정, 같은 조 제5항의 개정규정 중 "제3호의 소득"을 개정하는 부분, 제76조의8, 제76조의9, 제76조의11, 제76조의12, 제76조의14(같은 조 제1항제2호가목 및 같은 항 제4호는 제외한다), 제76조의18 및 제76조의19의 개정규정: 2024년 1월 1일 ○ 제15조의2(연결납세방식의 포기 등에 관한 특례)  2023.12.31. 신설 ① 2024년 1월 1일 당시 종전의 제2조제10호에 따른 연결자법인 외에 다른 내국법인을 제2조제10호의2의 개정규정에 따라 연결지배하고 있는 연결모법인이 2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하지 아니하려는 경우에는 제76조의10제1항 본문을 적용할 때 “사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날”을 “2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 개시일 이후 2개월이 되는 날”로 보며, 같은 항 단서는 적용하지 아니한다. ② 제1항에 따른 연결모법인이 같은 항에 따른 신고기한 내에 연결납세방식 적용 포기 신고를 하지 아니한 경우에는 제76조의11제1항 및 제2항의 개정규정에도 불구하고 2024년 1월 1일이 속하는 사업연도부터 연결납세방식을 적용하여야 한다. 이 경우 제76조의11제3항을 적용할 때 “변경일”은 “2024년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 개시일 이후 2개월이 되는 날”로 본다. <신설 2023.12.31.>