주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 적용 관련 질의

벤처기업 주식매수선택권의 행사이익 중 연간 5천만원 이내의 금액은 소득세를 과세하지 아니하며, ’22년 주식매수선택권 행사이익 중 법적 요건을 갖추었으나 비과세 특례를 적용받지 못한 3천만원은 수정신고를 통하여 적용받을 수 있으며, 적격주식매수선택권을 재직 중 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 과세특례를 신청함에 따라 소득세가 과세되지 않았으나, 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 과세특례적용을 신청한 주식매수선택권 행사이익은 소득세가 과세되는 것임. 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 발생하는 소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외)은 양도소득세가 과세되는 것이며, 별도의 처분기준이 있는 것은 아님. 과세특례를 적용받지 못한 비과세 소득금액 3천만원을 수정신고 하는 경우(비과세특례적용명세서는 수정제출), 양도소득금액을 계산할 때 같은 법 16조의2에 따라 비과세 적용을 받은 5천만원을 제외한 나머지 금액에 대하여 양도소득세가 과세되는 것임

[회신] (구)조세특례제한법 제16조의2에 따라 벤처기업 주식매수선택권의 행사이익 중 연간 5천만원 이내의 금액은 소득세를 과세하지 아니하며, ’22년 주식매수선택권 행사이익 중 법적 요건을 갖추었으나 비과세 특례를 적용받지 못한 3천만원은 수정신고를 통하여 적용받을 수 있으며, 조세특례제한법 제16조의4에 따른 적격주식매수선택권을 재직 중 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 과세특례를 신청함에 따라 소득세가 과세되지 않았으나, 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 과세특례적용을 신청한 주식매수선택권 행사이익은 소득세법 제20조 및 같은 법 시행령 제38조에 따라 소득세가 과세되는 것입니다. 조세특례제한법 제16조의4 제2항에 따라 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도하여 발생하는 소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외)은 양도소득세가 과세되는 것이며, 별도의 처분기준이 있는 것은 아니며, 과세특례를 적용받지 못한 비과세 소득금액 3천만원을 수정신고 하는 경우(비과세특례적용명세서는 수정제출), 조세특례제한법 제16조의4에 제2항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 같은 법 16조의2에 따라 비과세 적용을 받은 5천만원을 제외한 나머지 금액에 대하여 양도소득세가 과세되는 것입니다. 귀 질의는 아래 해석사례를 참고하시기 바랍니다. ○사전-2021-법령해석소득-1341(2021.10.27.) ○사전-2020-법령해석소득-0993(2021.9.16.) ○서면-2019-법령해석소득-0758(2020.9.29.) 1.사실관계 ○ (사례1) ’22년 주식매수선택권 행사이익이 50백만원인 경우 비과세 특례 한도금액이 50백만원을 적용하여야 하나 적용 오류로 비과세 특례로 20백만원을 적용 받았고, 나머지 30백 만원은 과세 특례를 적용을 받지 못했음 ○ (사례2) ’22년 4월 주식매수선택권 행사를 하여 행사이익에 대해 과세 특례를 적용했다가 1년 보유기간 이전인 ’22.6월에 매도함 ○ (사례3) 벤처기업 주식매수선택권 1차 행사: ’21.5월 10,000주/ 벤처기업 주식매수선택권 2차 행사: ’22.5월 10,000주/ ’22.12월 5,000주 매도 ○ (사례4) ’22년 2월 15,000주 행사, 총 행사이익 73백만원 중 20 백만원 비과세 처리(적용가능한 비과세 한도 50백만원), 나머지 53백만원은 과세특례 적용신청함, ’23.10월에 매도시 행사 당 시 미적용했던 비과세 한도 30백만원에 대하여 적용하고자 함 2.질의내용 ○ (질의1) 위 과세 특례를 적용한 30백만원 상당의 주식에 대해 개정된 법을 적용하여 비과세 특례로 수정신고 가능한지 문의 ○ (질의2) 과세 특례를 적용했다가 1년 보유기간 이전에 매도할 경우 최초 과세특례 적용시점의 종가 기준으로 근로소득 과세 된다고 알고 있는데, 이 부분에 대해서도 비과세 특례 50백만원을 적용할 수 있는지(행사시점, 양도시점 모두 2022년) ○ (질의3) 선입선출에 따라 1차 행사분 처분으로 보고 양도소득 으로 신고하는게 맞는지, 아니면 별도의 처분기준이 있는지? ○ (질의4) 1년이 지난 23년 10월에 매도 후 양도소득세 신고시 미적용한 비과세 30백만원만큼 제외하고 양도소득세 신고납 부를 하는 것이 가능한지, 또한 이미 제출했던 비과세특례 적 용명세서 및 특례적용명세서를 수정하지 않으면 비과세 적 용은 20백만원밖에 적용을 못하는지?(만약 과세특례 적용자 가 3년후 매도시 비과세특례한도 수정적용을 위해 3년전 제출한 비과세특례적용명세서를 수정해야 되는 것인지 아니면 법정 요건만 충족하면 비과세한도 추가적용이 가능한지) 3.관련법령 ○ (구) 조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사 이익 비과세 특례】[2022.1.4.-18682호] ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및「상법」제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수 선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16 조의4 까지 " 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 "이라 한다) 중 연 간 5천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다 . ○ 조세특례제한법 제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사 이 익에 대한 과세특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자( 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다 )가 2024년 12월 31일 이전 에 해당 벤처기업으로부터 부여 받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권( 이하 이 조에서 " 적격주식매수선택권 "이라 한다 )을 행사 함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정 하는 바에 따라 신청한 경우에는「소득세법」제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과 세하지 아니할 수 있다 . 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액( 이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다 )에 대해서는 주식매수선택권 행사시에「소득세법」제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. ② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식 ( 해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자 본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다 )을 양 도하여 발생하는 양도소득 ( 제16조의2에 따라 비과세되 는 금액은 제외 한다 )에 대해서는「소득세법」제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세 한다. ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익( 제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기업 주식매수선택권 행사 이익 )을 「소득세법」제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세 하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. 1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식 을 증여하거나 행사 일부터 1년이 지나기 전에 처분 하는 경우( 해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다 ): 증여일 또는 처분일 4.관련예규 ○ 사전-2021-법령해석소득-1341(2021.10.27.) 귀 사전답변 신청의 경우,「조세특례제한법」제16조의2에 따른 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세특례의 경우 「조세특례제한법 시행령」제14조의2에 따른 비과세특례적용명세서가 기한 내에 제출되지 아니한 경우에도 법정된 요건을 충족하면 적용받을 수 있는 것이나, 해당 요건을 충족하였는지 여부는 사실판단할 사항입니다. ○ 사전-2020-법령해석소득-0993(2021.9.16.) 귀 사전답변 신청의 경우, 적격주식매수선택권을 재직 중 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 「조세특례제한법」제16조의4제1항에 따른 과세특례를 신청함에 따라 「소득세법」제20조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세가 과세되지 않았으나, 위 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 행사일로부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우 위 과세특례 적용을 신청한 주식매수선택권 행사이익에 대하여 「소득세법」제20조 및 「소득세법 시행령」제38조에 따라 소득세로 과세하는 것입니다. ○ 서면-2019-법령해석소득-0758(2020.9.29.) 귀 서면질의 신청의 경우,「조세특례제한법」제16조의4에 따라 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용을 신청한 벤처기업의 임직원이 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 행사일로부터 1년이 지나기 전에 일부 처분하는 경우 과세특례 적용을 신청한 주식매수선택권 행사이익에 대하여「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하는 것입니다.