주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 등 적용 요건

“벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례” 규정을 적용받을 수 있는 주식매수선택권은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권으로 한정하고 있고, 쟁점 주식매수선택권이 관련 법령에 따른 적법한 주식매수선택권에 해당하는 지는 사실판단할 사항임

[회신] 조세특례제한법 제16조의2 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례” 규정을 적용받을 수 있는 주식매수선택권은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권으로 한정하고 있고, 쟁점 주식매수선택권이 관련 법령에 따른 적법한 주식매수선택권에 해당하는 지는 사실판단할 사항입니다. 1.사실관계 ○ 질의인은 ’00.6월에 설립된 2차전지 생산장비 등을 제조·판매 하는 기업으로, ’04.6월 경기지방중소기업청으로부터 벤처기 업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 등록되었으며, ’20.7.16. 코스닥시장에 발행주식을 상장하였음 ○ 질의인은 ’18.12.28. 및 ’20.3.5. 두 차례에 걸쳐 임직원들을 대상 으로 미리 정한 행사가액으로 주식매수선택권을 부여하였음 ○ 질의인은 각 주주총회 특별결의를 통해 출석한 주주 전원의 동의를 받아 주식매수선택권을 부여하였고, 각 임직원과 주주 총회 결의에서 동의를 받은 부여수량, 행사기간, 행사가격 등의 조건이 반영된 부여계약을 체결하였음 ○ 한편, 주식매수선택권을 부여할 당시 정관 제11조의 8은 주식 매수선택권의 행사기간에 대하여 “부여 결의일로부터 2년 이상 재임 또는 재직한 날부터 5년 내에 권리를 행사할 수 있다”고 규정하고 있음 ○ 질의인은 최근 벤처기업법 제16조의3 제5항 에 따라 중소기업 벤처부에 ’18.12.28. 및 ’20.3.5. 주식매수선택권을 부여하는 각 주주총회 특별결의를 하였음을 신고하였으나, 중소기업 벤처부는 “행사시기”에 대하여 주식매수선택권의 부여 당시의 정관 내용과 주주총회 특별결의 내용 또는 부여계약의 내용이 상충된다는 점을 지적하면서, 본 주식매수선택권은 벤처기업법 규정에 맞지 않게 부여된 주식매수선택권이므로 신고를 인정 할 수 없다는 취지의 의사를 표시함 2.질의내용 ○ (질의1) 위 사실관계에서와 같이 주식매수선택권의 행사시기를 정하고 있지만 “행사할 수 있다”고 규정하였기 때문에 2차례에 걸쳐 부여된 주식매수선택권의 행사기간에 대한 실효성이 인정되는지 여부와 세금 특례를 적용 받을 수 있는지 여부 ○ (질의2) 질의 1번이 성립되지 않을 때, 만일 임직원들의 주식 매수선택권을 재직 후 2년 이상 5년 이내의 기한에 맞춰 행사할 경우, 당 사가 적법한 절차로 주식매수선택권을 부여한 것이 성립되고 벤처기업법에서 정의하는 세금 특례를 적용받을 수 있는지 여부 ○ (질의3) 만일 질의 2번이 성립되지 아니할 경우, 부속합의서 혹은 변경계약서 등을 체결하여 정관에 기재된 기한 내에 주식 매수선택권을 행사한다면 세금 특례를 적용받을 수 있는지 여부 3.관련법령 ○ 조세특례제한법 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사 이익 비과세 특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원( 이하 이 조 및 제16조의3 에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다 )이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사( 벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다 )함으로써 얻은 이익( 주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다 ) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다. ② 제1항이 적용되는 주식매수선택권은「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식 매수선택권( 코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다 ) 으로 한정한다. ○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 16조의3【벤처기업의 주식매수 선택권】 ① 주식회사인 벤처기업은「상법」제340조의2부터 제340조의5 까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여 하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격 으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리 ( 이하 이 조에서 "주식매수선택권"이라 한다 )를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는「상법」제434조를 준용한다. 1. 벤처기업의 임직원 ( 대통령령으로 정하는 자는 제외한다 ) 2. 기술이나 경영능력을 갖춘 자로서 대통령령으로 정하는 자 3. 대학 또는 대통령령으로 정하는 연구기관 4. 벤처기업이 인수한 기업( 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 경우만 해당한다 )의 임직원 ② 제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정 에는 다음 각 호의 사항을 포함 하여야 한다. 1. 일정한 경우 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻 2. 주식매수선택권의 행사로 내줄 주식의 종류와 수 3. 주식매수선택권을 부여받을 자의 자격 요건 4. 주식매수선택권의 행사 기간 5. 일정한 경우 주식매수선택권의 부여를 이사회의 결의에 의하여 취소할 수 있다는 뜻 ③ 제1항에 따른 주주총회의 특별결의 에서는 다음 각 호의 사항을 정하여야 한다 . 1. 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명이나 명칭 2. 주식매수선택권의 부여 방법 3. 주식매수선택권의 행사 가격과 행사 기간 4. 주식매수선택권을 부여받을 자 각각에 대하여 주식매수선택권의 행사로 내줄 주식의 종류와 수