조특법§97에 따른 임대주택이 재건축으로 신축된 경우 감면대상 양도소득의 범위

조특법§97에 따른 임대주택이 재건축으로 신축된 경우 임대주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득에 대해 조특법§97가 적용되는 것이나“청산금납부분양도차익”에 해당하는 양도소득에 대해서는 적용하지 않는 것임

[회신] 귀 서면질의의 경우, ｢조세특례제한법｣ 제97조제1항에 따른 임대주택을 취득한 후 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발․재건축 등으로 해당 임대주택이 신축주택으로 전환된 후 양도하는 경우 임대주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득에 대해 ｢조세특례제한법｣제97조가 적용되는 것이나 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제89조에 따라 사업시행자에게 청산금을 납부한 경우 ｢소득세법 시행령｣ 제166조제2항제1호의 “청산금납부분양도차익”에 해당하는 양도소득에 대해서는 ｢조세특례제한법｣ 제97조를 적용하지 않는 것입니다. 1. 사실관계 ○’89년 A아파트 5호(국민주택 이하 규모) 신축 ○’99.12월 A아파트 5호 취득 후 임대개시 ○’17.09월 A아파트 * 재건축 관리처분계획인가 및 임차인 퇴거 * 관리처분계획인가일 당시 A아파트 5호는 조특법§97의 요건을 모두 갖춘 것으로 전제함 ○’21.12월 A’아파트 3채 재건축 준공인가 및 임대 재개 ○ 예정 A’아파트 3채를 순차적으로 양도 2. 질의요지 ○ 조특법§97의 요건을 충족한 임대주택 5호가 재건축에 따라 신축주택 3호로 전환된 후 양도하는 경우 - 관리처분계획인가 후 양도소득에 대해서도 조특법§97에 따른 감 면을 적용할 수 있는지 여부 3. 관련 법령 □ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세 감면】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택 (이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다) 을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대 한 후 양도하는 경우에는 그 주택 (이하 “임대주택”이라 한다) 을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50 에 상당하는 세액을 감면 한다. 다만, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 또는 ｢공공주택 특별법｣에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택 (취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제 한다. <개정 2015.8.28> 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택 2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택 ② ｢소득세법｣제89조제1항제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정 하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산 정한다. <개정 2001.12.31, 2009.2.4, 2019.2.12> ② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주 택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 ｢소득세법 시행령｣ 제122조제4항 및 제5항을 준용한다. <개정 2005.2.19, 2010.2.18, 2014.2.21> ③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획 재 정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세 무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29> ④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19, 2008.2.29, 2015.12.28, 2020.2.11, 2023.9.26> 1. ｢민간임대주택에 관한 특별법 시행령｣제4조제5항에 따른 임대 사 업자 등록증 또는 ｢공공주택 특별법｣제4조에 따른 공공주택사 업자로의 지정을 증명하는 자료 2. 임대차계약서 사본 3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 ｢주민 등록법｣제29조제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다. 4. 삭제 <2006.6.12> 5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류 ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간 (이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다) 의 계산은 다음 각호에 의한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29> 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것 2. 삭제 <2001.12.31> 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임 대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임 대기간에 합산할 것 3의2. 삭제 <2001.12.31> 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 ⑥ 법 제97조제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 ｢전자정부법｣제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다. <신설 2006.6.12, 2007.6.28, 2010.5.4, 2010.11.2, 2018.2.13>