주식매수선택권 행사 후 법인이 유가증권신고를 하는 경우 행사차익을 재계산하여 추가 세액을 납부하여야 하는지

주식매수선택권 행사차익 계산 시 주식의 시가평가 방법은 법인세법 시행령 제89조를 준용하는 것입니다. 원천징수의무자가 과소하게 원천징수한 사실을 추후에 발견하는 경우 추가로 징수할 수 있으며 소득자 본인도 원천징수여부와 관계없이 종합소득세 기한후신고(수정신고)를 할 수 있습니다.

[회신] 주식매수선택권 행사차익 계산 시 주식의 시가평가 방법은 법인세법 시행령 제89조를 준용하는 것입니다. 원천징수의무자가 과소하게 원천징수한 사실을 추후에 발견하는 경우 추가로 징수할 수 있으며 소득자 본인도 원천징수여부와 관계없이 종합소득세 기한후신고(수정신고)를 할 수 있습니다. *참고 해석사례:사전-2020-법령해석소득-1128(2021.08.18.), 법인46013-3580(1993.11.25.) 본 회신은 귀하께서 제시한 사실관계를 전제로 한 답변이므로 사실관계가 다를 경우 본 회신과 다른 과세관계가 발생할 수 있음을 알려드립니다. 1. 사실관계 ○ 질의자는 甲법인의 주식매수선택권 * 을 가지고 있음 * 행사가 5만원으로 2,000주 매수가능 ○ 질의자는 현재 甲법인에서 근무하고 있지 않고 2021. 12. 15. 주식매수선택권 행사할 예정임 - 매매사례가액이 없어 보충적 평가방법에 따라 계산한 甲법인 주식의 가액은 2만원임 - 甲법인은 행사 차익이 발생하지 않은 것으로 보아 소득세를 원천징수하지 않음 ○ 추후 甲 법인은 2022. 5. 15. 유가증권신고를 하였고, 2022. 6. 15. 공모가 10만원으로 유가증권시장에 상장함 2. 질의내용 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제57조 에 따른 기업공개준비중인 주식 등의 평가방법을 적용하여 행사차익을 계산하는 것인지 - 행사 시점에 세액 결정이 끝난 스톡옵션에 대해 유가증권 신고 및 공모가 결정 이후 세액을 다시 결정하게 되는지 ○ 적용한다면 이미 주식매수선택권 행사 및 원천징수가 종료된 시점에 세금 납부는 어떻게 해야하는지 3. 관련법령 □ 소득세법 제21조 【기타소득】 ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ 퇴직 소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 22. 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사 하거나 고용 관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익 □ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액 에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액 이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. □ 상속 세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식등의 평가 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대 통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장 주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융 투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등 에 대해서는 제1항 제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. 1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식 등 2. 제1항제1호나목에 규정된 주식등 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권 시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등 □ 상속 세 및 증여세법 시행령 제57조 【기업공개준비중인 주식등의 평가등】 ① 법 제63조제2항제1호에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 평가 기준일 현재 유가증권 신고 (유가증권 신고를 하지 아니하고 상장 신청을 한 경우에는 상장신청을 말한다) 직전 6개월 (증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다) 부터 거래소에 최초로 주식등을 상장하기 전까지의 기간 을 말하며, 해당 주식등은 제1호의 가액과 제2호의 가액 중 큰 가액으로 평가 한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 금융위원회가 정하는 기준에 따라 결정된 공모가격 2. 법 제63조제1항제1호가목에 따라 평가한 해당 주식등의 가액 (같은 목의 가액이 없는 경우에는 같은 호 나목의 가액을 말한다) ② 법 제63조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 평가 기준일 현재 유가증권 신고(유가증권 신고를 하지 아니하고 등록 신청을 한 경우에는 등록신청을 말한다) 직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)부터 한국금융투자 협회에 등록하기 전까지의 기간을 말하며, 해당 주식등은 제1항 제1호의 가액과 법 제63조제1항제1호나목에 따라 평가한 가액 중 큰 가액으로 평가한다. □ 소득세법 제85조 【징수와 환급】 ③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수 하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의 무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「국세기본법」 제47조의5제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다. 1. 납세의무자가 신고ㆍ납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우 2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우 4. 관련 예규 ○ 사전-2020-법령해석소득-1128, 2021.08.18. 「소득세법 시행령」제38조제1항제17호의 주식매수선택권의 행사이익을 계산할 때 비상장주식의 시가는 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하여 계산한 금액으로 하는 것입니다. ○ 법인46013-3580, 1993.11.25. 근로소득세는 급여를 지급하는 자가 급여지급 시에 세법이 정하는 바에 따라 소득세를 원천징수하여 납부하는 것이나 추후 원천징수를 잘못한 사실이 발견되는 경우에는 이를 자발적으로 시정하여 추가징수할 수 있는 것임 ○ 서면-2020-법령해석기본-5632, 2021.06.17. 주식매수선택권 행사에 따른 행사이익을 당초 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 따라 산정하였으나 이후 과세 관청에 의하여 시가가 확인되어 그 행사이익을 재계산한 결과 세액이 증액경정된 경우는 국세기본법상 과소신고가산세 대상이고, 위와 같은 주식매수선택권 행사이익 과소신고에 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지는 사실판단할 사항임