중소기업 통합에 따른 양도소득세 이월과세 적용여부 등

임대사업자가 임차자인 통합법인에게 임대건물을 양도하여 통합법인이 동 건물을 자가사용하는 경우 사업의 동일성이 유지되지 않아 양도소득세 이월과세를 적용할 수 없는 것이며, 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세를 받은 경우 조세특례제한법 제32조 및 같은 법시행령 제29조에 따라 사후관리하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 중소기업간 통합에 대한 양도소득세 이월과세에 대해서는 기존해석사례(재산세과-955, 2009.05.18., 서면인터넷방문상담4팀-2076, 2005.11.04.)를 참고 하시고, 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받은 경우에는 조세특례제한법 제32조 및 같은 법시행령 제29조에 따라 사후관리하는 것입니다. 1. 사실관계 및 질의내용 O 사실관계 - 甲은 경기도 화성시 소재 토지 및 공장 4동을 취득하여 2011.7.19.～현재까지 부동산임대업을 하고 있음 - 위 사업장의 공장 4동 중 1동을 2011.10.27.부터 甲이 대주주인 A사(제조업)가 임 차하여 사용 중 O 질의내용 - 임대사업자인 甲과 임차인인 A사가 조세특례제한법 제31조 에 따라 중소기업 간 통 합하여 A사가 임차중인 1동이 자가사용으로 변경되는 경우 사업의 동일성 유지가 안 된 것으로 보아 양도소득세 이월과세 적용이 안되는 것인지 여 부 - 임대사업자인 甲이 조세특례제한법 제32조 에 따라 사업용고정자산을 현물출자해 B사 를 설립한 후 A사를 포괄적으로 사업양도양수하고 업종추가(제조 업)하거나, 흡 수합병한 후 법인상호를 피합병법인인 A사 상호로 변경한 경우 당초 양도소득세 이월과세가 배제되는 것인지 여 부 2. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제31조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1> ② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신 청을 하여야 한다. ④ - ⑥ 생략 ⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지 의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2013.1.1> 1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 ○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 】 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수 의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1> ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에 만 적용한다. ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신 청을 하여야 한다. ④ 생략 ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지 의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2013.1.1> 1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐 지하는 경우 2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제28조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 ① 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합" 이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업 (소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있 는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업 별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다) 을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자 (「중소기 업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다 . 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인 이 출자자인 개인(「국세기본법」제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업 을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18, 2013.2.15> 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통 합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현 재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것 ② 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산 (1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18> ③ 법 제31조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29> ④ - ⑧ 생략 ⑨ 통합법인이 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자로부터 승계받은 제2항 의 사업용고정자산을 2분의 1 이상 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제31조제 7항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15> 1. 통합법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우 2. 통합법인이 「법인세법」 제44조제2항 에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우 3. 통합법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양 도한 경우 4. 통합법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 ⑩ 법 제31조제7항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감 자 및 무상감자를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15> 1. 법 제31조제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 "해당 내국인"이라 한다)이 사 망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조제2항 에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항 에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 3. 해당 내국인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 4. 해당 내국인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법 원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경 우 ○ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 】 ① 삭제 <2002.12.30> ② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업 을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포 괄적으로 양도하는 것 을 말한다. <개정 2006.2.9, 2009.6.19, 2010.12.30> ③ 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어 느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다. <신설 2010.2.18> 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조 에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다) 3. 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포 함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29, 2010.2.18> ⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액 을 말한다. <개정 2002.12.30, 2010.2.18> ⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인"이라 한다)이 같 은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2 분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <개정 2013.2.15> 1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우 2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항 에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우 3. 전환법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양 도한 경우 4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 ⑦ 법 제32조제5항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감 자 및 무상감자를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15> 1. 법 제32조제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 "해당 거주자"라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 2. 해당 거주자가 「법인세법」 제44조제2항 에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항 에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 3. 해당 거주자가 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 4. 해당 거주자가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법 원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우 5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경 우 나. 관련 예규(예규,해석사례,심사,심판) ○ 재산세과-955, 2009.05.18 귀 질의의 경우, 붙임 기 질의회신사례 서면인터넷방문상담4팀-2076 (2005.11.4)호를 참고하시기 바람. ○ 서면인터넷방문상담4팀-2076, 2005.11.04. 1. 조세특례제한법 시행령 제28조 “중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등” 규정은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자인 경우에 적용되는 것이며, 2. 위2. 법령을 적용함에 있어 임대사업에 사용하던 토지를 임차자인 통합 법인에게 양도한 후 통합법인이 동 토지를 자가사용 및 일부 임대하는 경우 사업의 동일성이 유지되지 않는 것임.