현물출자 외의 방법으로 취득한 지주회사 주식을 먼저 양도하는 경우 과세이연 받은 양도소득세 과세 여부

현물출자하고 취득한 지주회사의 주식과 그 외 방법으로 취득한 지주회사의 주식을 보유하던 중 그 일부를 양도하는 경우에는 주식의 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 먼저 양도한 것으로 봄

[회신] 내국인이 「조세특례제한법」 제38조의2에 따라 현물출자하고 취득한 지주회사의 주식과 그 외 방법으로 취득한 지주회사의 주식을 보유하던 중 그 일부를 양도하는 경우에는 주식의 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다 ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 2 008.2.1. A법인은 인적분할을 통하여 B법인(분할존속법인)과 C법인 (분할 신설법인)으로 분할하였고, B법인은 지주회사로 전환되었음 - 2 008.10.10. 거주자 甲(B법인 및 C법인의 최대주주)은 인적분할시 취 득한 C법인의 주식 975,756주를 B법인에 현물출자하고 그 대가로 B법인으로부터 신주 5,673,969주를 교부받았으며, - 당 해 현물출자와 관련하여 甲은 「조세특례제한법」 ( 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것 ) 제38조의2제2항에 따른 양도소득세 과세이연을 적용 받음 * 甲이 보유한 B법인 주식 : 총 9,379,069주 - 기존 보유주식 3,705,100주(ⓐ증권사의 계좌로 관리) - 현물출자 취득주식 5,673,969주(ⓑ증권사의 계좌로 관리) ․ 주 식은 별도의 독립된 계좌에 의한 거래 등을 통하여 구분관리 되고 있어 모든 주식의 취득시기 및 취득단가를 확인할 수 있음 - 2 009.11.16. 甲 은 B법인 보유주식 중 400,000주를 ⓐ증권사 계좌에서 매도함 - B주식 취득․양도 현황 (주) | 구 분 | 기존보유 | 2008.10.10. 현물출자 | 2009.11.16. 양도 | 비 고 | | ⓐ증권사 | 3,705,100 | | 400,000 | | | ⓑ증권사 | | 5,673,969 | | 과세이연 | | 누계 | 3705100 | 9,379,069 | 8,979,069 | | ○ 질의내용 - ⓐ 증권사 계좌로 관리하고 있는 주식(현물출자 외의 방법으로 취득한 기 존 보유주식)을 먼저 양도하는 경우에도 조세특례제한법 시행령 제35조의3제1항에 규정에 따라 현물출자로 취득한 주 식을 먼저 양 도한 것으로 보아 주식과세이연금액을 기존 보유 주식의 취득가액 에서 차감하는지 여부 <갑설> 기 존 보유주식을 먼저 양도하는 경우에도 현물출자로 취득한 주 식을 먼저 양도한 것으로 보아 현물출자로 취득한 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감함 <을설> 기 존 보유주식을 먼저 양도하는 경우 기존 보유주식의 취득 가액에서 주식과세이연금액을 차감함 <병설> 기존 보유주식을 먼저 양도한 것으로 확인되는 경우에는 기존 보유주식의 취득가액을 취득가액으로 적용한다(주식과세이연금액을 차감하지 아니함) 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제 38조의2 【주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】 ① 내국인이 2012년 12월 31일까지 주식의 현물출자, 「상법」 제360조의2 의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자등으로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자등으로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 내국인이 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. ② 내국인이 현물출자 또는 분할( 「법인세법」 제46조제1항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할에만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인이 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다 . 1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인 나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인 2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식 교환하는 것일 것 3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것 ③ 내국인이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 납부하는 양도소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 1. 제1항의 규정에 의하여 신설되거나 전환된 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제및공정거래에관한법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 2. 양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우 3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우 4. 전환지주회사의 발행주식총수중 거주자 및 그 친족이 소유한 주식수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 수회에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 거주자 및 그 친족(이하 이 항에서 "최대주주"라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제및공정거래에관한법률에 의한 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우 ④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 "중간지주회사"라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 소득세 또는 법인세에 대하여는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 주식양도차익의 계산, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되 기 전의 것) 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자의 과세특례】 ① 거주자가 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 " 주식과세이연금액 "이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도( 현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다 )에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. ② 거주자는 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 「소득세법」 제104조제1항 의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2제3항제1호 단서를 적용할 때 이 영 제35조의2제6항을 준용한다. ③ 이하 생략 ○ 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제162조【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 3. 이하 생략 ② ～ ④ 생략 ⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. ⑥ 이하 생략 ○ 법규과-140, 2012.02.09. 귀 의견조회의 경우, 내국인이 「조세특례제한법」 제38조의2 에 따라 현물출자하고 취득한 지주회사의 주식과 그 외 방법으로 취득한 지주회사의 주식을 보유하던 중 그 일부를 양도하는 경우에는 주식의 현물출자로 취득한 지주회사의 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것입니다.