개발행위허가 제한구역 내의 토지 양도시 장기보유특별공제 및 일반세율 적용 여부

토지를 취득한 후 개발행위허가제한구역으로 고시된 경우에 해당 토지가 경작 등 토지 본래의 용도에 사용이 제한되지 아니한 경우에는 사업용으로 사용한 기간으로 보지 아니함

[회신] 1.「소득세법」제104조의3제1항 및 같은 법시행령제168조의6을 적용함에 있어 토지를 취득한 후 개발행위허가제한구역으로 고시된 경우에 해당 토지가 경작 등 토지 본래의 용도에 사용이 제한되지 아니한 경우에는「소득세법 시행령」제168조의14제1항제1호가 적용되지 아니하는 것입니다. 2. 1.을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는 토지를 2011.1.1. 이후에 양도하는 경우에는「소득세법」제95조제2항에 따른 장기보유특별공제를 받을 수 없으며, 같은 법제104조제1항제8호에 따라 60%의 양도세율이 적용됩니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 질의요지 ○ 소득세법 시행령 제168조 의 6에 따라 양도일 직전 3년 중 2년 이상 (2008.12.31～2010.12.31.까지 2년)을 직접 사업에 사용한 것으로 보아 장기 보유특별공제와 일반세율을 적용받을 수 있는지 사실관계 ○ 1984.09.26. 갑은 부산 강서 명지동 소재 A농지(답) 3,095㎡를 취득 하여 2001.11.30. 농지원부를 발급받았으나, 최근의 자경 요건 강화로 부재지주 상태임 * 1971년 개발제한 구역 지정(개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법) 되었으며, 도시지역, 자연녹지지역임 ○ 2008.12.31. A농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조 및 같은 법 제32조, 토지이용규제기본법 제8조 에 따라 개발행위허가 제한구역으로 고시되었음 □ 부산 강서지역 일원 부산항배후국제산업물류도시 조성 예정 지역에 대한 개발행위허가 제한내용(2008.12.31) ․ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조 에 의한 개발행위허가 ․ 개발행위허가 제한 제외 ­ 건축분야 : 신축(공공사업으로 인한 이축-주거용), 개축, 재축, 대수 선, 공 사용 임시 가설건축물 신고(조건부여 허용), 농수산물 보관 및 가공 관련시설 임시 가설건축물 신고(조건부여 허용) ­ 형질변경 분야 : 경작을 위한 토지형질변경을 포함 50㎝미만의 절․성토 ­ 기타 : 국가, 지방자치단체 등 공공기관에서 공공목적으로 시행하는 부산시와 사전 협의된 개발행위는 일부 허용 □ 2008.12.31일자 개발행위허가 제한 변경내용 (2009.12.9) ․ 건축분야의 신축(공공사업으로 인한 이축-주거용)부분 삭제 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 (2009. 12. 31. 개정) 제55조 제1항에 따른 세율 2. ～ 7. 생략 8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 (이하 생략) ○ 소득세법 제104조 의 3 【비사업용 토지의 범위】 ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2009. 12. 31. 개정) 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2009. 12. 31. 개정) 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (2009. 12. 31. 개정) 2. ～ 7. 생략 ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2009. 12. 31. 개정) ③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제168조 의 8 【농지의 범위 등】 ① 법 제104조의 3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. (2005. 12. 31. 신설) ② 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호 의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. (2008. 2. 22. 개정) ③ 생략 ④ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 본문에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ⑤ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) 1. 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지 (2005. 12. 31. 신설) 2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지 (2005. 12. 31. 신설) ⑥ 법 제104조의 3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다. (2005. 12. 31. 신설) (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제168조 의 6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설) (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제168조 의 14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】 ① 법 제104조의 3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. (2009. 2. 4. 개정) 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간 (2005. 12. 31. 신설) (이하 생략) ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조 【개발행위허가의 제한】 ① 국토해양부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 지역으로서 도시관리계획상 특히 필요하다고 인정되는 지역에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 중앙도시계획위원회나 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 1회에 한하여 3년 이내의 기간 동안 개발행위허가를 제한할 수 있다. 다만, 제3호부터 제5호까지에 해당하는 지역에 대하여는 1회에 한하여 2년 이내의 기간 동안 개발행위허가의 제한을 연장할 수 있다. (2009. 2. 6. 개정) 1. 녹지지역이나 계획관리지역으로서 수목이 집단적으로 자라고 있거나 조수류 등이 집단적으로 서식하고 있는 지역 또는 우량 농지 등으로 보전할 필요가 있는 지역 (2009. 2. 6. 개정) 2. 개발행위로 인하여 주변의 환경ㆍ경관ㆍ미관ㆍ문화재 등이 크게 오염되거나 손상될 우려가 있는 지역 (2009. 2. 6. 개정) 3. 도시기본계획이나 도시관리계획을 수립하고 있는 지역으로서 그 도시기본계획이나 도시관리계획이 결정될 경우 용도지역ㆍ용도지구 또는 용도구역의 변경이 예상되고 그에 따라 개발행위허가의 기준이 크게 달라질 것으로 예상되는 지역 (2009. 2. 6. 개정) 4. 지구단위계획구역으로 지정된 지역 (2009. 2. 6. 개정) 5. 기반시설부담구역으로 지정된 지역 (2009. 2. 6. 개정) ② 국토해양부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 제1항에 따라 개발행위허가를 제한하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 제한지역ㆍ제한사유ㆍ제한대상행위 및 제한기간을 미리 고시하여야 한다. (2009. 2. 6. 개정) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 서면인터넷방문상담5팀-1530, 2007.05.11 「소득세법」제104조의 3 제1항 및 같은 법 시행령 제168조의 6의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별 조치법」제11조 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제63조의 규정에 따른 개발행위의 제한으로 사실상 토지의 사용이 제한된 경우에는 「소득세법 시행령」 제168조의 14 제1항의 규정에 따라 그 사용이 제한된 기간 동안은 비사업용 토지로 보지 아니하는 것입니다. ○ 서면인터넷방문상담5팀-1146, 2006.12.08 1. 소득세법 제104조 의 3의 규정에 의한 비사업용 토지를 2007.1.1일 이후에 양도하는 경우에는 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 따라 장기보유특별공제를 받을 수 없으며, 소득세법 제104조 제1항 제2호 의7의 규정에 따라 60%의 양도세율이 적용됩니다. 2. 3. 생략 ○ 부동산거래관리과-768, 2010.06.03 토지를 취득한 후 2005.12.30.이전에 구 「토지구획정리사업법 (2000.1.28, 법률 제6242호의「도시개발법」이 시행되기 전의 것)」에 따른 토지구획정리 사업시행지구로 지정·공고된 경우에 해당 토지가 경작 등 토지 본래의 용도에 사용이 제한되지 아니한 경우에는 「소득세법 시행령」제168조의14제1항제1호가 적용되지 아니하는 것입니다.