미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 해당여부

소득세법 제89조제1항제3호에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 조세특례제한법 제98조의3제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것임

[회신] 1. 조세특례제한법 제98조의 3을 적용함에 있어 같은 법 시행령 제98조의 3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 미분양주택을 미분양주택 취득기간(거주자 2009.2.12.~2010.2.11.까지, 비거주자 2009.3.16.~2010.2.11.까지) 중에 주택법 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자 포함)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010.2.11.까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우 포함)한 경우로서 해당 주택이 조세특례제한법 시행령 제98조의 3제2항에 해당하지 않는 경우에는 미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는 것이며, 2. 또한, 소득세법 제89조제1항제3호에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 조세특례제한법 제98조의3제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 2006.08. 서울 성북구 정릉4동 소재 A아파트 취득(2008.09.~거주) - 2009.06. 인천 서구 인천경제자유구역 청라지구 29블럭 소재 B아파트 111.82㎡ 분양권 취득(2009.04. 최초 입주자 모집공고, 매도자(신탁회사)와 최 초 매매계약 체결, 총분양대금 330,660천원(중도금 6회 분할 납부) ) ※ 매도자(신탁회사)는 인천 경제자유구 역청장으로부터 주택법 제16조 에 따 라 민영 주택건설사업계획 승인 (2009.02.) 을 받은 사업주체로서 같은 기관으 로부터 같은 법 제38조에 따른 입주자모집공고 승인(2009.04.)을 받음 - 2012.07. 잔금 및 입주 예정 ○ 질의내용 청라지구 소재 B아파트를 조세특례제한법 제98조 의 3에 해당하는 주택으로 보아 A아파트 양도시 비과세가 가능한지 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 조세특례제한법 제98조 의 3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 「소득세법」 제120조 에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서 울특별시 밖의 지역( 「소득세법」 제104조 의 2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제38조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업 주 체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초 로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금 액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 (2010. 1. 1 . 개정) 2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 (2010. 1. 1. 개정) ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010 년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다) 를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시 행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 (2010. 1. 1. 개정) 2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택 (2010. 1. 1. 개정) ③ 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 제104조 제1항 제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으 로 보지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) ④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제1항 제2호부터 제7호까지의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조 제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액 (2010. 1. 1. 개정) 2. 세율: 「소득세법」 제104조 제1항 제1호 에 따른 세율 (2010. 1. 1. 개정) ⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제98조의 3 【미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 법 제98조의 3 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 미분양주택”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 말한다. 다만, 수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 149제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 149제곱미터) 이내인 주택에 한정한다. (2009. 4. 21. 신설) 1. 「주택법」 제38조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 “사업 주 체”라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자 모 집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분 양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택 (2009. 4. 21. 신설) 2. 「주택법」 제16조 에 따른 사업계획승인( 「건축법」 제11조 에 따른 건축허가 를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 「주택법」 제38조 에 따 라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입 주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다) (2009. 4. 21. 신설) 3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약 이 체결되지 아니한 주택을 포함한다) (2009. 4. 21. 신설) 4. 「주택법」에 따른 대한주택보증주식회사(이하 이 조에서 “대한주택보증주식회 사”라 한다)가 같은 법 시행령 제107조 제1항에 따라 매입한 주택으로서 해당 대한주택보증주식회사가 공급하는 주택 (2009. 4. 21. 신설) 5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공 급하는 주택 (2009. 4. 21. 신설) 6. 「법인세법 시행령」 제92조 의 2 제2항 제1호의 5에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택 (2009. 4. 21. 신설) 7. 주택 외의 시설과 주택을 동일건축물로 건설ㆍ공급하는 건축주가 2004년 3월 30일 전에 「건축법」 제11조 에 따라 건축허가를 신청하여 건설한 주택(2009년 2월 11일까지 매매계약이 체결되지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 건축주 가 공급하는 주택 (2009. 4. 21. 신설) 8.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 「법인세법 시행 령」 제92조의 2 제2항 제1호의 7에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하 는 주택 (2009. 9. 29. 신설) ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다. (2009. 4. 21. 신설) 1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택 (2009. 4. 21. 신설) 2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 “미분양주택 취득기간”이라 한다) 중에 사업주체(제1항 제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 대한주택보증주식회사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항ㆍ제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택 (2009. 9. 29. 개정) 3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택 (2009. 4. 21. 신설) ③ 법 제98조의 3 제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소 득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (2010. 2. 18. 개정) ④ 법 제98조의 3 제1항에서 수도권과밀억제권역에 해당하는지 여부는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑤ 법 제98조의 3에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장(구청장은 자 치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하 는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에 게 제출하여야 한다. 다만, 법 제98조의 3 제2항의 주택에 대하여는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출한 건축착공신고서 사본과 사용검사 또는 사용승인(임시사용승인을 포함한다) 사실을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑥ 사업주체는 기획재정부령으로 정하는 미분양주택 현황(2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니한 것에 한정한다)을 2009년 4월 30일까지 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항 제2호ㆍ제3호(2009년 2월 12일 이후 공급하는 것에 한정한다)ㆍ제4호ㆍ제5호(2009년 2월 12일 이후 대물변제 받은 것에 한정한다)ㆍ제6호 및 제8호에 해당하는 미분양주택 현황의 경우에는 사업 주 체와 최초로 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기 준으로 한다)을 체결한 날이 속하는 달의 말일부터 1개월 이내에 제출하여야 한다. (2009. 9. 29. 단서개정) ⑦ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제6항에 따라 제출받은 미분양주택 현황을 관리하여야 하며, 그 현황을 제출일이 속하는 분기의 말일부터 1개월 이내에 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑧ 사업주체는 제1항에 따른 미분양주택의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계 약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내 용을 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장에 작성하여 보관하여야 한 다. (2009. 4. 21. 신설) ⑨ 제8항에 따라 매매계약서에 미분양주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장ㆍ 군수ㆍ구청장은 제7항에 따른 미분양주택 현황 및 사업계획승인신청서류 등에 따 라 미분양주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 미분양 주 택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 미분 양주택확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑩ 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 사업주체는 각각 기획재정부령으로 정하는 미분양주택 확인대장을 2010년 4월 30일까지 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓ㆍ디스 크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 “전자매체”라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장 에게 제출하여야 한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑪ 제10항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할세무서장은 해당 자료를 기록ㆍ보관하여야 한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑫ 미분양주택 확인 절차 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (2009. 4. 21. 신설) ○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득 (2009. 12. 31. 개정) 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득 (2009. 12. 31. 개정) 3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하 는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통 령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 제91조 【양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등】 ① 제104조 제3항에서 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다. (2010. 12. 27. 개정) ② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다. (2010. 12. 27. 개정) 1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우: 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조 제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액 (2010. 12. 27. 개정) 2. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용 받 았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세 액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액 (2010. 12. 27. 개정) ○ 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. <개정 2009.3.20, 2010.4.5, 2011.3.30, 2011.9.16, 2012.1.26> 1.~6. 생략 7. "사업주체"란 제16조에 따른 주택건설사업계획 또는 대지조성사업계획의 승인 을 받아 그 사업을 시행하는 다음 각 목의 자를 말한다. 가. 국가ㆍ지방자치단체 나. 한국토지주택공사 다. 제9조에 따라 등록한 주택건설사업자 또는 대지조성사업자 라. 그 밖에 이 법에 따라 주택건설사업 또는 대지조성사업을 시행하는 자 (이하 생략) ○ 주택법 제9조 【주택건설사업 등의 등록】 ① 연간 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 연간 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 국 토해양부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 사업주체의 경우에는 그 러하지 아니하다. <개정 2010.4.5> 1.~ 6. 생략 (이하 생략) ○ 주택법 제16조 【사업계획의 승인】 ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령 령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 사업계획승인신청서 에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으 로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 "사업계획승인권자" 라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에 는 국토해양부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조의2 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2009.4.1, 2010.4.5, 2012.1.26> 1.~2. 생략 ②~③ 생략 ④ 제1항 또는 제3항에 따라 주택건설사업계획의 승인을 받으려는 자는 해당 주 택건설대지의 소유권을 확보하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.4.5, 2012.1.26> 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제49조 에 따른 지구단위계획(이하 "지구 단위계획"이라 한다)의 결정[제17조제1항제5호에 따라 의제(擬制)되는 경우를 포 함한다]이 필요한 주택건설사업의 해당 대지면적의 100분의 80 이상을 사용할 수 있는 권원(權原)［제10조제2항에 따라 등록사업자와 공동으로 사업을 시행하는 주택조합(리모델링주택조합은 제외한다)의 경우에는 100분의 95 이상의 소유권을 말한다. 이하 제18조의2 및 제18조의3에서 같다］을 확보하고, 확보하지 못한 대 지가 제18조의2 및 제18조의3에 따른 매도청구 대상이 되는 대지에 해당하는 경우 2. 사업주체가 주택건설대지의 소유권을 확보하지 못하였으나 그 대지를 사용할 수 있는 권원을 확보한 경우 3. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지주택공사 또는 지방공사가 주택건설사업을 하는 경우 (이하 생략) ○ 주택법 제38조 【주택의 공급】 ① 사업주체( 「건축법」 제11조 에 따른 건축허가를 받아 주택 외의 시설과 주택 을 동일 건축물로 하여 제16조제1항에 따른 호수 이상으로 건설ㆍ공급하는 건축주와 제29조에 따라 사용검사를 받은 주택을 사업주체로부터 일괄하여 양수받은 자를 포함한다. 이하 이 장에서 같다)는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 주택을 건설 ㆍ공급하여야 한다. 이 경우 국가유공자, 장애인, 철거주택의 소유자, 그 밖에 국 토해양부령으로 정하는 대상자에 대하여는 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 입주자 모집조건 등을 달리 정하여 별도로 공급할 수 있다. <개정 2010.4.5, 2012.1.26> 1. 사업주체(국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지주택공사 및 지방공사는 제외한다)가 입주자를 모집하려는 경우: 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 승인(복리시설의 경우에는 신고를 말한다)을 받을 것 2. 사업주체가 건설하는 주택을 공급하려는 경우: 국토해양부령으로 정하는 입주 자 모집의 조건ㆍ방법ㆍ절차, 입주금(입주예정자가 사업주체에게 납입하는 주택가격 을 말한다. 이하 같다)의 납부 방법ㆍ시기ㆍ절차, 주택공급계약의 방법ㆍ절차 등에 적합할 것 3. 생략 (이하 생략) ○ 부동산거래관리과-632, 2010.04.30. 「소득세법」 제89조제1항제3호 에 따른 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 「조세 특례제한법」 제98조의3제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주 택으로 보지 않는 것입니다.