공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례 적용여부

「조세특례제한법」 제85조의7제1항에 따른 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 “공장”이란 「조세특례제한법 시행령」 제54조제1항에서 규정하는 공장을 말하는 것으로, 물품의 제조 및 가공과 직접적으로 관련이 없는 도・소매업, 운송업 등에 사용되는 창고시설 및 토지는 포함되지 않는 것임.

[회신] 1.거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지 포함)을 해당 공익사업 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012.12.31.까지 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」 제85조의7제1항에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는 것입니다. 2. 위 ‘1’을 적용함에 있어 “공장”이란 「조세특례제한법 시행령」 제54조제1항에서 규정하는 공장을 말하는 것으로, 물품의 제조 및 가공과 직접적으로 관련이 없는 도․소매업, 운송업 등에 사용되는 창고시설 및 토지는 포함되지 않는 것입니다. 3. 귀 질의가 위 ‘1’에 따른 과세특례를 적용받을 수 있는지는 해당 공익사업의 사업인정고시일 및 분양받은 토지가 해당 공익사업 시행으로 조성한 공익사업지역에 해당하는지 등을 확인하여 판단할 사항입니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 2004. 9. 인천 서구 소재 공장용지 1,590㎡, 공장건물(연면적 336㎡) 및 임야 396㎡를 취득하여 공장 운영 중 - 2010. 5. 28. 인천도시개발공사와 LH공사에서 시행하는 “검단신도시” 사업에 토지 및 건물이 수용되어 100% 채권으로 보상받음 - 계속 공장을 운영하기 위해 인천도시개발공사와 LH공사에서 개발하고 있는 “인천 검단일반산업단지”의 토지 700평을 분양 받고 분양대금으로 수용토지 등 보상금인 채권으로 전액 지불 ○ 질의내용 - 수용된 토지 및 건물에 대해 조세특례제한법 제85조의7 에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제85조의7 【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례】 ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다. 이하 이 조에서 같다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다. 1. 생략 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다. ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 그 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. ③ 생략 ○ 조세특례제한법 시행령 제79조의8 【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장이전에 대한 과세특례】 ①~② 생략 ③ 법 제85조의7제1항제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세"란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다. 1. 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 양도차익 2. 기존공장 양도가액 중 지방공장의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다) ④ 생략 ⑤ 법 제85조의7제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의7제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.2.18> 1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 ⑥~⑧ 생략 ⑨ 법 제85조의7제1항제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29> ⑩ 생략 ⑪ 법 제85조의7에서 "공장"이란 제54조제1항의 공장을 말한다. ○ 조세특례제한법 시행규칙 제23조 【공장입지기준면적】 영 제56조제1항ㆍ제79조의3제5항ㆍ제79조의8제5항ㆍ제79조의9제5항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적"이란 다음 각 호의 구분에 따른 면적을 말한다. <개정 2010.4.20> 1. 제조공장의 경우에는 「지방세법 시행규칙」 별표 4에 의한 공장입지기준면적 2. 생략 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례) ○ 법인세과-2606, 2008.09.25. 「조세특례제한법」 제85조의7 에서 “공장”이란 동법 시행령 제54조 제1항에서 규정하는 공장을 말하는 것으로, 물품의 제조 및 가공과 직접적으로 관련이 없는 도매 및 소매업, 운송업 등에 사용되는 창고시설은 포함되지 않는 것입니다.