비과세되는 구조조정대상기업의 주식의 양도차손을 과세대상 주식의 양도소득금액에서 차감할 수 있는지

양도차손이 발생한 주식이 비과세인 경우 해당 주식외의 다른 주식에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하지 아니하는 것임

[회신] 「소득세법」제102조제2항을 적용함에 있어 같은 법제94조제1항제3호에 따른 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 주식 또는 출자지분이「조세특례제한법」(법률 제8146, 2006.12.30.)제14조제1항제5호에 따라「소득세법」제94조제1항제3호를 적용받지 아니하는 경우에는 해당 주식 또는 출자지분 외의 다른 주식 또는 출자지분에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하지 아니하는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 질의요지 ○ 조특법 제14조의 과세특례를 적용받는 경우 적용받지 않는 것보다 오히려 양도 소득세가 더 증가하므로 이를 선택적용할 수 있는지 사실관계 ○ 기업구조조정조합은 청산 시 조합원 갑에게 주식 13,333주(조합이 2002년 최초 매입한 가액은 주당 12,500원)를 분배하였으며, 같은 날에 추가로 갑에게 6,667주(추가 매입한 가액은 주당 1,000원)를 양도 하였음 ○ 이후에 갑이 위 조합의 업무집행조합원에게 보유주식 20,000주를 주당 3,000원에 양도하였던 바, - 청산 시 분배받은 주식 13,333주는 조특법 제14조 제1항에 따라 양도소득세 과세제외되고 - 추가로 매입한 6,667주는 소법 제94조 제1항 제3호에 따라 양도 소득세가 과세됨 ○ 그런데, 조세특례의 적용여부에 따라 양도소득세가 차이가 남 - 청산 시 분배받은 주식 13,333주가 과세특례를 적용받는 경우 ․ 양도가액 : 6,667주 × 3,000원 = 20,001,000원 ․ 취득가액 : 6,667주 × 1,000원 = 6,667,000원 - 청산 시 분배받은 주식 13,333주에 대해 과세특례를 적용하지 않는 경우 ․ 양도가액 : (13,333주 + 6,667주) × 3,000원 = 60,000,000원 ․ 취득가액 : 13,333주 × 125,00원 + 6,667주 × 1,000원 = 173,329,500원 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 2. 생략 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (2009. 12. 31. 개정) 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2009. 12. 31. 개정) 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 조세특례제한법 (2006.12.30. 법률8146) 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호 내지 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. (2006. 12. 30. 개정) 1. ～ 4. 생략 5. 산업발전법 제15조 의 규정에 의한 기업구조조정조합(이하 “기업구조조정조합”이라 한다)이 동법 제14조 제4항의 규정에 의한 구조조정대상기업(이하 “구조조정대상기업”이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (1999. 12. 28. 신설) 6. 7. 생략 ② ～ ⑦ 생략 ⑧ 제1항 제1호 내지 제4호, 제6호 및 제7호의 규정은 2009년 12월 31일까지 취득하는 분에 한하여 적용하고, 제1항 제5호의 규정은 2007년 12월 31일까지 취득하는 분에 한하여 적용한다. (2006. 12. 30. 신설) ○ 소득세법 제102조 【양도소득금액의 구분 계산 등】 ① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득 (2009. 12. 31. 개정) 2. 제94조 제1항 제3호에 따른 소득 (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제167조 의 2 【양도차손의 통산 등】 ① 법 제102조 제2항의 규정에 의한 양도차손은 다음 각호의 자산의 양도소득금액에서 순차로 공제한다. (2003. 12. 30. 신설) 1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액 (2003. 12. 30. 신설) 2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액. 이 경우 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액이 2 이상인 경우에는 각 세율별 양도소득금액의 합계액에서 당해 양도소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 공제한다. (2003. 12. 30. 신설) ② 법 제90조의 감면소득금액을 계산함에 있어서 제1항의 양도소득금액에 감면소득금액이 포함되어 있는 경우에는 순양도소득금액(감면소득금액을 제외한 부분을 말한다)과 감면소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 당해 양도차손을 공제한 것으로 보아 감면소득금액에서 당해 양도차손 해당분을 공제한 금액을 법 제90조의 규정에 의한 감면소득금액으로 본다. (2003. 12. 30. 신설) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 서면1팀-1371, 2005.11.11 1. 2. 생략 3. 기업구조조정조합의 조합원이 조합 해산시 조합이 보유하던 주식을 출자 비율에 따라 분배받은 경우 동 주식의 취득시기는 조합이 주식을 취득한 날이 되는 것이며, 기업구조조정조합 해산시 조합원이 출자비율대로 분배받은 주식의 양도소득세 과세여부는 우리청 기질의회신문(재산-1923, 2004.7.7.)을 참고하기 바람. ○ 재산-1923, 2004.7.7. 조세특례제한법 제14조 제1항 의 규정에 의거, 산업발전법 제15조 규정에 의한 기업구조조정조합이 동법 제14조 제4항 규정에 의한 구조조정대상기업에 출자 함으로써 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니하는 것이며, 상기 조합이 조합목적을 달성하여 산업발 전법 규정에 따라 해산하면서, 조합의 주식을 조합원인 거주자가 출자비율대로 배분받아 증권거래법에 의한 유가증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도 하는 경우에는 조세특례제한법 제14조 제1항 의 규정을 적용하는 것임. ○ 조심2009서3913, 2010.03.04 「소득세법」제102조 제2항에서 규정하는 양도소득금액에서 차감하는 부동산의 양도와 관련한 양도차손을 양도소득세 과세대상인 자산의 양도차손에 한하는 것으로 봄이 타당하므로 1세대 1주택인 쟁점아파트에서 발생한 양도차손을 쟁점임야의 양도소득금액에서 차감할 수 없음