기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우 공장이전 과세특례 적용 방법

공장이전에 대한 과세특례를 적용할 때 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우 조세특례제한법 시행령 제79조의8제5항제2호의 “양도한 날”은 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 말함

[회신] 「조세특례제한법」 제85조의7에 따른 공장이전에 대한 과세특례를 적용할 때 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우 같은 법 시행령 제79조의8제5항제2호의 “양도한 날”은 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 말하는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 甲은 개인사업자로서 26년간 제조공장(평택시 소재)을 운영함 - 2010년 1월 공장의 토지만 먼저 LH에 수용됨 ․ 지방공장 대체부지 매입(평택) - 공장건물에 대한 보상은 LH의 예산문제로 2012년 7월에 진행됨 ○ 질의내용 - 공 익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례( 조특법 §85조의7) 적용과 관련하여 기존공장을 양도한 날부터 3년 (부득이한 사유가 있는 경우 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하여야 하는 바, ⇒ 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우 취득시한의 시기(始期)는 언제인지 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 조세특례제한법 제85조의7 【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례】 ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다. 이하 이 조에서 같다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부 할 수 있다. 1. 생략 2. 거주자 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다 . ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 그 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제79조의8 【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장이전에 대한 과세특례】 ① 생략 ② 법 제85조의7제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 1. 해당 공익사업 시행지역에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호 에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액 2. 기존공장의 양도가액 중 지방에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "지방공장"이라 한다)의 취득(지방에서 공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다) ③․④ 생략 ⑤ 법 제85조의7제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다 . 다만, 기존공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의7제1항을 적용하지 아니한다. 1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년 (공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 ⑥ ～ ⑪ 생략 ○ 조 세특례제한법 시행규칙 제32조의2 【행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례 등 】 영 제79조의3제5항제2호, 제79조의8제5항제2호, 제79조의9제5항제2호 및 제79조의10제6항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 공사의 허가 또는 인가 등이 지연되는 경우 2. 용지의 보상 등에 관한 소송이 진행되는 경우 3. 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제19조제4항에 따라 국토해양부장관이 고시하는 행정중심복합도시 건설기본계획에서 기존공장을 이전할 장소의 미확정 등으로 인하여 같은 장소에서 일정기간 영업이 가능하도록 한 경우 4. 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제11조제5항에 따라 국토해양부장관이 고시하는 혁신도시 개발계획에서 기존공장을 이전할 장소의 미확정 등으로 인하여 같은 장소에서 일정기간 영업이 가능하도록 한 경우 5. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제78조의2 에 따라 사업시행자가 수립한 공장에 대한 이주대책에서 기존공장을 이전할 장소의 미확정 등으로 인하여 같은 장소에서 일정기간 영업이 가능하도록 한 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지에 준하는 사유가 발생한 경우 ○ 재정경제부 법인세제과-1130, 2007.12.20. (질의경위) 행정중심복합도시 예정지역 내에서 동박 제조업을 영위하는 내국법인(이하 “질의법인”이라 함)은 2000년도 충청남도 연기군에 위치하는 월산지방산업단지에 입주(연기군수와 ‘월산지방산업단지 입주분양계약’을 체결)하여 현재까지 동 공장을 가동 중에 있음. 그런데, 월산지방산업단지가 행정중심복합도시건설 예정지역으로 선정되어, ‘신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법’에 의하여 질의법인 소유 기존공장의 대지와 건물 등 지장물이 수용되어 사업시행자인 한국토지공사로부터 대지와 건물 등에 대한 손실보상금을 수령하였음. 다만, 질의법인은 대체부지 선정, 공장이전의 소요기간등을 고려하여 한국토지공사와 2012년까지 수용된 대지를 임대하는 방법으로 동 공단 내에서 계속하여 사업을 영위하는 것으로 약정하였음. 한편, 행정중심복합도시 예정지역 내에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인을 위하여 2006.12.30. 조세특례제한법 제85조 의 2가 신설되어 기존공장의 대지와 건물의 양도차익에 대하여 과세특례가 인정되고 있는 바, 위 과세특례의 범위 등에 관하여 2007.10월 국세청에 질의하여 회신을 받았으나 여전히 의문이 있어 재정경제부세제실(법인세과)에 본 건 질의를 하게 되었음. (질의사항) (사실관계 및 쟁점) 2006.11월 2006.11.30 2007.5월 2007.7월 2008.이후 ─────────────────────────────────── ● ● ● ● ● 대지보상금 대지소유권 건물보상금 건물추가 대지 추가 257억 수령 이전등기 451억 수령 보상금 보상금 (질의법인 (건물가등기 7억 수령 수령 예정 →토개공) 경료) (소송중) o 질의법인은 공장의 대지에 대한 보상금을 2006사업연도에 수령하고 같은 해 11월에 토지개발공사에 소유권이전등기가 경료되었으므로 대지의 수용 및 보상은 2006년 사업연도에 이루어진 반면 건물에 대한 보상은 2007년 사업연도에 이루어졌는 바 , o 이와 같이 대지와 건물의 보상이 각각 다른 사업연도에 이루어진 경우, 공장(대지 및 건물)의 양도차익에 대한 분할익금산입의 기준이 되는 양도일(사업연도)이 언제인지 ( 질의1 ) 공장의 대지와 건물의 수용절차가 별도로 이루어져 대지는 2006년, 건물은 2007년에 수용된 경우, 공장(대지 및 건물)의 양도차익에 대한 분할익금산입하는 기준이 되는 양도일이 어느 날인지 여부 〈갑설〉 공장의 대지와 건물의 수용 및 보상이 모두 완료된 날을 기준으로 대지와 건물의 양도차익에 대한 분할익금산입 기간을 판정하여야 함. 〈을설〉 공장의 대지와 건물에 대한 개별적인 법인세법상 손익귀속시기를 기준으로 각각 분할익금산입의 기간을 판정하여야 함. (사실관계) : 질의(1) 사실관계 참조 □ 위 질의(1)의 사실관계에 의하면 o 대지의 양도일(손익귀속시기)은 2006.11.30.이고, 건물의 양도일은 2007년 7월임 . ( 질의2 ) 선양도 후이전에서 공장의 대지와 건물의 양도일이 서로 다른 경우 지방공장 이전기한의 기준일로서 양도일의 의미 〈갑설〉 지방공장 이전기한의 기산일로서 양도일은 공장의 대지와 건물 즉, 공장이 모두 양도된 날로 보아야 함. 〈을설〉 공장의 대지와 건물의 양도일 중 빠른 날을 지방공장이전의 기산일이 되는 양도일로 보아야 함. (사실관계) : 질의(1) 사실관계 참조 □ 행정중심복합도시의 건설을 위한 수용 및 보상절차가 2006년도부터 시작되었으며, o 질의법인은 2006년 11월 공장의 대지에 대한 보상금으로 257억원을 수령하였음. ( 질의3 ) 조특법 제85조의2가 시행되기 전인 2006년 11월에 수령한 대지보상금이 과세특례대상에 해당되는지 여부 〈갑설〉 과세특례 대상에 해당함. 〈을설〉 과세특례 대상에 해당하지 아니함. (사실관계) □ 기존공장의 이전과 관련된 보상금은 대지와 건물에 대한 것 외에도 기계장치이전비와 영업손실보상금이 있는데 o 질의법인은 2007년 말 또는 2008년 초경에 기계장치이전비 둥을 수령할 예정임. ( 질의4 ) 기존공장에서 지방공장으로 이전시 폐기처분해야 하는 기계장치에 대한 보상금이 과세특례대상에 해당하는지 여부 〈갑설〉 기계장치이전비는 과세특례 적용대상에 해당됨. 〈을설〉 기계장치는 공장의 대지와 건물이 아니므로 과세특례의 적용을 받을 수 없음. [ 회신 ] 「조세특례제한법」제85조의2 및 같은 법 시행령 제79조의3을 적용함에 있어 첫째, 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용 하는 것이고, 둘째, 이 경우 지방공장의 취득시한의 始期는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것 이며, 셋째, 2007.1.1일 전에 기존공장을 양도하였더라도 2007.1.1일 이후 지방공장으로 이전하는 경우에는 과세특례가 적용되고, 넷째, 공장의 기계장치의 양도차익에 대해서는 과세특례가 적용되지 않는 것임