자경농지 양도소득세 감면비율 등

자경농지에 대한 양도소득세 감면비율은 100%이며, 감면요건에 해당하면 확정신고 시 감면신청을 하지 않은 경우에도 감면 가능

[회신] 귀 질의의 경우 자경농지에 대한 양도소득세 감면비율 및 감면종합한도는 붙임「조세특례제한법」제69조제1항 및 제133조제1항을 참고하시고, 나머지 질의에 대해서는 우리 청에서 이미 회신한 붙임 사례(대법97누10628, 1997.10.24, 서면4팀-1246, 2006.5.3, 서면4팀-3403, 2006.10.10, 서면4팀-2066, 2007.7.4, 서면5팀-2972, 2007.11.13)를 참고하시기 바랍니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실 관계 - 시골(도시계획구역이 아닌 감면대상지역임) 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 직접 경작하던 농지(밭)를 2009년도에 양도함 ○ 질의 내용 ① 양도소득세 감면범위가 100/100인지, 아니면 적법한 감면율이 얼마인지 ② 감면신청을 예정신고시에 착오로 일부만 적용하여 감면 신고한 경우 수정신고로 법에 정한 감면율을 적용받을 수 있는지 ③ 밭농사를 경작하는데 농지원부에 등재되었으면 직접 경작한 증명이 되는 것인지 , 이웃이나, 동리의 이장 으로부터 인우증명이 직접 경작증명이 되는지, 경작을 증명할 필수적인 서류가 무엇인지 ④ 종중의 종원이 농지 소재지에서 거주하면서 종중 소유의 농지를 직접 경작한 경우에도 종중이 자경농지 감면대상이 되는지 ⑤ 양도소득세 감면이 적용된다면 농특세 과세대상에 해당 되어 농특세를 신고납부하지 못한 경우 가산세 적용에 해당하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상 당하는 세액을 감면한다. (2008. 12. 29. 개정 ; 한국농촌공사 및 농지관리기금법 부칙) ② 생략 ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정) ○ 조세특례제한법 시행령 (2009.02.04. 대통령령21307) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니 하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) 3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역 (2008. 2. 22. 신설) ② ③ 생략 ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. (2008. 2. 22. 단서개정) 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정) ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정) ⑥ 「소득세법」 제89조 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다. (2006. 2. 9. 개정) ⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. (2008. 12. 31. 단서신설) (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 － 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 × ─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가) ⑧ 생략 ⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정) ⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (2009. 2. 4. 단서삭제) ⑫ 생략 ⑬ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2009. 2. 4. 항번개정) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】 ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다. (2005. 12. 31. 개정) ② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다. (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 1. 양도자가 8년(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 가. 「전자정부법」 제21조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다. (2007. 11. 23. 개정) 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 2. 양도자가 8년 이상(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업ㆍ농촌기본법」에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 가. 「전자정부법」 제21조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다. (2007. 11. 23. 개정) 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) ③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제6항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다. (2008. 4. 29. 개정) ④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다. (2008. 4. 29. 신설) ⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다. (2008. 4. 29. 신설) ⑥ 생략 ○ 조세특례제한법 (2008.12.26. 법률9272) 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 (2006. 12. 30. 제목개정) ① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도 소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (2008. 12. 26. 개정) 1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액 (2008. 12. 26. 개정) 가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2008. 12. 26. 개정) 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2008. 12. 26. 개정) 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다. (2008. 12. 26. 개정) 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2008. 12. 26. 개정) 나. 5개 과세기간의 제69조와 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2008. 12. 26. 개정) ② 제71조의 규정에 따라 감면받을 증여세액의 5년간 합계액이 1억원(이하 이 항에서 “증여세감면한도액”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 증여세감면한도액은 해당 감면받을 증여세액과 해당 증여일 전 5년간 감면받은 증여세액의 합계액으로 계산한다. (2008. 12. 26. 항번개정) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 대법97누10628, 1997.10.24 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라 할 것이고 그 면제신청에 관한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로(대법원 1986. 3. 11 선고 85누 695 판결 ; 1993. 5. 25 선고 92누 17273 판결 등 참조), 납세의무자로부터의 소정의 기한 내의 세액면제신청서의 제출이 없더라도 같은법 제55조 제1항 소정의 면제요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 할 것이다. ○ 서면4팀-1246, 2006.05.03 「소득세법」 제95조 의 규정에 의한 양도소득금액과 「조세특례제한법」 제69조 의 감면소득금액이 있는 경우에 감면되는 양도소득세액은 「소득세법」 제92조 제2항 의 규정에 의한 양도소득과세표준에 「소득세법」 제104조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 「소득세법」 제103조 제2항 의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 것이며, 8년 이상 경작한 농지가 양도소득세가 감면되는 자경농지에 해당하는지 여부는 등기부등본 또는 토지대장등본, 토지이용계획확인원, 주민등록등본, 농지원부등본 및 기타 경작한 사실을 입증할 수 있는 서류 등에 의한 관련사실을 종합 확인하여 판단하는 것임. ○ 서면4팀-3403, 2006.10.10 1. 양도소득세가 감면되는 자경농지에 해당하는지 여부는 등기부등본 또는 토지대장등본, 주민등록표등본, 농지원부등본 및 기타 경작한 사실을 입증할 수 있는 서류 등에 의한 관련사실을 종합 확인하여 판단하는 것임. 2. 생략 ○ 서면인터넷방문상담4팀-2066, 2007.07.04 종중 소유농지를 종중의 책임하에 종중구성원이 8년 이상 당해 농지의 소재지에서 거주하면서 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지인 경우에는 8년 자경 농지로 보는 것이나, 종중과의 약정에 따라 종중 구성원의 책임하에 농지를 경작하고 경작에 따른 대가를 종중에 지불하는 것은 대리경작으로 보아 8년 자경농지에 해당하지 아니하는 것입니다, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다. ○ 서면인터넷방문상담5팀-2972, 2007.11.13 1. 농어촌특별세법 제4조 제7항 의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세 규정은 양도당시에 양도한 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하던 농지에 대하여 적용되는 것입니다. 2. 양도한 토지가 수용당시에 사실상 농지세 과세대상 농지이고 당해 농지소 재지에 거주하면서 직접 경작하던 농지이면 농어촌특별세가 비과세되는 것이나, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.