토지와 건물을 일괄양도하는 경우 감정평가한 건물가액을 실지양도가액으로 볼 수 있는지

토지와 건물을 일괄양도하는 경우로서 건물만 감정평가한 감정가액은 양도당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 해당하지 아니하는 것임

[회신] 「소득세법」제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 고려하여 같은 법 시행령제166조제6항 및「부가가치세법 시행령」제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산하는 것으로, 귀 질의의 경우 건물부분에 대한 감정평가사의 감정가액은「소득세법」제96조제1항에서 규정하는 양도당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 해당하지 아니하는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실 관계 - 1996.08.16. 갑은 용인시 소재 대지 658㎡를 156백만원에 취득 * 토지 공시지가 87,700원 - 2009.06.15. 위 지상에 건물신축 착공하여 - 2009.10.23. 건평 140㎡의 단독주택을 신축비용 135백만원 을 들여 완공함 - 2010.02.16. 위 부동산을 8억원(가정금액)에 양도함 * 토지 공시지가 506,000원 * 건물에 대한 별도 감정평가사의 감정평가액은 3억원임 ○ 질의 내용 - 이 경우 토지와 건물을 일괄 양도하는 경우로서 양도가액에서 건물의 실지거래가액은 감정평가 액으로 하고 나머지를 토지의 실지거래가액으로 하여 조세특례제한법 제98조 의 3의 규정을 적용할 수 있는지 * 토지의 양도부분에 대해서는 감면세액이 산출 안 됨 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제98조 의 3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 「소득세법」 제120조 에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역( 「소득세법」 제104조 의 2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제38조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 (2010. 1. 1. 개정) 2. 생략 ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 2. 생략 ③ 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 제104조 제1항 제4호부터 제7호까지의 규정을 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) ④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제1항 제2호부터 제7호까지의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조 제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액 (2010. 1. 1. 개정) 2. 세율: 「소득세법」 제104조 제1항 제1호 에 따른 세율 (2010. 1. 1. 개정) ⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제98조 의 3 【미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① ② 생략 ③ 법 제98조의 3 제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (2010. 2. 18. 개정) ④ 법 제98조의 3 제1항에서 수도권과밀억제권역에 해당하는지 여부는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다. (2009. 4. 21. 신설) ⑤ 법 제98조의 3에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제98조의 3 제2항의 주택에 대하여는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출한 건축착공신고서 사본과 사용검사 또는 사용승인(임시사용승인을 포함한다) 사실을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 한다. (2009. 4. 21. 신설) (이하 생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도 소득세의 감면 등】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────── ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ (이하 생략) ○ 소득세법 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2009. 12. 31. 개정) ③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① ～ ⑤ 생략 ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2007. 2. 28. 항번개정) (이하 생략) ○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】 ① ～ ③ 생략 ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (2006. 2. 9. 개정) 2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정) 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다. (2000. 12. 29. 개정) ⑤ 생략 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 서면인터넷방문상담4팀-3661, 2007.12.26 1. 「소득세법」 제100조 제2항 의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 동법 시행령 제166조 제6항 및 「부가가치세법 시행령」 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산하는 것임 2. 생략 ○ 재산세과-1450, 2009.07.15 1. 자기가 건설한 신축주택으로서 2009.2.12.~2010.2.11. 기간 중에 공사에 착공하고 사용승인을 받은 주택(주택 부수토지 포함)을 양도하는 경우 토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 토지의 양도소득금액은「조세 특례제한법」 제98조의3 ‘미분양주택에 대한 양도소득세 과세특례’가 적용되지 아니합니다. 2. 이 경우, 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 에 따라 토지의 감면대상 양도소득금액을 계산시 산식 분모의 취득당시 기준시가란 토지 취득당시 기준시가를 말하는 것입니다. 3. 4. 생략