1거주자로 보는 종교단체의 양도소득세 납세의무

재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단으로 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며, 이 경우 토지, 건물 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 기존해석사례(기존해석사례 : 재산세과-408;2009.02.04, 재산세과-2080 ;2008.08.01, 서면인터넷방문상담4팀-2339;2005.11.28.)를 참고하시기 바랍니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1972.00. ○○교회, 교회건물 신축 및 선교활동 시작 - 2002.12. ○○교회, 관할 세무서로부터 1거주자로 보는 고유번호증(000-89-00000) 교부받음 - 2012.00. ○○교회, 교회건물 및 그 부수 토지 양도 예정 ○ 질의내용 고유번호증만 교부받은 교회가 교회의 이전을 위해 고유목적사업에 장기간 사용 하던 교회건물 및 그 부수 토지를 양도하는 경우 양도소득세 해당 여부(처분대금 은 전부 교회이전비용(건물인수대금 등)으로 지출될 예정임) 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 소득세법 제1조 【납세의무】 제2조 【납세의무】 (2009. 12. 31. 조번개정) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 거주자 (2009. 12. 31. 개정) 2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인 (2009. 12. 31. 개정) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 원천징수한 소득세를 납 부할 의무를 진다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 거주자 (2009. 12. 31. 개정) 2. 비거주자 (2009. 12. 31. 개정) 3. 내국법인 (2009. 12. 31. 개정) 4. 외국법인의 국내지점 또는 국내영업소(출장소, 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한 다. 이하 같다) (2009. 12. 31. 개정) 5. 그 밖에 이 법에서 정하는 원천징수의무자 (2009. 12. 31. 개정) ③ 「국세기본법」 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 거 주자 또는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. (2010. 12. 27. 개정) ○ 국세기본법 제13조 【 법인으로 보는 단체 】 ① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한 다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다 음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하 는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (2010. 12. 27. 개정) 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것 (2010. 1. 1. 개정) 2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (2010. 1. 1. 개정) ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신 청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. (2010. 12. 27. 개정) 1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것 (2010. 1. 1. 개정) 2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (2010. 1. 1. 개정) 3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2010. 1. 1. 개정) ③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장 의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없 다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (2011. 12. 31. 개정) ④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단 체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. (2010. 12. 27. 개정) ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임 하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하 여야 한다. (2010. 1. 1. 개정) ⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서 장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으 로 지정할 수 있다. (2010. 1. 1. 개정) ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정) ○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】 ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제 3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정) 1. 단체의 명칭 (2010. 2. 18. 개정) 2. 주사무소의 소재지 (2010. 2. 18. 개정) 3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (2010. 2. 18. 개정) 4. 고유사업 (2010. 2. 18. 개정) 5. 재산상황 (2010. 2. 18. 개정) 6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (2010. 2. 18. 개정) 7. 그 밖에 필요한 사항 (2010. 2. 18. 개정) ② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한 다. (2010. 12. 30. 개정) ③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 「부가 가 치세법 시행령」 제8조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단 체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」 제111조 에 따라 사업자등록을 하 여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2010. 12. 30. 개정) ④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한 다. (2010. 12. 30. 개정) ○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】 ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2009. 12. 31. 개정) ② 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우에는 제1항에 따른 양도로 보지 아니한다. (2012. 1. 1. 개정) ○ 소득세 제94조【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 토지[「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록 하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 (2010. 12. 27. 개정) (이하 생략) ○ 재산세과-408, 2009.02.04. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관 청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법 적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인 인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과 세되는 것임 ○ 재산세과-2080, 2008.08.01. 【사실관계】 - 공익법인이 보유하고 있는 재산은 공익사업을 목적으로 출연된 재산이므로 공 익법인이 공익사업을 종료하고 해산시에는 그 잔여재산을 국가 · 지방자치단체 또는 당해 공익법인과 유사한 공익사업을 영위하는 공익법인에 귀속시켜야 한다고 함 - 본 교회의 경우는 (사)한국기독교총연합회의 산하 가맹교단인 대한예수교장로회 총회의 회원교단으로 소속되어 있는 종교단체인 개별교회이며, 주무관청에 개별등 록은 되어있지 않음 - 민법 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인인 경우에는 주 무관청의 허가를 받을 수 있기 때문에 해산시 잔여재산을 국가 · 지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에게 귀속할 수 있으나, - 종교단체인 교회인 경우에는 주무관청인 문화체육관광부에 등록하지 않아도 교 회설립이 가능하므로 해산시 잔여재산을 당해 공익법인과 유사한 공익법인을 영 위하는 공익법인에 귀속하고자 할 경우 주무관청으로부터 허가를 받을 필요도 없으며, 또한 문화체육관광부에서는 개별교회에 대해 잔여재산 처분 허가를 할 수 없는 특수한 사정이 존재하고 있는 것임. - 또한, 당 교회가 보유한 부동산을 매각하는 경우에는 비영리법인으로 보지 않고 1거주자(개인)로서 양도소득세 납세의무가 발생하고 있는 경우임 【질의요지】 - 주무관청(문화체육관광부)에 등록되어 있지 않은 공익법인으로 종교단체인 교회 가 공익사업인 고유목적사업을 종료하고 해산하면서 잔여재산을 주무부장관의 허가없이 정관상 고유목적사업이 동일한 소속교단의 다른 교회에 무상으로 귀속시키는 경우 증여세가 과세되는지 여부 - 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제1호의 규정에 의하여 “종교의 보급 기 타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 종교단체인 본 교회가 부가가치세법 사 무처리규정 제9조(사업자등록번호 부여기준) 제2항의 규정에 의거 ‘법인이 아닌 종교단체’로서 개인구분코드(89)를 부여받은 경우 출연받은 재산에 대해 ①공익법 인 출연재산 등에 대한 보고서[별지 제23호 서식]와 ②공익법인 등의 세무확인서[별 지 제1호서식] 제출대상이 되는지 여부를 질의함. 【회신내용】 1. 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제1호의 규정에 의하여 “종교의 보급 기 타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 종교단체는 공익법인 등에 해당하는 것 이며, 이 경우 종교단체가 공익법인 등에 해당하는지 여부는 법인으로 등록했는지에 관계없이 당해 종교단체가 수행하는 정관상 고유목적사업에 따라 판단하는 것입니다. 2.「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제38조 제8항 제 1호의 규정에 의하여 공익법인 등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 당해 공익법 인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시킨 때에는 그 잔여재산에 대하여 증 여세가 과세되지 아니하는 것이며, 그 잔여재산은 당해 공익법인 등과 동일하거 나 유사한 공익법인의 새로운 출연재산이 되는 것입니다. 3.「상속세 및 증여세법」제48조 제5항 및 같은법 시행령 제41조 제1항의 규정에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등은 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지 관 할 세무서장에게 같은법 시행규칙 제25조 제1항에서 정하는 서식에 의하여 「공익법인 출연재산 등에 대한 보고서」를 제출하여야 하는 것입니다. ○ 서면인터넷방문상담4팀-2339, 2005.11.28. 【사실관계】 - 2001.11.9. 교회로 사용하는 토지와 건물을 취득하여 교회 담임목사 명의로 등기함. - 2003.4.16. ○○세무서에 납세번호증 교부(개인) - 2004.3.9. 교회 건물과 부속토지를 대한예수교장로회 ○○교회에게 증여를 원인으로 하는 등기임. - 2005.12.9. ○○세무서에 고유번호증 교부(법인으로 보는 단체) - 2007.3월 교회 건물과 부속토지를 타인에게 양도하고자 함. 【질의요지】 담임목사 명의로 취득한 후 계속하여 고유목적사업에 사용하던 교회건물과 토지를 납세번호등록(개인)을 한 후 교회명의로 증여로 인한 등기를 하고 등기후 법인으 로 보는 단체로 승인을 받아 고유번호증을 받은 비영리단체인 교회가 증여받은 토지 를 타인에게 양도하는 경우 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용 여부를 판단할 때 당초 취득일을 기산일로 보아야 하는지 아니면 법인으로 보는 단체로 승인받은 날을 기산일로 보아야 하는지 여부 【회신내용】 「국세기본법」 제13조 제2항 에 의하여 법인으로 승인받은 법인격 없는 단체(수익 사업을 영위하지 아니함)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이 상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하 는 경우, 당해 소득은 「법인세법」 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 규정에 따 라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임. ○ 대법원2008두5278, 2008.06.12, 국승 (1) 원고 교회가 국세기본법 제 13조 소정의‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지 여부 (가) 을 4호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1982.6.29. 서울특별 시장에게 법인설립등록을 마친 재단법인 ○○○○교회장로회 총회유지재단 소속 제 직회 또는 공동의회의 결의를 통하여 그 의사결정을 하며, 재정 및 재산은 전 교 인의 총유 재산으로 하되 그 관리는 담임목사가 관리·감독하는 사실을 인정할 수 있으므로 원고는 다수의 교인들에 의하여 조직되고, 일정한 종교활동을 하고 있으 며, 그 대표자가 정하여져 있는 법인격 없는 사단에 해당한다고 할 것인바, 원고가 1983.3.1. 피고에게 거주자로서 사업자등록 (000-89-00000)을 마쳤다가 2005.7.4. 폐업하면서 같은 날 개업일을 2000.1.1.로 하여 국세기본법 제13조 제2항 의 수익 사 업을 하지 않는 비영리법인으로서 법인으로 보는 단체의 승인을 얻어 고유의 사 업자등록번호는 비영리법인으로서 법인으로 보는 단체의 승인을 얻어 고유의 사업 자등록 번호(000-82-00000)를 교부받았을 뿐(갑 3호증, 을 5호증, 을 6호증의 1 내지 3의 각 기재), 이 사건 부동산의 양도 당시 원고가 주무관청의 허가 또는 인 가를 받아 설립되었거나, 법령에 의하여 주무관청에 단체로서 등록한 바가 없었을 뿐만 아니라, 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻는 바도 없었으므로 결국 원고는 국세기본법 제13조 제1항 제1호 또는 같은 조 제2항에 정 한, 법인으로 보는 법인격 없는 단체에 해당하지 아니한다 할 것이다. (나) 이에 대하여 원고는, 가사 원고가 법인격 없는 단체에 해당한다하더라도, 위 국세기본법 제13조 제1항 제1호 의 규정취지는 설립에 주무관청의 허가나 인가를 요 하는 경우에 그 허가나 인가를 받은 사단을 세법상 법인으로 보는 단체에 해당하 는 것으로 보는 데에 있으므로, 원고의 경우처럼 설립에 허가를 필요로 하지 않는 경우에는 허가를 받지 않더라도 이를 세법상 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 위 국세기본법 제 13조 제1항 제1호의 규정취지는 설립 허가 의 필요여부를 떠나 주무관청의 허가나 인가를 받은 경우에만 이를 세법상 법인으로 보는 단체로 인정하려는 취지로 보이므로 원고의 이 부분 주장은 이유없다. (다) 원고는 또한 원고 교회가 종교활동을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단에 해당하므로 국세기본법 제 13조 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 에 해당한다고 주장하나, 앞에서 본 바와 같이 원고 교회는 법인격 없는 사단으로서 그 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하고 교인들은 각 교회 활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용수익할 수 있다 할 것인데(대법원 1993.1.19. 선고 91다 1226 판결 참조), 이러한 교회가 법인격 없는 재단으로서의 성격을 함께 갖고 있다고 본다면, 교회재산인 부동산이 교인의 총유이면서 동시에 법인격 없는 재단의 단독소유가 된다는 결과가 되어 그 자체가 모순 될 뿐만 아니라 그 소유관계를 혼란 스럽게 할 우려가 있으므로, 원고 교회가 법인격 없는 사단이면서 동시에 법인격 없 는 재단이라고 볼 수는 없다할 것이어서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다. (라) 따라서 원고를 법인격 없는 재단이라고 보기는 어렵고, 주무관청의 허가나 인 가를 받아 설립되거나 등록된 사단도 아니며, 관할세무서장의 승인을 받지도 않았 으므로 결국 원고는 국세기본법 제13조 의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않아 원 고를 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다. (2)원고의 비과세관행 주장에 대한 판다 원고는, 과세당국이 교회 등 종교단체에 대하여 설립허가 또는 설립등기여부와 관계 없이 고유 업무에 사용하던 부동산의 처분으로 인한 소득에 대하여 비과세하여 왔으 므로 이 사건 처분은 비과세 관행에 위배되는 것이어서 위법하다고 주장하므로 살피건대, 국세기본법 제 18조 제 3항이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받 아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 가은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행이 존재에 대한 입증책임은 그 주 장자인 납세자에게 있다고 할 것인데(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결, 선 고 94누6574판결 등 참조), 갑 5내지 7호증의 각 기재만으로는 원고 주장과 같은 비과 세 관행이 존재하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므 로, 원고의 위 주장도 이유 없다.