농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 여부

토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산하고 그 후에 허가를 받은 경우 당해 토지의 양도시기는 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 양도소득과세표준 예정신고 신고기한은 소득세법 제105조 제1항 제1호에 따른 토지거래계약의 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 기존해석사례(서면인터넷방문상담4팀-128, 2008.01.15.)를 참고하시기 바랍니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 1999.12.08. 甲, 토지거래허가구역 내의 A농지를 乙(00법인)에 양도 - 2000.04.14. 甲, A농지 양도대금 잔금 수령 - 2011.05.30. A농지 토지거래허가구역 해제 - 2011.09.14. 乙, A농지 소유권이전(소송을 통한 판결 확정 후) ○ 질의내용 A농지 양도에 대한 양도소득세 부과제척기간 경과 여부 및 양도가액 등 산정방 법 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 소득세법 (2000.12.29, 법률 6292호로 개정되기 전의 것) 제96조 【양도가액】 ① 제94조제1호 및 동조제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 1. 제89조제3호의 규정에 의한 고급주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토 지를 포함한다)인 경우 2. 제94조제2호의 규정에 의한 자산중 대통령령이 정하는 것인 경우 3. 제104조제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우 4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우 5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우 6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 7. 기타 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령 이 정하는 경우 ② 제94조제3호 내지 제5호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당 시의 실지거래가액에 의한다. ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 제94조제4호의 자산(제104조제1항제5호가목의 규정이 적용되는 주식 또는 출자지분을 제외한다)을 법인세법 제52조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다. ○ 소득세법 (2000.12.29, 법률 6292호로 개정되기 전의 것) 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호 에 규정하는 것으로 한다.<개정 1995·12·29, 1999.12.28> 1. 취득가액 가. 제94조제1호 및 동조제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당 시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 나. 제94조제3호 내지 제5호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거 래가액 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조제5항의 규정에 의한 가액 2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비 3. 대통령령이 정하는 자본적지출액 4. 대통령령이 정하는 양도비 ② 양도자산 보유기간중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 년도의 부동산임대 소 득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다 . 1. 취득가액을 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액 2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 ④ 거주자가 양도일로부터 소급하여 5년이내에 그 배우자로부터 증여받은 제94조제 1호의 규정에 의한 자산 기타 대통령령이 정하는 자산의 양도차익을 계산함에 있어 서 양도가액에서 공제할 필요경비는 제3항의 규정에 의하되, 취득가액은 당해 배우자의 취득당시 제1항제1호 각목의 1의 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산 에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고 필요경비에 산입한다.<신설 1996·12·30> ⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.<신설 1996·12·30> ⑥ 제4항에 규정하는 년수는 등기부상의 소유기간에 의한다.<신설 1996·12·30> ⑦ 제1항제1호 가목 단서의 규정을 적용함에 있어서 제96조제1항제1호의 규정에 의한 고급주택을 양도한 거주자가 당해 주택의 취득당시 대통령령이 정하는 방법에 의하여 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 당해 거주자의 취득당시 의 실지거래가액으로 본다. 다만, 당해 주택에 대한 전소유자의 양도가액이 제114조의 규정에 의하여 경정되는 경우에는 그러하지 아니하다.<신설 1999.12.28> ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득 세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2010. 12. 27. 개정) ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】 ① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따 라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일 이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계 약 허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개 월로 한다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당 하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1 일 부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신 고하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한 다. (2009. 12. 31. 개정) ③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다. (2009. 12. 31. 개정 ) ④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아 니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2009. 12. 31. 개정) ⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) ⑥ 납세지 관할 세무서장은 제5항에 따라 제출된 신고서나 그 밖의 서류에 미비한 사항 또는 오류가 있는 경우에는 그 보정을 요구할 수 있다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으 로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다. (2010. 12. 30. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경 우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (이하 생략) ○ 서면인터넷방문상담4팀-128, 2008.01.15. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산하고 그 후에 허가를 받은 경우 당해 토지의 양도시기는 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 양도소득과세표준 예정신고 신고기한은 「소득세법」 제105조 제1항 제1호 에 의거 토지거래계약의 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 것입니다. 이때 허가를 받기 전에 이행한 양도소득세 과세표준 예정신고는 대금청산 후 허가를 받은 경우에는 그 효력이 인정되는 것입니다.