사업장의 일부 업종만 법인으로 전환하는 경우

「조세특례제한법」 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세는 사업장별로 적용하는 것으로서 해당 사업장의 일부 업종은 법인으로 전환하고 일부 업종은 개인사업으로 계속 영위하는 경우에는 동 규정을 적용할 수 없는 것임.

[회신] 「조세특례제한법」 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세는 사업장별로 적용하는 것으로서 해당 사업장의 일부 업종은 법인으로 전환하고 일부 업종은 개인사업으로 계속 영위하는 경우에는 동 규정을 적용할 수 없는 것입니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 현재 동일사업장에 공동사업자로 의료업(종합병원)과 부동산임대업을 하고 있음 - 공동사업자(의사)는 토지와 건물을 같은 지분으로 소유하고 있음 ○ 질의내용 - 공동사업자가 사업용 고정자산(토지, 건물 및 의료기기 등) 모두를 현물출자하여 부동산임대업 법인으로 전환하고 해당 자산을 임대하여 의료업을 계속하는 경우 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있는지 - 안된다면 의료업을 폐업한 후 법인에 임대를 받아 의료업 공동사업자 등록을 다시 하는 경우 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. (이하 생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 삭제 <2002.12.30> ② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. <개정 2009.6.19> (이하 생략) ○ 국세기본법 제14조 【실질과세】 ① 생략 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 재산01254-611, 1988.03.02. (질의내용) A사업자가 동 번지상의 2개(○○동 ○○번지, ○○동 ○○번지) 부동산을 1984.12월 매입하여 1985.1월부터 ○○동 ○○번지소재에서는 제조업을 영위하고, ○○번지 소재 부동산은 타인에게 임대하여 주면서 사업자 등록시는 ○○소재에 제조업과 부동산임대업을 한사업장으로 등록하고 부가가치세신고도 동일한 사업장으로 신고하여 오다 제조부분을 법인으로 전환하고자 1988.1월중 동 사업자등록에서 부동산임대부분을 삭제하고, 같은날 ○○번지 소재에 다시 부동산 임대의 사업자등록을 하고 1988.2월 중 제조부분만을 법인으로 전환하여 사업을 양수도하고자 합니다. A사업자가 출자해야 할 출자액의 한도액계산에서 조세감면규제법시행령 제39조 제2항의 1년간 평균 순자산가액에 ○○동 ○○번지 소재 부동산가액을 포함하여야 하는지 여부를 질의함. (회신내용) 조세감면규제법 제45조의 규정에 의하여 개인사업장의 법인전환에 따른 양도소득세 면제는 동일한 사업장 전체의 법인전환에 따른 양도소득세 면제규정으로 법인 전환시 동일사업장을 분할하여 그 중 일부만 법인으로 전환하는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없는 것임.