혁신도시내 공장의 지방이전 과세특례 적용방법

「조세특례제한법」 제85조의2 및 같은 법 시행령 제79조의3을 적용함에 있어 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이며, 이 경우 지방공장의 취득시한의 始期는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것임.

[회신] 「조세특례제한법」 제85조의2 및 같은 법 시행령 제79조의3을 적용함에 있어 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이며, 이 경우 지방공장의 취득시한의 始期는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것입니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 2007.11. 공장건물 및 부수토지를 소유하면서 사업을 영위하다가 혁신도시예정지구로 지정되어 부수토지에 대해 먼저 보상받음 - 건물은 아직 보상금 잔액을 수령하지 못하였으며 등기도 본인 소유로 되어 있음 ○ 질의내용 - 혁신도시내 공장의 지방이전 과세특례를 적용함에 있어 지방공장을 언제부터 3년 이내에 취득하여 과세이연금액을 정산하여야 하는지(토지 및 건물 각각 양도일부터 3년 이내인지, 토지 양도일부터인지, 건물 양도일부터인지) 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제85조의2 【행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례 (2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) ① 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전하기 위하여 해당공장의 대지와 건물을 2009년 12월 31일 이전까지 동법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다. <개정 2007.12.31> 1. 생략 2. 거주자 : 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 받는 방법 ② 제1항의 규정을 적용받은 내국인이 대통령령이 정하는 바에 따라 지방으로 이전하지 아니하거나 해당공장 양도일부터 3년 이내에 해당사업을 폐지 또는 해산한 경우에는 해당사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 제33조제3항 후단의 규정을 준용한다. ③ 생략 ○ 2007.12.31. 법률 제8827호 부칙 제1조 (시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제22조 (행정중심복합도시등 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다. ○ 조세특례제한법 제85조의2 【행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례 (2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) ① 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시개발예정지구(이하 이 조에서 "행정중심복합도시등"이라 한다)에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 내국인이 대통령령으로 정하는 행정중심복합도시등 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 2012년 12월 31일까지 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다. 1. 생략 2. 거주자 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세이연을 받는 방법 ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방으로 이전하지 아니하거나 해당 공장 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업 또는 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. (이하 생략) ○ 2010.1.1. 법률 제9921호 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제36조(행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방 이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제85조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제79조의3 【행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례】(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) ① 법 제85조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖"이란 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제2조에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조 및 제79조의8에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.22> 1. 수도권과밀억제권역 2. 부산광역시(기장군을 제외한다)·대구광역시(달성군을 제외한다)·광주광역시·대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다. ②~③ 생략 ④ 제2항 및 제3항을 적용하는 경우 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액 및 면적은 이전(예정)명세서상의 예정가액 및 취득예정면적에 따른다. ⑤ 법 제85조의2제2항에 따라 지방으로 이전하는 방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다. 1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 방법 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 방법 ⑥ 생략 ⑦ 법 제85조의2제1항을 적용하는 경우 제4항에 따른 취득예정가액 및 취득예정면적에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받은 때에는 실제 취득가액 및 취득면적을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 소득금액의 계산의 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다. (이하 생략) ○ 2008.2.22. 대통령령 제20620호 부칙 제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제9조 (행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의3의 개정규정은 개정법률 시행 후 최초로 이전하거나 양도하는 분부터 적용한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제79조의3 【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) ① 법 제85조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 행정중심복합도시등 밖"이란 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제2조 에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조, 제79조의8 및 제79조의10에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. <개정 2010.2.18> 1. 수도권과밀억제권역 2. 부산광역시(기장군을 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군을 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다. ②~③ 생략 ④ 제2항 및 제3항을 적용하는 경우 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액 및 면적은 이전(예정)명세서상의 예정가액 및 취득예정면적에 따른다. ⑤ 법 제85조의2제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의2제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.2.18> 1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 ⑥ 생략 ⑦ 법 제85조의2제1항을 적용하는 경우 제4항에 따른 취득예정가액 및 취득예정면적에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받은 때에는 실제 취득가액 및 취득면적을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 소득금액의 계산의 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다. (이하 생략) ○ 2010.2.18. 대통령령 제22037호 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제6조(행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제79조의3제5항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 재정경제부법인세제과-1130, 2007.12.20. 「조세특례제한법」제85조의 2 및 같은 법 시행령 제79조의3을 적용함에 있어 첫째, 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이고, 둘째, 이 경우 지방공장의 취득시한의 始期는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것이며, 셋째, 2007.1.1일 전에 기존공장을 양도하였더라도 2007.1.1일 이후 지방공장으로 이전하는 경우에는 과세특례가 적용되고, 넷째, 공장의 기계장치의 양도차익에 대해서는 과세특례가 적용되지 않는 것임.