당초 보상누락된 부동산에 대해 추가보상금을 수령한 경우의 양도시기 등

주택 및 부수토지와 보상누락된 주택에 부속된 시설물에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에 전체를 하나의 양도행위로 보아 양도시기는 주택 및 부수토지의 대금을 청산한 날과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 되는 것임

[회신] 1. 귀 질의1의 경우, 1세대 2주택을 소유하던 중에 그 중 1주택(건물에 부속된 시설물과 구축물 및 그 부수토지 포함)이「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 협의매수된 경우로서, 1주택에 부속된 시설물에 대한 보상누락으로 해당 주택 및 부수토지와 보상누락된 주택에 부속된 시설물에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에 전체를 하나의 양도행위로 보아 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로「소득세법 시행령」제162조에 따라 해당 주택 및 부수토지의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일이 되는 것입니다. 2. 나머지 질의에 대해서는 붙임 우리 청의 기존해석사례(재산세과-867, 2009.03.12; 부동산거래관리과-440, 2010.03.22; 부동산거래관리과-23, 2010.01.08)를 참조 하시기 바랍니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 질의요지 ○ 질의1: 도시가스시설부분에 대한 추가 보상에 따른 양도시기가 언제인지 ○ 질의2: 추가보상에 따른 양도소득이 예정 신고인대상인지 아니면, 수정신고대상인지 ○ 질의3: 수정신고대상일 경우 증액된 보상금에 대한 양도세 신고시 신고납부불성실가산세가 적용되는 것인지 ○ 질의4: 추가 증액 보상금에 대해 예정신고납부세액공제가 가능한지 ○ 질의5: 추가 증액 보상금에 대해 장기보유특별공제를 받을 수 있는지 사실관계 ○ 2004.08.31. 갑이 인천소재 A다세대주택 취득 ○ 2010.03.03. A다세대주택이 도시개발사업에 편입되어 인천도시개발 공사와 협의 매수계약 * 경기도 소재 1주택을 보유하고 있어 2주택자임 ○ 2010.03.09. 등기접수 ○ 2010.03.23. 보상금 90%수령 ○ 2010.06.08. 보상금 잔금 10% 수령 ○ 2010.0924. 갑이 위 A다세대주택에 대한 협의매수와 관련하여 재결신청 또는 이의를 제기하지 않았으나, 최초 보상시 누락된 “도시가스시설”부분에 대한 추가보상 수령에 따른 안내에 따라 “손실보상협의계약서”를 작성 ○ 2010.10.11. 도시가스시설부분에 대한 증액 보상금 수령 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (이하 생략) ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】 (2009. 12. 31. 제목개정) ① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다. (2009. 12. 31. 개정) 2. 생략 ② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 제106조 【예정신고납부】 (2009. 12. 31. 제목개정) ① 거주자가 예정신고를 할 때에는 제107조에 따라 계산한 산출세액에서 「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따른 감면세액을 뺀 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에 따른 납부를 “예정신고납부”라 한다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 부 칙 (2009. 12. 31. 법률 제9897호) 제2조 【일반적 적용례】 ① 이 법은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다. ② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제16조 【예정신고납부세액공제 폐지에 관한 특례】 ① 제108조의 개정규정에도 불구하고 거주자(부동산매매업자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)가 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용받는 자산을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 양도하여 발생하는 소득에 대해서 예정신고와 함께 납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 다음 각 호에 따른 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제한다. 1. 과세표준이 4천 600만원 이하인 경우 : 제106조에 따른 납부할 세액 2. 과세표준이 4천 600만원을 초과하는 경우 : 산출세액을 582만원으로 하여 계산한 제106조에 따른 납부할 세액 ② 제108조의 개정규정 및 제1항에도 불구하고 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 부동산으로서 사업인정고시일이 2009년 12월 31일 이전인 부동산을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 사업시행자에게 양도하여 발생하는 소득에 대해서 예정신고와 함께 납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제한다. ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제167조 의 5 【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역 및 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2008. 10. 7. 개정) 가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 (2008. 10. 7. 개정) 나. 해당 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 지역 (2008. 10. 7. 개정) 2. 제167조의 3 제1항 제2호 내지 제8호 및 제8호의 2 중 어느 하나에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설) 3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시 및 광역시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료ㆍ요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서, 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대2주택이 된 경우의 당해 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 당해 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다) (2008. 12. 31. 개정) 3의 2. 제155조 제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택 (2008. 11. 28. 신설) 4. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 자가 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(합친 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다) (2009. 2. 4. 개정) 5. 1주택을 소유하는 자가 1주택을 소유하는 다른 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 당해 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한한다) (2005. 12. 31. 신설) 6. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 당해 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다) (2005. 12. 31. 신설) 7. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 2년이 지나지 아니한 경우(2년이 지난 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에 한한다] (2008. 11. 28. 개정) 8. 주택의 가액 및 면적 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 주택 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 9. 1세대가 제1호 내지 제6호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택 (2005. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제167조의 3 제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. (2008. 10. 7. 개정) ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 (2010. 1. 1. 개정) (이하 생략) ○ 국세기본법 제47조 의 3 【과소신고가산세】 ① 납세자( 「부가가치세법」 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2010. 1. 1. 개정) ② 생략 ③ 과소신고가산세의 부과에 관하여는 제47조의 2 제3항ㆍ제5항 및 제6항을 준용한다. (2010. 1. 1. 개정) (이하 생략) ○ 국세기본법 제47조 의 2 【무신고가산세】 ① 납세자( 「부가가치세법」 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」 제55조 의 2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 포함하고, 상속세와 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조에 따라 가산하는 금액을 포함하며, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 “산출세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. (2010. 1. 1. 개정) ② 생략 ③ 신고하지 아니한 소득금액에 대하여 원천징수된 소득세가 있는 경우 제1항을 적용할 때에는 산출세액에서 해당 소득세액을 빼고 제2항을 적용할 때에는 같은 항 제2호에 따른 산출세액에 곱하여 계산한 금액에서 해당 소득세액을 뺀다. (2010. 1. 1. 개정) ④ 생략 ⑤ 제1항이나 제2항을 적용하는 경우 「소득세법」 제81조 제8항 ㆍ제115조 또는 「법인세법」 제76조 제1항 과 동시에 적용될 때에는 각각 그 중 큰 금액에 해당하는 가산세만을 적용하고 가산세액이 같으면 제1항이나 제2항의 가산세만을 적용한다. (2010. 1. 1. 개정) ⑥ 제1항 및 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 확정신고와 관련한 가산세(예정신고와 관련하여 가산세가 부과되는 부분에 한정한다)를 부과하지 아니하고, 「부가가치세법」 제17조 의 2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 「소득세법」 제69조 에 따른 토지등 매매차익예정신고와 관련하여 가산세가 부과되는 경우 (2010. 1. 1. 개정) 2. 「소득세법」 제105조 에 따른 예정신고와 관련하여 가산세가 부과되는 경우 (2010. 1. 1. 개정) 3. 「부가가치세법」 제18조 에 따른 예정신고와 관련하여 가산세가 부과되는 경우 (2010. 1. 1. 개정) (이하 생략) ○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 (2010. 1. 1. 제목개정) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다. 다만, 제1호의 경우에 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 50, 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 20, 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우에는 100분의 10에 상당하는 금액을 감면한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 제45조에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의 3ㆍ제47조의 4 및 「부가가치세법」 제22조 제7항 에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다) (2010. 1. 1. 개정) 2. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 제45조의 3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의 2에 따른 가산세만 해당한다) (2010. 1. 1. 개정) 3. 4. 생략 ③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. (2010. 1. 1. 개정) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 서면4팀 -2103,2006.07.06. 1세대 2주택을 소유하던 중에 그 중 1주택(그 부수토지 포함)이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에 전체를 하나의 양도행위로 보아 「소득세법 시행령」제162조(양도 또는 취득의 시기)의 규정을 적용하는 것이며, 그 양도일이 2006.1.1 이후인 경우에는「소득세법」제96조 제2항 제9호 및 같은 법 시행령 제162조의 2 제5항의 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 것입니다. ○ 서면인터넷방문상담4팀-1716, 2007.05.25 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일이 되는 것입니다. ○ 서면인터넷방문상담4팀-53, 2007.01.04 주택이외의 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)과 그 부수토지를 소유하는 자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 사업시행자에게 당해 부동산을 양도하는 경우 당해 건물 또는 부수토지의 양도시기는 「소득세법 시행령」제162조 규정에 의하는 것입니다. ○ 재산세과-867, 2009.03.12 1. 생략 2. 이 경우 실거래가 과세대상 토지의 양도가액은 양도당시의 보상금액이 되는 것이며, 양도일 이후에 토지 보상금이 증액된 경우에는 그 증액된 보상금을 수령한 날에 양도가액을 경정하여 「국세기본법」 제45조 의 규정에 따라 수정 신고하면 되는 것이나, 예정신고납부 기간이 경과하여 추가로 수령한 금액에 대하여는 예정신고납부세액공제가 되지 아니하는 것이며 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」제48조 1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는바 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임 ○ 부동산거래관리과-440, 2010.03.22 1. 생략 2. 이 경우 실거래가 과세대상 토지의 양도가액은 양도 당시의 양도가액이 되는 것이며, 양도일 이후에 매매계약의 특약으로 추가로 받기로 한 일정금액은 그 일정금액을 받는 날에 양도가액을 경정하여「국세기본법」제45조의 규정에 따라 수정신고하는 것입니다. ○ 부동산거래관리과-23, 2010.01.08 1. 생략 2. 국내에 주택을 2개 소유하고 있는 1세대가 그 중 1개 주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제가 배제되나, 같은 법 시행령 제167조의5제1항각호에 해당하는 경우에는 그러하지 않는 것입니다.